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- EMDB-26720: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26720
タイトルSJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
マップデータSJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
試料
  • 複合体: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
    • 複合体: B-lymphocyte antigen CD19
      • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD19
    • 複合体: SJ25C1 Fab light chain, SJ25C1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SJ25C1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: SJ25C1 Fab heavy chain
キーワードComplex / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell activation / antigen receptor-mediated signaling pathway / B-1 B cell differentiation / regulation of B cell receptor signaling pathway / B cell proliferation involved in immune response / immunoglobulin mediated immune response / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway ...regulation of B cell activation / antigen receptor-mediated signaling pathway / B-1 B cell differentiation / regulation of B cell receptor signaling pathway / B cell proliferation involved in immune response / immunoglobulin mediated immune response / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / external side of plasma membrane / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B-lymphocyte antigen CD19 / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Meyerson J / He C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2023
タイトル: CD19 CAR antigen engagement mechanisms and affinity tuning.
著者: Changhao He / Jorge Mansilla-Soto / Nandish Khanra / Mohamad Hamieh / Victor Bustos / Alice J Paquette / Andreina Garcia Angus / Derek M Shore / William J Rice / George Khelashvili / Michel ...著者: Changhao He / Jorge Mansilla-Soto / Nandish Khanra / Mohamad Hamieh / Victor Bustos / Alice J Paquette / Andreina Garcia Angus / Derek M Shore / William J Rice / George Khelashvili / Michel Sadelain / Joel R Meyerson /
要旨: Chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy relies on T cells that are guided by synthetic receptors to target and lyse cancer cells. CARs bind to cell surface antigens through an scFv (binder), ...Chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy relies on T cells that are guided by synthetic receptors to target and lyse cancer cells. CARs bind to cell surface antigens through an scFv (binder), the affinity of which is central to determining CAR T cell function and therapeutic success. CAR T cells targeting CD19 were the first to achieve marked clinical responses in patients with relapsed/refractory B cell malignancies and to be approved by the U.S. Food and Drug Administration (FDA). We report cryo-EM structures of CD19 antigen with the binder FMC63, which is used in four FDA-approved CAR T cell therapies (Kymriah, Yescarta, Tecartus, and Breyanzi), and the binder SJ25C1, which has also been used extensively in multiple clinical trials. We used these structures for molecular dynamics simulations, which guided creation of lower- or higher-affinity binders, and ultimately produced CAR T cells endowed with distinct tumor recognition sensitivities. The CAR T cells exhibited different antigen density requirements to trigger cytolysis and differed in their propensity to prompt trogocytosis upon contacting tumor cells. Our work shows how structural information can be applied to tune CAR T cell performance to specific target antigen densities.
履歴
登録2022年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26720.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 257.7 Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 257.7 Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 257.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.859 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.5633152 - 5.0001574
平均 (標準偏差)0.0007951497 (±0.059048977)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 257.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19

ファイルemd_26720_half_map_1.map
注釈SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19

ファイルemd_26720_half_map_2.map
注釈SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19

全体名称: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
要素
  • 複合体: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19
    • 複合体: B-lymphocyte antigen CD19
      • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD19
    • 複合体: SJ25C1 Fab light chain, SJ25C1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SJ25C1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: SJ25C1 Fab heavy chain

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超分子 #1: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19

超分子名称: SJ25C1 Fab in complex with soluble CD19 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: B-lymphocyte antigen CD19

超分子名称: B-lymphocyte antigen CD19 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: SJ25C1 Fab light chain, SJ25C1 Fab heavy chain

超分子名称: SJ25C1 Fab light chain, SJ25C1 Fab heavy chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: B-lymphocyte antigen CD19

分子名称: B-lymphocyte antigen CD19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.649246 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPPPRLLFFL LFLTPMEVRP EEPLVVKVEE GDNAVLQCLK GTSDGPTQQL TWSRESPLKP FLKLSLGLPG LGIHVSPLAI WLFISNVSQ QMGGFYLCQP GPPSEKAWQP GWTVNVEGSG ELFRWNVSDL GGLGCGLKNR SSEGPSSPSG KLMSPKLYVW A KDRPEIWE ...文字列:
MPPPRLLFFL LFLTPMEVRP EEPLVVKVEE GDNAVLQCLK GTSDGPTQQL TWSRESPLKP FLKLSLGLPG LGIHVSPLAI WLFISNVSQ QMGGFYLCQP GPPSEKAWQP GWTVNVEGSG ELFRWNVSDL GGLGCGLKNR SSEGPSSPSG KLMSPKLYVW A KDRPEIWE GEPPCLPPRD SLNQSLSQDL TMAPGSTLWL SCGVPPDSVS RGPLSWTHVH PKGPKSLLSL ELKDDRPARD MW VMETGLL LPRATAQDAG KYYCHRGNLT MSFHLEITAR P

UniProtKB: B-lymphocyte antigen CD19

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分子 #2: SJ25C1 Fab light chain

分子名称: SJ25C1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.765703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD IELTQSPKFM STSVGDRVSV TCKASQNVGT NVAWYQQKPG QSPKPLIYSA TYRNSGVPDR FTGSGSGTD FTLTITNVQS KDLADYFCQQ YNRYPYTSGG GTKLEIKRTR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSD IELTQSPKFM STSVGDRVSV TCKASQNVGT NVAWYQQKPG QSPKPLIYSA TYRNSGVPDR FTGSGSGTD FTLTITNVQS KDLADYFCQQ YNRYPYTSGG GTKLEIKRTR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: SJ25C1 Fab heavy chain

分子名称: SJ25C1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.030293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VKLQQSGAEL VRPGSSVKIS CKASGYAFSS YWMNWVKQRP GQGLEWIGQI YPGDGDTNYN GKFKGQATL TADKSSSTAY MQLSGLTSED SAVYFCARKT ISSVVDFYFD YWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VKLQQSGAEL VRPGSSVKIS CKASGYAFSS YWMNWVKQRP GQGLEWIGQI YPGDGDTNYN GKFKGQATL TADKSSSTAY MQLSGLTSED SAVYFCARKT ISSVVDFYFD YWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VE PKSCHHH HHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.47 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 351934
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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