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- EMDB-26855: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26855
タイトルArabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)
マップデータArabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA), final density-modified map, corresponds to molecular model
試料
  • 複合体: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)
    • 複合体: DDM1
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase DDM1
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • 複合体: Histone octamer
        • タンパク質・ペプチド: Probable histone H2A.7
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
        • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
        • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • 複合体: DNA double helix
        • DNA: DNA (sense strand)
        • DNA: DNA (antisense strand)
キーワードChromatin remodeler / Helicase / ATPase / Complex / Gene regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


rDNA protrusion / DNA-mediated transformation / retrotransposition / heterochromatin organization / plasmodesma / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / plastid / heterochromatin / pericentric heterochromatin ...rDNA protrusion / DNA-mediated transformation / retrotransposition / heterochromatin organization / plasmodesma / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / plastid / heterochromatin / pericentric heterochromatin / DNA helicase activity / epigenetic regulation of gene expression / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / DNA helicase / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HELLS, N-terminal / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...HELLS, N-terminal / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Histone H4 / Histone H2B / Probable histone H2A.7 / ATP-dependent DNA helicase DDM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ipsaro JJ / Adams DW / Joshua-Tor L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Chromatin remodeling of histone H3 variants by DDM1 underlies epigenetic inheritance of DNA methylation.
著者: Seung Cho Lee / Dexter W Adams / Jonathan J Ipsaro / Jonathan Cahn / Jason Lynn / Hyun-Soo Kim / Benjamin Berube / Viktoria Major / Joseph P Calarco / Chantal LeBlanc / Sonali Bhattacharjee / ...著者: Seung Cho Lee / Dexter W Adams / Jonathan J Ipsaro / Jonathan Cahn / Jason Lynn / Hyun-Soo Kim / Benjamin Berube / Viktoria Major / Joseph P Calarco / Chantal LeBlanc / Sonali Bhattacharjee / Umamaheswari Ramu / Daniel Grimanelli / Yannick Jacob / Philipp Voigt / Leemor Joshua-Tor / Robert A Martienssen /
要旨: Nucleosomes block access to DNA methyltransferase, unless they are remodeled by DECREASE in DNA METHYLATION 1 (DDM1), a Snf2-like master regulator of epigenetic inheritance. We show that DDM1 ...Nucleosomes block access to DNA methyltransferase, unless they are remodeled by DECREASE in DNA METHYLATION 1 (DDM1), a Snf2-like master regulator of epigenetic inheritance. We show that DDM1 promotes replacement of histone variant H3.3 by H3.1. In ddm1 mutants, DNA methylation is partly restored by loss of the H3.3 chaperone HIRA, while the H3.1 chaperone CAF-1 becomes essential. The single-particle cryo-EM structure at 3.2 Å of DDM1 with a variant nucleosome reveals engagement with histone H3.3 near residues required for assembly and with the unmodified H4 tail. An N-terminal autoinhibitory domain inhibits activity, while a disulfide bond in the helicase domain supports activity. DDM1 co-localizes with H3.1 and H3.3 during the cell cycle, and with the DNA methyltransferase MET1, but is blocked by H4K16 acetylation. The male germline H3.3 variant MGH3/HTR10 is resistant to remodeling by DDM1 and acts as a placeholder nucleosome in sperm cells for epigenetic inheritance.
履歴
登録2022年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26855.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26855.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA), final density-modified map, corresponds to molecular model
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-10.712865000000001 - 18.843906
平均 (標準偏差)-0.000000000012646 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin11390123
サイズ10013781
Spacing81100137
セルA: 89.1 Å / B: 110.0 Å / C: 150.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3,...

ファイルemd_26855_additional_1.map
注釈Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA), non-uniform refined map, prior to density modification
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3,...

ファイルemd_26855_half_map_1.map
注釈Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA), half map A, used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3,...

ファイルemd_26855_half_map_2.map
注釈Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2AW, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA), half map A, used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with ...

全体名称: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)
要素
  • 複合体: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)
    • 複合体: DDM1
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase DDM1
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • 複合体: Histone octamer
        • タンパク質・ペプチド: Probable histone H2A.7
        • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
        • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
        • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • 複合体: DNA double helix
        • DNA: DNA (sense strand)
        • DNA: DNA (antisense strand)

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超分子 #1: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with ...

