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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27039 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 36057 polyclonal Fab | |||||||||
マップデータ | refined map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 36057 fabs (C1 symmetry) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Jackson AM / Bangaru S / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: Antibodies from primary humoral responses modulate the recruitment of naive B cells during secondary responses. 著者: Jeroen M J Tas / Ja-Hyun Koo / Ying-Cing Lin / Zhenfei Xie / Jon M Steichen / Abigail M Jackson / Blake M Hauser / Xuesong Wang / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / John E Warner / ...著者: Jeroen M J Tas / Ja-Hyun Koo / Ying-Cing Lin / Zhenfei Xie / Jon M Steichen / Abigail M Jackson / Blake M Hauser / Xuesong Wang / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / John E Warner / Kathrin H Kirsch / Stephanie R Weldon / Bettina Groschel / Bartek Nogal / Gabriel Ozorowski / Sandhya Bangaru / Nicole Phelps / Yumiko Adachi / Saman Eskandarzadeh / Michael Kubitz / Dennis R Burton / Daniel Lingwood / Aaron G Schmidt / Usha Nair / Andrew B Ward / William R Schief / Facundo D Batista / 要旨: Vaccines generate high-affinity antibodies by recruiting antigen-specific B cells to germinal centers (GCs), but the mechanisms governing the recruitment to GCs on secondary challenges remain unclear. ...Vaccines generate high-affinity antibodies by recruiting antigen-specific B cells to germinal centers (GCs), but the mechanisms governing the recruitment to GCs on secondary challenges remain unclear. Here, using preclinical SARS-CoV and HIV mouse models, we demonstrated that the antibodies elicited during primary humoral responses shaped the naive B cell recruitment to GCs during secondary exposures. The antibodies from primary responses could either enhance or, conversely, restrict the GC participation of naive B cells: broad-binding, low-affinity, and low-titer antibodies enhanced recruitment, whereas, by contrast, the high titers of high-affinity, mono-epitope-specific antibodies attenuated cognate naive B cell recruitment. Thus, the directionality and intensity of that effect was determined by antibody concentration, affinity, and epitope specificity. Circulating antibodies can, therefore, be important determinants of antigen immunogenicity. Future vaccines may need to overcome-or could, alternatively, leverage-the effects of circulating primary antibodies on subsequent naive B cell recruitment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27039.map.gz | 49.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27039-v30.xml emd-27039.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27039.png | 18.4 KB | ||
その他 | emd_27039_half_map_1.map.gz emd_27039_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 49.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27039 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27039 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27039_validation.pdf.gz | 474.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27039_full_validation.pdf.gz | 474.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27039_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27039_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27039 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27039 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27039.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | refined map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 36057 fabs (C1 symmetry) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with...
ファイル | emd_27039_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 36057 fabs (C1 symmetry) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with...
ファイル | emd_27039_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 36057 fabs (C1 symmetry) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 36057 polycl...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 36057 polyclonal Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 36057 polycl...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 36057 polyclonal Fab タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: SARS-CoV-2 S protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 S protein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Novavax NHP 36057 Polyclonal Fab
超分子 | 名称: Novavax NHP 36057 Polyclonal Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 89236 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |