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万見
- EMDB-26815: Cryo-EM structure of the ribosome bound Bacteroides thetaiotaomic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26815
タイトルCryo-EM structure of the ribosome bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2
マップデータ
試料
  • 複合体: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2
    • タンパク質・ペプチド: Tetracycline resistance protein TetQ
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードTranslation elongation factor / Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2 / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
: / Elongation factor G domain 2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...: / Elongation factor G domain 2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetracycline resistance protein TetQ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang C / Han W / Groisman EA / Liu J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2
著者: Wang C / Han W / Groisman EA
履歴
登録2022年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26815.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.32 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.32 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-2.7687325 - 4.1777544
平均 (標準偏差)0.0006652547 (±0.061466146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.31998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26815_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26815_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2

全体名称: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2
要素
  • 複合体: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2
    • タンパク質・ペプチド: Tetracycline resistance protein TetQ
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2

超分子名称: ribosome-bound Bacteroides thetaiotaomicron EF-G2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

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分子 #1: Tetracycline resistance protein TetQ

分子名称: Tetracycline resistance protein TetQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50
分子量理論値: 80.353859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MKVYQTNEIK NIALLGSSGS GKTTLVEAML FESGVIKRRG SVAAKNTVSD YFPVEQEYGY SVFSTVLHVE WNNKKLNIID CPGSDDFVG STVTALNVTD TAIILLNGQY GVEVGTQNHF RYTEKLNKPV IFLVNQLDNE KCDYDNILEQ LKEAYGSKVV P IQYPIATG ...文字列:
MKVYQTNEIK NIALLGSSGS GKTTLVEAML FESGVIKRRG SVAAKNTVSD YFPVEQEYGY SVFSTVLHVE WNNKKLNIID CPGSDDFVG STVTALNVTD TAIILLNGQY GVEVGTQNHF RYTEKLNKPV IFLVNQLDNE KCDYDNILEQ LKEAYGSKVV P IQYPIATG PGFNALIDVL LMKKYSWKPE GGAPVIEDIP AEEMDKAMEM HKALVEAAAE NDEGLMEKFF EQDSLTEDEM RE GIRKGLI ARGMFPVFCV CGGKDMGVRR LMEFLGNVVP FVSEMPKVEN TDGKEVAPDV NGPESLYFFK TSVEPHIGEV SYF KVMSGK VREGDDLLNA DRGSKERIAQ IYVVAGGNRV KVEELQAGDI GAAVKLKDVK TGNTLNGKDC DYKFNFIKYP NSKY SRAIK PVNEADVEKM MTILNRMREE DPTWVIEQSK ELKQTLVHGQ GEFHLRTLKW RLENNEKLQV KFEEPKIPYR ETITK AARA DYRHKKQSGG AGQFGEVHLI VEPYKEGMPV PDTYKFNGQE FKITVRGTEE IPLEWGGKLV FINSIVGGSI DARFLP AIM KGIMSRLEQG PLTGSYARDV RVIVYDGKMH PVDSNEISFM LAGRNAFSEA FKNAGPKILE PIYDVEVFVP SDRMGDV MG DLQGRRAMIM GMSSEKGFEK LVAKVPLKEM SSYSTALSSL TGGRASFIMK FASYELVPTD VQDKLIKDFE AKQTEE

UniProtKB: Tetracycline resistance protein TetQ

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分子 #2: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 210467
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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