超分子名称: Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex contains two copies of each histone (H2A.W, H2B, H3.3, and H4), 147 base pairs of DNA, and 1 copy of Arabidopsis DDM1
分子量理論値: 91 KDa

+
超分子 #2: DDM1

超分子名称: DDM1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 細胞中の位置: nucleus

+
超分子 #3: Nucleosome core particle

超分子名称: Nucleosome core particle / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #6-#7
詳細: Complex contains two copies of each histone (H2A.W, H2B, H3.3, and H4) and 147 base pairs of DNA

+
超分子 #4: Histone octamer

超分子名称: Histone octamer / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Contains two copies each of H2A.W, H2B, H3.3, and H4
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 細胞中の位置: nucleus

+
超分子 #5: DNA double helix

超分子名称: DNA double helix / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #6-#7 / 詳細: Generated by PCR amplification

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分子 #1: Probable histone H2A.7

分子名称: Probable histone H2A.7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 15.997942 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MESTGKVKKA FGGRKPPGAP KTKSVSKSMK AGLQFPVGRI TRFLKKGRYA QRLGGGAPVY MAAVLEYLAA EVLELAGNAA RDNKKSRII PRHLLLAIRN DEELGKLLSG VTIAHGGVLP NINSVLLPKK SATKPAEEKA TKSPVKSPKK A

UniProtKB: Probable histone H2A.7

+
分子 #2: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.474459 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAPRAEKKPA EKKPAAEKPV EEKSKAEKAP AEKKPKAGKK LPKEAGAGGD KKKKMKKKSV ETYKIYIFKV LKQVHPDIGI SSKAMGIMN SFINDIFEKL ASESSKLARY NKKPTITSRE IQTAVRLVLP GELAKHAVSE GTKAVTKFTS S

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #3: Histone H3.3

分子名称: Histone H3.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 15.440144 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PTTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRKYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSHA VLALQEAAEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.3

+
分子 #4: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #5: ATP-dependent DNA helicase DDM1

分子名称: ATP-dependent DNA helicase DDM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 86.757758 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVSLRSRKVI PASEMVSDGK TEKDASGDSP TSVLNEEENC EEKSVTVVEE EILLAKNGDS SLISEAMAQE EEQLLKLRED EEKANNAGS AVAPNLNETQ FTKLDELLTQ TQLYSEFLLE KMEDITINGI ESESQKAEPE KTGRGRKRKA ASQYNNTKAK R AVAAMISR ...文字列:
MVSLRSRKVI PASEMVSDGK TEKDASGDSP TSVLNEEENC EEKSVTVVEE EILLAKNGDS SLISEAMAQE EEQLLKLRED EEKANNAGS AVAPNLNETQ FTKLDELLTQ TQLYSEFLLE KMEDITINGI ESESQKAEPE KTGRGRKRKA ASQYNNTKAK R AVAAMISR SKEDGETINS DLTEEETVIK LQNELCPLLT GGQLKSYQLK GVKWLISLWQ NGLNGILADQ MGLGKTIQTI GF LSHLKGN GLDGPYLVIA PLSTLSNWFN EIARFTPSIN AIIYHGDKNQ RDELRRKHMP KTVGPKFPIV ITSYEVAMND AKR ILRHYP WKYVVIDEGH RLKNHKCKLL RELKHLKMDN KLLLTGTPLQ NNLSELWSLL NFILPDIFTS HDEFESWFDF SEKN KNEAT KEEEEKRRAQ VVSKLHGILR PFILRRMKCD VELSLPRKKE IIMYATMTDH QKKFQEHLVN NTLEAHLGEN AIRGQ GWKG KLNNLVIQLR KNCNHPDLLQ GQIDGSYLYP PVEEIVGQCG KFRLLERLLV RLFANNHKVL IFSQWTKLLD IMDYYF SEK GFEVCRIDGS VKLDERRRQI KDFSDEKSSC SIFLLSTRAG GLGINLTAAD TCILYDSDWN PQMDLQAMDR CHRIGQT KP VHVYRLSTAQ SIETRVLKRA YSKLKLEHVV IGQGQFHQER AKSSTPLEEE DILALLKEDE TAEDKLIQTD ISDADLDR L LDRSDLTITA PGETQAAEAF PVKGPGWEVV LPSSGGMLSS LNS

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase DDM1

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分子 #6: DNA (sense strand)

分子名称: DNA (sense strand) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.105727 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

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分子 #7: DNA (antisense strand)

分子名称: DNA (antisense strand) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.64407 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
2.0 mMC4H11NO3Tris
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMC10H12N5O12P3SATP-gamma-S
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 42.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted for 2.5 seconds before plunging..
詳細DDM1 and reconstituted nucleosomes were reconstituted in a 4:1 molar ratio. Crosslinking with 0.05% glutaraldehyde was performed for 15 minutes followed by quenching with 2 mM Tris, pH 8.0. ATP-gamma-S and MgCl2 were added at 1 and 2 mM, respectively.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8165 / 平均露光時間: 4.8 sec. / 平均電子線量: 71.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3788872
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.2+210831) / 使用した粒子像数: 215066
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.2+210831)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.2+210831)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 141299 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.2+210831)
詳細: Iterative rounds of 2D classification, 3D classification, and subselection were made. The last round of 3D classification had 4 classes of which 1 was chosen for further refinement and final reconstruction.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6uxw

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uxw

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / 温度因子: 57.8 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ux9:
Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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