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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2709 | |||||||||
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タイトル | E. coli potassium channel 3D structure by electron crystallography | |||||||||
マップデータ | 2D crystals of KchTM, which contains the transmembrane part of Kch, a putative potassium channel from Escherichia coli. The structure of MlotiK1 (PDB ID: 3BEH) was docked as a similar protein to Kch into the overall 3D map using Chimera | |||||||||
試料 |
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キーワード | Potassium channel / 6TM / RCK | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transport / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / potassium ion transport / membrane => GO:0016020 / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kuang Q / Purhonen P / Jegerschold C / Koeck PJB / Hebert H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Free RCK arrangement in Kch, a putative escherichia coli potassium channel, as suggested by electron crystallography. 著者: Qie Kuang / Pasi Purhonen / Caroline Jegerschöld / Philip J B Koeck / Hans Hebert / 要旨: The ligand-gated potassium channels are stimulated by various kinds of messengers. Previous studies showed that ligand-gated potassium channels containing RCK domains (the regulator of the ...The ligand-gated potassium channels are stimulated by various kinds of messengers. Previous studies showed that ligand-gated potassium channels containing RCK domains (the regulator of the conductance of potassium ion) form a dimer of tetramer structure through the RCK octameric gating ring in the presence of detergent. Here, we have analyzed the structure of Kch, a channel of this type from Escherichia coli, in a lipid environment using electron crystallography. By combining information from the 3D map of the transmembrane part of the protein and docking of an atomic model of a potassium channel, we conclude that the RCK domains face the solution and that an RCK octameric gating ring arrangement does not form under our crystallization condition. Our findings may be applied to other potassium channels that have an RCK gating ring arrangement. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2709.map.gz | 497.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2709-v30.xml emd-2709.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2709.jpg | 87 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2709 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2709 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2709_validation.pdf.gz | 238.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2709_full_validation.pdf.gz | 238 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2709_validation.xml.gz | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2709 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2709 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2710C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2D crystals of KchTM, which contains the transmembrane part of Kch, a putative potassium channel from Escherichia coli. The structure of MlotiK1 (PDB ID: 3BEH) was docked as a similar protein to Kch into the overall 3D map using Chimera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 3.25 Å / Y: 3.1731 Å / Z: 3.125 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : voltage-gated potassium channel, overall map covering the whole u...
全体 | 名称: voltage-gated potassium channel, overall map covering the whole unit cell |
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要素 |
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-超分子 #1000: voltage-gated potassium channel, overall map covering the whole u...
超分子 | 名称: voltage-gated potassium channel, overall map covering the whole unit cell タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: tetramers / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Kch
分子 | 名称: Kch / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞中の位置: inner membrane |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: c43 / 組換プラスミド: pSP19T7LT |
配列 | UniProtKB: Voltage-gated potassium channel Kch GO: transport, monoatomic ion transport, potassium ion transport, plasma membrane, potassium ion transmembrane transport, membrane, membrane => GO:0016020 InterPro: INTERPRO: IPR003091, Regulator of K+ conductance, N-terminal, Voltage-gated potassium channel |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | 詳細: 25 mM Na-acetate at pH 7, 20% glycerol, 100 mM KCl, 0.1 mM EDTA, 1 mM reduced glutathione, 50 mM MgCl2, with or without 5% (w/v) glycine |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Embedded in trehalose |
グリッド | 詳細: Copper grid with carbon |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 20 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Manual freezing |
詳細 | Crystal grown by dialysis away the detergent |
結晶化 | 詳細: Crystal grown by dialysis away the detergent |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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温度 | 平均: 95 K |
日付 | 2010年3月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 33 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 ° |
-画像解析
詳細 | The 2dx software suite was used to process each individual image to extract its amplitude and phase information. The MRC image processing package was used to merge the images. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC |
結晶パラメータ | 単位格子 - A: 143 Å / 単位格子 - B: 82 Å / 単位格子 - C: 200 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 面群: C 1 2 |
CTF補正 | 詳細: Each image |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |