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- EMDB-26839: KSQ+AT from first module of the pikromycin synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26839
タイトルKSQ+AT from first module of the pikromycin synthase
マップデータPrimary map. Density fades for distal AT domains. Use AT_newest.ccp4 for these (related through twofold of PikKSAT1_dimer.cif).
試料
  • 複合体: Pik127
    • タンパク質・ペプチド: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
  • リガンド: water水
キーワードketosynthase-like / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / decarboxylation / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily ...: / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Keatinge-Clay AT / Dickinson MS / Miyazawa T / McCool RS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106112 米国
Welch FoundationF-1712 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Priming enzymes from the pikromycin synthase reveal how assembly-line ketosynthases catalyze carbon-carbon chemistry.
著者: Miles S Dickinson / Takeshi Miyazawa / Ryan S McCool / Adrian T Keatinge-Clay /
要旨: The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups ...The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups to growing polyketide chains, it performs an extension-decoupled decarboxylation of these groups to generate primer units. When Pik127, a model triketide synthase constructed from modules of the pikromycin synthase, was studied by cryoelectron microscopy (cryo-EM), the dimeric didomain comprised of KS and the neighboring methylmalonyl-selective acyltransferase (AT) dominated the class averages and yielded structures at 2.5- and 2.8-Å resolution, respectively. Comparisons with ketosynthases complexed with their substrates revealed the conformation of the (2S)-methylmalonyl-S-phosphopantetheinyl portion of KS and KS substrates prior to decarboxylation. Point mutants of Pik127 probed the roles of residues in the KS active site, while an AT-swapped version of Pik127 demonstrated that KS can also decarboxylate malonyl groups. Mechanisms for how KS and KS domains catalyze carbon-carbon chemistry are proposed.
履歴
登録2022年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26839.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map. Density fades for distal AT domains. Use AT_newest.ccp4 for these (related through twofold of PikKSAT1_dimer.cif).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-3.1150494 - 6.100517
平均 (標準偏差)0.00000000000114 (±0.51408863)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin6310698
サイズ17575105
Spacing10517575
セルA: 85.05 Å / B: 141.75 Å / C: 60.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map for AT (Chain B) obtained through local...

ファイルemd_26839_additional_1.map
注釈Map for AT (Chain B) obtained through local refinement. Apply twofold from PikKSQAT1.cif to obtain map for AT (Chain A).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: second half map

ファイルemd_26839_half_map_1.map
注釈second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: first half map

ファイルemd_26839_half_map_2.map
注釈first half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pik127

全体名称: Pik127
要素
  • 複合体: Pik127
    • タンパク質・ペプチド: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Pik127

超分子名称: Pik127 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Polyketide synthase engineered from the first, second, and seventh modules of the pikromycin synthase as described in Miyazawa et al., 2021, Chem. Commun. 57:8762-8765
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア) / 株: 15439
分子量理論値: 410 KDa

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分子 #1: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2

分子名称: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 10-deoxymethynolide synthase
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
分子量理論値: 91.797898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EPVAVVGISC RVPGARDPRE FWELLAAGGQ AVTDVPADRW NAGDFYDPDR SAPGRSNSRW GGFIEDVDRF DAAFFGISPR EAAEMDPQQ RLALELGWEA LERAGIDPSS LTGTRTGVFA GAIWDDYATL KHRQGGAAIT PHTVTGLHRG IIANRLSYTL G LRGPSMVV ...文字列:
EPVAVVGISC RVPGARDPRE FWELLAAGGQ AVTDVPADRW NAGDFYDPDR SAPGRSNSRW GGFIEDVDRF DAAFFGISPR EAAEMDPQQ RLALELGWEA LERAGIDPSS LTGTRTGVFA GAIWDDYATL KHRQGGAAIT PHTVTGLHRG IIANRLSYTL G LRGPSMVV DSGQSSSLVA VHLACESLRR GESELALAGG VSLNLVPDSI IGASKFGGLS PDGRAYTFDA RANGYVRGEG GG FVVLKRL SRAVADGDPV LAVIRGSAVN NGGAAQGMTT PDAQAQEAVL REAHERAGTA PADVRYVELH GTGTPVGDPI EAA ALGAAL GTGRPAGQPL LVGSVKTNIG HLEGAAGIAG LIKAVLAVRG RALPASLNYE TPNPAIPFEE LNLRVNTEYL PWEP EHDGQ RMVVGVSSFG MGGTNAHVVL EEAPGVVEGA SVVESTVGGS AVGGGVVPWV VSAKSAAALD AQIERLAAFA SRDRT DGVD AGAVDAGAVD AGAVARVLAG GRAQFEHRAV VVGSGPDDLA AALAAPEGLV RGVASGVGRV AFVFPGQGTQ WAGMGA ELL DSSAVFAAAM AECEAALSPY VDWSLEAVVR QAPGAPTLER VDVVQPVTFA VMVSLARVWQ HHGVTPQAVV GHSQGEI AA AYVAGALSLD DAARVVTLRS KSIAAHLAGK GGMLSLALSE DAVLERLAGF DGLSVAAVNG PTATVVSGDP VQIEELAR A CEADGVRARV IPVDYASHSR QVEIIESELA EVLAGLSPQA PRVPFFSTLE GAWITEPVLD GGYWYRNLRH RVGFAPAVE TLATDEGFTH FVEVSAHPVL TMALPGTVTG LATLRRDNGG QDRLVASLAE AWANGLAVDW SPLLPSATGH HSDLPTYAFQ TERHWL

UniProtKB: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 55 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMK3PO4potassium phosphate
0.5 mMC9H15O6PTCEP
3.0 mMC25H40N7O19P3Smethylmalonyl-CoAメチルマロニルCoA
1.0 mMC21H30N7O17P3NADPHニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

詳細: Buffer was made fresh because TCEP rapidly degrades in phosphate
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted for 3 seconds with a force of "1" before plunging..
詳細This sample was monodisperse. It was incubated with its substrates, methylmalonyl-CoA and NADPH, for 30 min. at 25 C before freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 61728 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Collected 4284 movies at 0 degrees tilt and 2912 movies at -30 degrees tilt
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7196 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 / 詳細: 20 frames per second
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6761206
詳細: From blob picker, 6,761,206 particles were selected. Then, from template picker, 2,350,020 particles were selected.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio generated in cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 詳細: Ab initio generated in cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 78019 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 詳細: Density modification in Phenix / 使用した粒子像数: 184737
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2qo3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Phenix
得られたモデル

PDB-7uwr:
KSQ+AT from first module of the pikromycin synthase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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