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万見- EMDB-26794: Tomogram of platelet filopodia in presence of SARS-CoV-2 spike protein -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26794 | |||||||||
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タイトル | Tomogram of platelet filopodia in presence of SARS-CoV-2 spike protein | |||||||||
マップデータ | Tomogram of platelet filopodia in presence of SARS-CoV-2 spike protein | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Kuhn CC / Basnet N / Bodakuntla S / Nichols S / Martinez-Sanchez A / Agostini L / Soh YM / Takagi J / Biertumpfel C / Mizuno N | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Direct Cryo-ET observation of platelet deformation induced by SARS-CoV-2 spike protein. 著者: Christopher Cyrus Kuhn / Nirakar Basnet / Satish Bodakuntla / Pelayo Alvarez-Brecht / Scott Nichols / Antonio Martinez-Sanchez / Lorenzo Agostini / Young-Min Soh / Junichi Takagi / Christian ...著者: Christopher Cyrus Kuhn / Nirakar Basnet / Satish Bodakuntla / Pelayo Alvarez-Brecht / Scott Nichols / Antonio Martinez-Sanchez / Lorenzo Agostini / Young-Min Soh / Junichi Takagi / Christian Biertümpfel / Naoko Mizuno / 要旨: SARS-CoV-2 is a novel coronavirus responsible for the COVID-19 pandemic. Its high pathogenicity is due to SARS-CoV-2 spike protein (S protein) contacting host-cell receptors. A critical hallmark of ...SARS-CoV-2 is a novel coronavirus responsible for the COVID-19 pandemic. Its high pathogenicity is due to SARS-CoV-2 spike protein (S protein) contacting host-cell receptors. A critical hallmark of COVID-19 is the occurrence of coagulopathies. Here, we report the direct observation of the interactions between S protein and platelets. Live imaging shows that the S protein triggers platelets to deform dynamically, in some cases, leading to their irreversible activation. Cellular cryo-electron tomography reveals dense decorations of S protein on the platelet surface, inducing filopodia formation. Hypothesizing that S protein binds to filopodia-inducing integrin receptors, we tested the binding to RGD motif-recognizing platelet integrins and find that S protein recognizes integrin αβ. Our results infer that the stochastic activation of platelets is due to weak interactions of S protein with integrin, which can attribute to the pathogenesis of COVID-19 and the occurrence of rare but severe coagulopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26794.map.gz | 2.4 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26794-v30.xml emd-26794.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26794.png | 120.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26794 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26794 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomogram of platelet filopodia in presence of SARS-CoV-2 spike protein | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 11.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Platelet deformation induced by SARS-CoV-2 spike protein
全体 | 名称: Platelet deformation induced by SARS-CoV-2 spike protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Platelet deformation induced by SARS-CoV-2 spike protein
超分子 | 名称: Platelet deformation induced by SARS-CoV-2 spike protein タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: platelet
超分子 | 名称: platelet / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: isolated from whole blood |
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-超分子 #3: Spike glycoprotein
超分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
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-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: "SPIKE_SARS2 Spike glycoprotein(UniProt P0DTC2) RRAR furin cleavage site mutated to GSAGC-terminal Rho1D4-tag(TETSQVAPA) fused with spacer GSSG" 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PGSAGSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GAALQIPFAM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TASALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDKVEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQYI KWPWYIWLGF IAGLIAIVMV TIMLCCMTSC CSCLKGCCSC GSCCKFDEDD SEPVLKGVKL HYTGSSGTET SQVAPA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 61 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 33000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61 |
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