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万見
- EMDB-2715: Electron cryo-microscopy of ABCG2 from two-dimensional crystals -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2715
タイトルElectron cryo-microscopy of ABCG2 from two-dimensional crystals
マップデータNon-crystallographic symmetry averaging around the local C2 symmetry axis was applied to the raw ABCG2 map.
試料
  • 試料: ABCG2 (breast cancer resistance protein).
  • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 2
キーワードABCG2 / BCRP / Cryo-EM / 3D structure / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / transport / small molecule metabolic process / biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / heme transport / sphingolipid transporter activity / renal urate salt excretion ...response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / transport / small molecule metabolic process / biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / heme transport / sphingolipid transporter activity / renal urate salt excretion / Abacavir transmembrane transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / external side of apical plasma membrane / organic anion transport / xenobiotic transmembrane transport / xenobiotic transport across blood-brain barrier / organic anion transmembrane transporter activity / transepithelial transport / Ciprofloxacin ADME / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / ABC-type xenobiotic transporter / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / Heme biosynthesis / cellular detoxification / ABC-type xenobiotic transporter activity / xenobiotic transport / Heme degradation / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / Iron uptake and transport / brush border membrane / mitochondrial membrane / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis / apical plasma membrane / membrane raft / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Rosenberg MF / Bikadi Z / Hazai E / Starborg T / Kelley L / Chayen NE / Ford RC / Mao Q
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2015
タイトル: Three-dimensional structure of the human breast cancer resistance protein (BCRP/ABCG2) in an inward-facing conformation.
著者: Mark F Rosenberg / Zsolt Bikadi / Eszter Hazai / Tobias Starborg / Lawrence Kelley / Naomi E Chayen / Robert C Ford / Qingcheng Mao /
要旨: ABCG2 is an efflux drug transporter that plays an important role in drug resistance and drug disposition. In this study, the first three-dimensional structure of human full-length ABCG2 analysed by ...ABCG2 is an efflux drug transporter that plays an important role in drug resistance and drug disposition. In this study, the first three-dimensional structure of human full-length ABCG2 analysed by electron crystallography from two-dimensional crystals in the absence of nucleotides and transported substrates is reported at 2 nm resolution. In this state, ABCG2 forms a symmetric homodimer with a noncrystallographic twofold axis perpendicular to the two-dimensional crystal plane, as confirmed by subtomogram averaging. This configuration suggests an inward-facing configuration similar to murine ABCB1, with the nucleotide-binding domains (NBDs) widely separated from each other. In the three-dimensional map, densities representing the long cytoplasmic extensions from the transmembrane domains that connect the NBDs are clearly visible. The structural data have allowed the atomic model of ABCG2 to be refined, in which the two arms of the V-shaped ABCG2 homodimeric complex are in a more closed and narrower conformation. The structural data and the refined model of ABCG2 are compatible with the biochemical analysis of the previously published mutagenesis studies, providing novel insight into the structure and function of the transporter.
履歴
登録2014年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月6日-
マップ公開2015年7月15日-
更新2015年8月19日-
現状2015年8月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2715-abc...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-crystallographic symmetry averaging around the local C2 symmetry axis was applied to the raw ABCG2 map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.3 Å/pix.
x 88 pix.
= 290.4 Å		3.2 Å/pix.
x 72 pix.
= 230.4 Å		3.2 Å/pix.
x 117 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 3.2 Å / Y: 3.2 Å / Z: 3.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-7.10321522 - 13.60273933
平均 (標準偏差)0.01877212 (±0.38814983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-37-4717
サイズ7211788
Spacing7211788
セルA: 374.4 Å / B: 230.40001 Å / C: 290.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.23.23.3
M x/y/z1177288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.400230.400290.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-47-3717
NC/NR/NS1177288
D min/max/mean-7.10313.6030.019

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ABCG2 (breast cancer resistance protein).

全体名称: ABCG2 (breast cancer resistance protein).
要素
  • 試料: ABCG2 (breast cancer resistance protein).
  • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 2

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超分子 #1000: ABCG2 (breast cancer resistance protein).

超分子名称: ABCG2 (breast cancer resistance protein). / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Two-dimensional crystals of purified ABCG2. / 集合状態: Homodimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 70 KDa / 理論値: 70 KDa / 手法: SDS-PAGE.

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family G member 2

分子名称: ATP-binding cassette sub-family G member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Breast cancer resistance protein
詳細: Purified ABCG2 formed two-dimensional crystals on a carbon electron microscopy grid.
コピー数: 2 / 集合状態: Homodimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量実験値: 70 KDa / 理論値: 70 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 組換株: KM71 / 組換プラスミド: pHIL-BCRP-His10
配列UniProtKB: Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2
GO: intracellular iron ion homeostasis, xenobiotic transmembrane transport, heme transport, response to xenobiotic stimulus => GO:0009410, small molecule metabolic process, transmembrane transport, ...GO: intracellular iron ion homeostasis, xenobiotic transmembrane transport, heme transport, response to xenobiotic stimulus => GO:0009410, small molecule metabolic process, transmembrane transport, transport, urate metabolic process, xenobiotic transport
InterPro: AAA+ ATPase domain, ABC-2 type transporter, ABC transporter-like, ATP-binding domain, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl , 10% glycerol, 1 mM 2-mercaptoethanol, and 0.187 mg/ml DDM.
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Some grids were negatively stained with 2 % w/v uranyl-acetate for 60 seconds.
グリッド詳細: 300 mesh gold/carbon grids with thick carbon support (5-10 nm) .
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 98 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: 2-D crystals growing epitaxially on the grid surface were blotted for 1 second before plunging.
詳細Crystals were grown epitaxially on the surface of carbon grids.
結晶化詳細: Crystals were grown epitaxially on the surface of carbon grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 130,000 times magnification.
日付2013年10月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 76 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 79730 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.02 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled. Standard Polara cartridge.
試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 60 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were unbent using 2dx.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: 2dx / 詳細: Final maps were calculated with CCP4.
結晶パラメータ単位格子 - A: 70 Å / 単位格子 - B: 123 Å / 単位格子 - C: 200 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 1 21
CTF補正詳細: Algorithm in 2dx.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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