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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26983
タイトル1F8 mAb in complex with the computationally optimized broadly reactive H1 influenza hemagglutinin P1
マップデータCryoEM map of COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb
試料
  • 複合体: COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb
    • 複合体: COBRA P1 hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: COBRA P1 HA
    • 複合体: 1F8 monoclonal antibody
      • タンパク質・ペプチド: 1F8 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 1F8 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHemagglutinin / influenza virus / COBRA / monoclonal antibody / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dzimianski JV / DuBois RM / Ward A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the broad protection against H1 influenza viruses by a computationally optimized hemagglutinin vaccine.
著者: John V Dzimianski / Julianna Han / Giuseppe A Sautto / Sara M O'Rourke / Joseph M Cruz / Spencer R Pierce / Jeffrey W Ecker / Michael A Carlock / Kaito A Nagashima / Jarrod J Mousa / Ted M ...著者: John V Dzimianski / Julianna Han / Giuseppe A Sautto / Sara M O'Rourke / Joseph M Cruz / Spencer R Pierce / Jeffrey W Ecker / Michael A Carlock / Kaito A Nagashima / Jarrod J Mousa / Ted M Ross / Andrew B Ward / Rebecca M DuBois /
要旨: Influenza virus poses an ongoing human health threat with pandemic potential. Due to mutations in circulating strains, formulating effective vaccines remains a challenge. The use of computationally ...Influenza virus poses an ongoing human health threat with pandemic potential. Due to mutations in circulating strains, formulating effective vaccines remains a challenge. The use of computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) hemagglutinin (HA) proteins is a promising vaccine strategy to protect against a wide range of current and future influenza viruses. Though effective in preclinical studies, the mechanistic basis driving the broad reactivity of COBRA proteins remains to be elucidated. Here, we report the crystal structure of the COBRA HA termed P1 and identify antigenic and glycosylation properties that contribute to its immunogenicity. We further report the cryo-EM structure of the P1-elicited broadly neutralizing antibody 1F8 bound to COBRA P1, revealing 1F8 to recognize an atypical receptor binding site epitope via an unexpected mode of binding.
履歴
登録2022年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.4 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.4 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-0.73570263 - 1.626761
平均 (標準偏差)-0.00046894228 (±0.03625338)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 334.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26983_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CryoEM half map B of COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb

ファイルemd_26983_half_map_1.map
注釈CryoEM half map B of COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map A of COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb

ファイルemd_26983_half_map_2.map
注釈CryoEM half map A of COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb

全体名称: COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb
要素
  • 複合体: COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb
    • 複合体: COBRA P1 hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: COBRA P1 HA
    • 複合体: 1F8 monoclonal antibody
      • タンパク質・ペプチド: 1F8 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 1F8 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb

超分子名称: COBRA P1 HA in complex with 1F8 mAb / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: COBRA P1 hemagglutinin

超分子名称: COBRA P1 hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: HA antigen designed from human H1N1 viruses from 1933-1957 and 2009-2011, and swine H1N1 viruses from 1931-1998.
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: 1F8 monoclonal antibody

超分子名称: 1F8 monoclonal antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Recombinantly expressed Fab fragment of an IgG antibody.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: COBRA P1 HA

分子名称: COBRA P1 HA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 63.264535 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCKLKGIAPL QLGKCNIAGW LLGNPECESL LSARSWSYIV ETPNSENGT CYPGDFIDYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHNTT KGVTAACSHA GKSSFYRNLL WLTKKGGSYP K LSKSYVNN ...文字列:
DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCKLKGIAPL QLGKCNIAGW LLGNPECESL LSARSWSYIV ETPNSENGT CYPGDFIDYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHNTT KGVTAACSHA GKSSFYRNLL WLTKKGGSYP K LSKSYVNN KGKEVLVLWG VHHPSTSTDQ QSLYQNENAY VSVVSSNYNR RFTPEIAERP KVRGQAGRMN YYWTLLEPGD TI IFEATGN LIAPWYAFAL SRGSGSGIIT SNASMHECNT KCQTPQGAIN SSLPFQNIHP VTIGECPKYV RSTKLRMVTG LRN IPSIQS RGLFGAIAGF IEGGWTGMID GWYGYHHQNE QGSGYAADQK STQNAINGIT NKVNSVIEKM NTQFTAVGKE FNNL EKRME NLNKKVDDGF LDIWTYNAEL LVLLENERTL DFHDSNVKNL YEKVKSQLRN NAKEIGNGCF EFYHKCDNEC MESVK NGTY DYPKYSEESK LNREKIDGVK LESMGVYGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGLND IFEAQKIEWH EGHHHH HH

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分子 #2: 1F8 light chain

分子名称: 1F8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.918271 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCKASQSVD FDGDTYMSWY QQKPGQPPKL LIYAASKLES GIPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YFCQQSNEDP WTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCKASQSVD FDGDTYMSWY QQKPGQPPKL LIYAASKLES GIPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YFCQQSNEDP WTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC

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分子 #3: 1F8 heavy chain

分子名称: 1F8 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.900818 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLQQSGAE LMKPGASVKI SCKATGYTFS SYWIEWVKQR PGHGLEWIGE ILPGSGRTNY DERFKGKATF TADTSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARP RIYGMDYWGQ GTSVTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN S GSLSSGVH ...文字列:
QVQLQQSGAE LMKPGASVKI SCKATGYTFS SYWIEWVKQR PGHGLEWIGE ILPGSGRTNY DERFKGKATF TADTSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARP RIYGMDYWGQ GTSVTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN S GSLSSGVH TFPAVLQSDL YTLSSSVTVP SSPRPSETVT CNVAHPASST KVDKKIEPRG LVPR

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細1:3:3 molar ratio of P1 HA, 1F8, and P1-05

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57151
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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