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- EMDB-2717: Electron cryo-microscopy of T7 bacteriophage tail after DNA ejection -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2717
タイトルElectron cryo-microscopy of T7 bacteriophage tail after DNA ejection
マップデータReconstruction of T7 tail after DNA ejection
試料
  • 試料: T7 tail after DNA ejection
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp11
  • タンパク質・ペプチド: gp12
  • タンパク質・ペプチド: gp17
  • タンパク質・ペプチド: gp10
キーワードbacteriophage / virus infection / DNA ejection / tail
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Gonzalez-Garcia VA / Pulido-Cid M / Garcia-Doval C / van Raaij MJ / Martin-Benito J / Cuervo A / Carrascosa JL
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Conformational changes leading to T7 DNA delivery upon interaction with the bacterial receptor.
著者: Verónica A González-García / Mar Pulido-Cid / Carmela Garcia-Doval / Rebeca Bocanegra / Mark J van Raaij / Jaime Martín-Benito / Ana Cuervo / José L Carrascosa /
要旨: The majority of bacteriophages protect their genetic material by packaging the nucleic acid in concentric layers to an almost crystalline concentration inside protein shells (capsid). This highly ...The majority of bacteriophages protect their genetic material by packaging the nucleic acid in concentric layers to an almost crystalline concentration inside protein shells (capsid). This highly condensed genome also has to be efficiently injected into the host bacterium in a process named ejection. Most phages use a specialized complex (often a tail) to deliver the genome without disrupting cell integrity. Bacteriophage T7 belongs to the Podoviridae family and has a short, non-contractile tail formed by a tubular structure surrounded by fibers. Here we characterize the kinetics and structure of bacteriophage T7 DNA delivery process. We show that T7 recognizes lipopolysaccharides (LPS) from Escherichia coli rough strains through the fibers. Rough LPS acts as the main phage receptor and drives DNA ejection in vitro. The structural characterization of the phage tail after ejection using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and single particle reconstruction methods revealed the major conformational changes needed for DNA delivery at low resolution. Interaction with the receptor causes fiber tilting and opening of the internal tail channel by untwisting the nozzle domain, allowing release of DNA and probably of the internal head proteins.
履歴
登録2014年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月6日-
マップ公開2015年3月4日-
更新2015年4月29日-
現状2015年4月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

image_emd271...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of T7 tail after DNA ejection
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0275 / ムービー #1: 0.0275
最小 - 最大-0.10356901 - 0.1457787
平均 (標準偏差)0.00132477 (±0.0233259)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.55.55.5
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-0.1040.1460.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T7 tail after DNA ejection

全体名称: T7 tail after DNA ejection
要素
  • 試料: T7 tail after DNA ejection
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp11
  • タンパク質・ペプチド: gp12
  • タンパク質・ペプチド: gp17
  • タンパク質・ペプチド: gp10

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超分子 #1000: T7 tail after DNA ejection

超分子名称: T7 tail after DNA ejection / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Oligomer build of 5 components: gp8 (12mer), gp11 (12mer), gp12 (6mer), gp17 (3mer), gp10 (n/a)
Number unique components: 5

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分子 #1: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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分子 #2: gp11

分子名称: gp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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分子 #3: gp12

分子名称: gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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分子 #4: gp17

分子名称: gp17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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分子 #5: gp10

分子名称: gp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 50 mM TrisHCl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 0.25mg/ml LPS from E. coli EH 100 Ra mutant
グリッド詳細: R2/2 Quantifoil coated with a thin carbon layer
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC
手法: Samples were applied to grids for 1 minute, blotted, and plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 93 K
日付2012年10月11日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 2 µm / 実像数: 463 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 108696
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were manually selected
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP, EMAN / 詳細: Final map was calculated from 3 averaged data sets / 使用した粒子像数: 1781
最終 2次元分類クラス数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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