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万見
- EMDB-27121: CryoEM structure of human orphan GPCR GPR179 in complex with extr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27121
タイトルCryoEM structure of human orphan GPCR GPR179 in complex with extracellular matrix protein pikachurin
マップデータStructure of an orphan GPCR complexed with ECM protein
試料
  • 複合体: complex of GPR179 with pikachurin
    • タンパク質・ペプチド: Probable G-protein coupled receptor 179
    • タンパク質・ペプチド: Pikachurin
キーワードGPCR complex with ECM / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial matrix / photoreceptor ribbon synapse / glycosaminoglycan binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / presynaptic active zone / basement membrane / synaptic cleft / visual perception / extracellular matrix organization / cell projection ...interstitial matrix / photoreceptor ribbon synapse / glycosaminoglycan binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / presynaptic active zone / basement membrane / synaptic cleft / visual perception / extracellular matrix organization / cell projection / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic membrane / dendrite / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
G-protein coupled receptor 158/179 / GPR158/179 extracellular domain / Laminin G domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal ...G-protein coupled receptor 158/179 / GPR158/179 extracellular domain / Laminin G domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / EGF-like domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pikachurin / Probable G-protein coupled receptor 179
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Patil DN / Martemyanov KA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH) 米国
引用ジャーナル: Sci Signal / 年: 2023
タイトル: Structure of the photoreceptor synaptic assembly of the extracellular matrix protein pikachurin with the orphan receptor GPR179.
著者: Dipak N Patil / Serena Pantalone / Yan Cao / Thibaut Laboute / Scott J Novick / Shikha Singh / Simone Savino / Silvia Faravelli / Francesca Magnani / Patrick R Griffin / Appu K Singh / ...著者: Dipak N Patil / Serena Pantalone / Yan Cao / Thibaut Laboute / Scott J Novick / Shikha Singh / Simone Savino / Silvia Faravelli / Francesca Magnani / Patrick R Griffin / Appu K Singh / Federico Forneris / Kirill A Martemyanov /
要旨: Precise synapse formation is essential for normal functioning of the nervous system. Retinal photoreceptors establish selective contacts with bipolar cells, aligning the neurotransmitter release ...Precise synapse formation is essential for normal functioning of the nervous system. Retinal photoreceptors establish selective contacts with bipolar cells, aligning the neurotransmitter release apparatus with postsynaptic signaling cascades. This involves transsynaptic assembly between the dystroglycan-dystrophin complex on the photoreceptor and the orphan receptor GPR179 on the bipolar cell, which is mediated by the extracellular matrix protein pikachurin (also known as EGFLAM). This complex plays a critical role in the synaptic organization of photoreceptors and signal transmission, and mutations affecting its components cause blinding disorders in humans. Here, we investigated the structural organization and molecular mechanisms by which pikachurin orchestrates transsynaptic assembly and solved structures of the human pikachurin domains by x-ray crystallography and of the GPR179-pikachurin complex by single-particle, cryo-electron microscopy. The structures reveal molecular recognition principles of pikachurin by the Cache domains of GPR179 and show how the interaction is involved in the transsynaptic alignment of the signaling machinery. Together, these data provide a structural basis for understanding the synaptic organization of photoreceptors and ocular pathology.
履歴
登録2022年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of an orphan GPCR complexed with ECM protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 410.4 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 410.4 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 410.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.54
最小 - 最大-1.8207523 - 3.3516273
平均 (標準偏差)-0.0014532256 (±0.04054495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 410.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27121_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27121_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of GPR179 with pikachurin

全体名称: complex of GPR179 with pikachurin
要素
  • 複合体: complex of GPR179 with pikachurin
    • タンパク質・ペプチド: Probable G-protein coupled receptor 179
    • タンパク質・ペプチド: Pikachurin

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超分子 #1: complex of GPR179 with pikachurin

超分子名称: complex of GPR179 with pikachurin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Pikachurin

分子名称: Pikachurin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.64225 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AAHPCVRAPC AHGGSCRPRK EGYDCDCPLG FEGLHCQKEC GNYCLNTIIE AIEIPQFIGR SYLTYDNPDI LKRVSGSRSN VFMRFKTTA KDGLLLWRGD SPMRPNSDFI SLGLRDGALV FSYNLGSGVA SIMVNGSFND GRWHRVKAVR DGQSGKITVD D YGARTGKS ...文字列:
AAHPCVRAPC AHGGSCRPRK EGYDCDCPLG FEGLHCQKEC GNYCLNTIIE AIEIPQFIGR SYLTYDNPDI LKRVSGSRSN VFMRFKTTA KDGLLLWRGD SPMRPNSDFI SLGLRDGALV FSYNLGSGVA SIMVNGSFND GRWHRVKAVR DGQSGKITVD D YGARTGKS PGMMRQLNIN GALYVGGMKE IALHTNRQYM RGLVGCISHF TLSTDYHISL VEDAVDGKNI NTCGAC

UniProtKB: Pikachurin

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分子 #2: Probable G-protein coupled receptor 179

分子名称: Probable G-protein coupled receptor 179 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.790227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGTRGAVMPP PMWGLLGCCF VCAWALGGPR PIRSLPPLSS QVKPGSVPMQ VPLEGAEAAL AYLYSGDAQQ LSQVNCSERY EARGAGAMP GLPPSLQGAA GTLAQAANFL NMLLQANDIR ESSVEEDVEW YQALVRSVAE GDPRVYRALL TFNPPPGASH L QLALQATR ...文字列:
MGTRGAVMPP PMWGLLGCCF VCAWALGGPR PIRSLPPLSS QVKPGSVPMQ VPLEGAEAAL AYLYSGDAQQ LSQVNCSERY EARGAGAMP GLPPSLQGAA GTLAQAANFL NMLLQANDIR ESSVEEDVEW YQALVRSVAE GDPRVYRALL TFNPPPGASH L QLALQATR TGEETILQDL SGNWVQEENP PGDLDTPALK KRVLTNDLGS LGSPKWPQAD GYVGDTQQVR LSPPFLECQE GR LRPGWLI TLSATFYGLK PDLSPEVRGQ VQMDVDLQSV DINQCASGPG WYSNTHLCDL NSTQCVPLES QGFVLGRYLC RCR PGFYGA SPSGGLEESD FQTTGQFGFP EGRSGRLLQC LPCPEGCTSC MDATPCLVEE AAVLRAAVLA CQACCMLAIF LSML VSYRC RRNKRIWASG VVLLETVLFG FLLLYFPVFI LYFKPSVFRC IALRWVRLLG FAIVYGTIIL KLYRVLQLFL SRTAQ RSAL LSSGRLLRRL GLLLLPVLGF LAVWTVGALE RGIQHAPLVI RGHTPSGRHF YLCHHDRWDY IMVVAELLLL CWGSFL CYA TRAVLSAFHE PRYMGIALHN ELLLSAAFHT ARFVLVPSLH PDWTLLLFFF HTHSTVTTTL ALIFIPKFWK LGAPPRE EM VDEVCEDELD LQHSGSYLGS SIASAWSEHS LDPGDIRDEL KKLYAQLEVH KTKEMAANNP HLPKKRGSSC QGLGRSFM R YLAEFPEALA RQHSRDSGS

UniProtKB: Probable G-protein coupled receptor 179

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: alphafold
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 217570
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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