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万見
- EMDB-26791: Cryo-EM subtomogram average of IFT-A in anterograde IFT trains at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26791
タイトルCryo-EM subtomogram average of IFT-A in anterograde IFT trains at 23 Angstrom resolution (Chlamydomonas reinhardtii)
マップデータPrimary masked map
試料
  • 複合体: IFT-A complex comprised of IFT43, IFT121, IFT122, IFT139, IFT140, and IFT144
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Jordan MA / Pigino G
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Integrative modeling reveals the molecular architecture of the Intraflagellar Transport A (IFT-A) complex
著者: McCafferty CL / Papoulas O / Jordan MA / Hoogerbrugge G / Nichols C / Pigino G / Taylor DW / Wallingford JB / Marcotte EM
履歴
登録2022年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26791.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary masked map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.066 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.15
最小 - 最大-3.0948513 - 5.6137547
平均 (標準偏差)0.009711553 (±0.24373692)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin110110110
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 565.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Composite polymer map

ファイルemd_26791_additional_1.map
注釈Composite polymer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Large 300px raw map

ファイルemd_26791_additional_2.map
注釈Large 300px raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IFT-A complex comprised of IFT43, IFT121, IFT122, IFT139, IFT140,...

全体名称: IFT-A complex comprised of IFT43, IFT121, IFT122, IFT139, IFT140, and IFT144
要素
  • 複合体: IFT-A complex comprised of IFT43, IFT121, IFT122, IFT139, IFT140, and IFT144

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超分子 #1: IFT-A complex comprised of IFT43, IFT121, IFT122, IFT139, IFT140,...

超分子名称: IFT-A complex comprised of IFT43, IFT121, IFT122, IFT139, IFT140, and IFT144
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cryo-ET subtomogram averaging of an IFT-A complex, as observed in situ in the context of an anterograde intraflagellar transport (IFT) train in intact Chlamydomonas flagella
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Fresh liquid cell cultures of 300 mL were grown for three to four days in TAP (Tris-acetate-phosphate) medium at 22 degrees C under a light-dark cycle with constant aeration. 3 microL undiluted Chlamydomonas cells were applied to the grid and mixed with 1 microL 10 nm colloidal gold particles (BBI solutions)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細: Images were recorded with an energy filter (GIF, Gatan image filter). Digital Micrograph software (Gatan) was used to tune the GIF, and SerialEM software was employed for the automated ...詳細: Images were recorded with an energy filter (GIF, Gatan image filter). Digital Micrograph software (Gatan) was used to tune the GIF, and SerialEM software was employed for the automated acquisition of tomographic tilt series in low-dose mode.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 撮影したグリッド数: 34 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.85 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 9350
抽出トモグラム数: 96 / 使用した粒子像数: 9350 / 手法: manual picking / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: bin6 tomograms were filtered with NAD (non-linear anisotropic diffusion) in IMOD to increase contrast and facilitate particle picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: CTF curves were estimated with CTFPLOTTER and the data were corrected by phase-flipping with CTFPHASEFLIP, both implemented in IMOD.
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: PEET

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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