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- EMDB-2710: E. coli potassium channel 3D structure by electron crystallography -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2710
タイトルE. coli potassium channel 3D structure by electron crystallography
マップデータThe four-fold symmetrized map was generated by averaging the 3D maps rotated at 0degree, 90degree, 180degree, and 270degree around the c-axis. The structure of MlotiK1 (PDB ID: 3BEH) was docked as a similar protein to Kch into the symmetrized map using Chimera.
試料
  • 試料: voltage-gated potassium channel, four-fold symmetrized map
  • タンパク質・ペプチド: Kch
キーワードPotassium channel / 6TM / RCK
機能・相同性
機能・相同性情報


transport / potassium channel activity / membrane => GO:0016020 / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Voltage-gated potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated potassium channel Kch
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Kuang Q / Purhonen P / Jegerschold C / Koeck PJB / Hebert H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Free RCK arrangement in Kch, a putative escherichia coli potassium channel, as suggested by electron crystallography.
著者: Qie Kuang / Pasi Purhonen / Caroline Jegerschöld / Philip J B Koeck / Hans Hebert /
要旨: The ligand-gated potassium channels are stimulated by various kinds of messengers. Previous studies showed that ligand-gated potassium channels containing RCK domains (the regulator of the ...The ligand-gated potassium channels are stimulated by various kinds of messengers. Previous studies showed that ligand-gated potassium channels containing RCK domains (the regulator of the conductance of potassium ion) form a dimer of tetramer structure through the RCK octameric gating ring in the presence of detergent. Here, we have analyzed the structure of Kch, a channel of this type from Escherichia coli, in a lipid environment using electron crystallography. By combining information from the 3D map of the transmembrane part of the protein and docking of an atomic model of a potassium channel, we conclude that the RCK domains face the solution and that an RCK octameric gating ring arrangement does not form under our crystallization condition. Our findings may be applied to other potassium channels that have an RCK gating ring arrangement.
履歴
登録2014年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月23日-
マップ公開2015年1月21日-
更新2015年1月21日-
現状2015年1月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2710.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The four-fold symmetrized map was generated by averaging the 3D maps rotated at 0degree, 90degree, 180degree, and 270degree around the c-axis. The structure of MlotiK1 (PDB ID: 3BEH) was docked as a similar protein to Kch into the symmetrized map using Chimera.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
3.17 Å/pix.
x 26 pix.
= 82.501 Å		3.25 Å/pix.
x 44 pix.
= 84.5 Å		3.17 Å/pix.
x 26 pix.
= 139.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 3.25 Å / Y: 3.1731 Å / Z: 3.1731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.13750449 - 0.19824362
平均 (標準偏差)-0.00201802 (±0.03603045)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin000
サイズ442626
Spacing262644
セルA: 84.5 Å / B: 82.5006 Å / C: 139.6164 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.253.17311538461543.1730909090909
M x/y/z262644
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z84.50082.501139.616
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ442626
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264426
D min/max/mean-0.1380.198-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : voltage-gated potassium channel, four-fold symmetrized map

全体名称: voltage-gated potassium channel, four-fold symmetrized map
要素
  • 試料: voltage-gated potassium channel, four-fold symmetrized map
  • タンパク質・ペプチド: Kch

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超分子 #1000: voltage-gated potassium channel, four-fold symmetrized map

超分子名称: voltage-gated potassium channel, four-fold symmetrized map
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: tetramers / Number unique components: 1

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分子 #1: Kch

分子名称: Kch / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞中の位置: inner membrane
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: c43 / 組換プラスミド: pSP19T7LT
配列UniProtKB: Voltage-gated potassium channel Kch
GO: transport, monoatomic ion transport, potassium ion transport, plasma membrane, potassium ion transmembrane transport, membrane, membrane => GO:0016020
InterPro: INTERPRO: IPR003091, Regulator of K+ conductance, N-terminal, Voltage-gated potassium channel

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液詳細: 25 mM Na-acetate at pH 7, 20% glycerol, 100 mM KCl, 0.1 mM EDTA, 1 mM reduced glutathione, 50 mM MgCl2, with or without 5% (w/v) glycine
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Embedded in trehalose
グリッド詳細: Copper grid with carbon
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 20 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Manual freezing
詳細Crystal grown by dialysis away the detergent
結晶化詳細: Crystal grown by dialysis away the detergent

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
温度平均: 95 K
日付2010年3月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 33 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 °

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画像解析

詳細The four-fold symmetrized map was generated using ccp4. B = -500 is used to boost the fall-off of the amplitudes at intermediate and high resolution in the map.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC
結晶パラメータ単位格子 - A: 143 Å / 単位格子 - B: 82 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 面群: C 1 2
CTF補正詳細: Each image

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3beh

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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