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- EMDB-26716: Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26716
タイトルGea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
マップデータGea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
試料
  • 複合体: Gea2 bound to Arf1
    • 複合体: GEA2 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: GEA2 isoform 1
    • 複合体: ARF1 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: ARF1 isoform 1
キーワードGEF / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular localization / regulation of ARF protein signal transduction / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein transport / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type ...Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor / GEA2 isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Muccini A / Fromme JC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35GM136258 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis for activation of Arf1 at the Golgi complex.
著者: Arnold J Muccini / Margaret A Gustafson / J Christopher Fromme /
要旨: The Golgi complex is the central sorting station of the eukaryotic secretory pathway. Traffic through the Golgi requires activation of Arf guanosine triphosphatases that orchestrate cargo sorting and ...The Golgi complex is the central sorting station of the eukaryotic secretory pathway. Traffic through the Golgi requires activation of Arf guanosine triphosphatases that orchestrate cargo sorting and vesicle formation by recruiting an array of effector proteins. Arf activation and Golgi membrane association is controlled by large guanine nucleotide exchange factors (GEFs) possessing multiple conserved regulatory domains. Here we present cryoelectron microscopy (cryoEM) structures of full-length Gea2, the yeast paralog of the human Arf-GEF GBF1, that reveal the organization of these regulatory domains and explain how Gea2 binds to the Golgi membrane surface. We find that the GEF domain adopts two different conformations compatible with different stages of the Arf activation reaction. The structure of a Gea2-Arf1 activation intermediate suggests that the movement of the GEF domain primes Arf1 for membrane insertion upon guanosine triphosphate binding. We propose that conformational switching of Gea2 during the nucleotide exchange reaction promotes membrane insertion of Arf1.
履歴
登録2022年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26716.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26716.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.65 Å/pix.
x 300 pix.
= 495.36 Å		1.65 Å/pix.
x 300 pix.
= 495.36 Å		1.65 Å/pix.
x 300 pix.
= 495.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.6
最小 - 最大-134.720100000000002 - 142.729230000000001
平均 (標準偏差)0.003393386 (±1.5517825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 495.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26716_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)

ファイルemd_26716_additional_1.map
注釈Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)

ファイルemd_26716_additional_2.map
注釈Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)

ファイルemd_26716_additional_3.map
注釈Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)

ファイルemd_26716_additional_4.map
注釈Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)

ファイルemd_26716_half_map_1.map
注釈Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)

ファイルemd_26716_half_map_2.map
注釈Gea2-Arf1 activation intermediate complex (composite structure)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gea2 bound to Arf1

全体名称: Gea2 bound to Arf1
要素
  • 複合体: Gea2 bound to Arf1
    • 複合体: GEA2 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: GEA2 isoform 1
    • 複合体: ARF1 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: ARF1 isoform 1

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超分子 #1: Gea2 bound to Arf1

超分子名称: Gea2 bound to Arf1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: GEA2 isoform 1

超分子名称: GEA2 isoform 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #3: ARF1 isoform 1

超分子名称: ARF1 isoform 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: GEA2 isoform 1

分子名称: GEA2 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 165.846844 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MSDREFVTVD PVTIIIKECI NLSTAMRKYS KFTSQSGVAA LLGGGSEIFS NQDDYLAHTF NNLNTNKHND PFLSGFIQLR LMLNKLKNL DNIDSLTILQ PFLLIVSTSS ISGYITSLAL DSLQKFFTLN IINESSQNYI GAHRATVNAL THCRFEGSQQ L SDDSVLLK ...文字列:
MSDREFVTVD PVTIIIKECI NLSTAMRKYS KFTSQSGVAA LLGGGSEIFS NQDDYLAHTF NNLNTNKHND PFLSGFIQLR LMLNKLKNL DNIDSLTILQ PFLLIVSTSS ISGYITSLAL DSLQKFFTLN IINESSQNYI GAHRATVNAL THCRFEGSQQ L SDDSVLLK VVFLLRSIVD SPYGDLLSNS IIYDVLQTIL SLACNNRRSE VLRNAAQSTM IAVTVKIFSK LKTIEPVNVN QI YINDESY TNDVLKADTI GTNVESKEEG SQEDPIGMKV NNEEAISEDD GIEEEHIHSE KSTNGAEQLD IVQKTTRSNS RIQ AYADDN YGLPVVRQYL NLLLSLIAPE NELKHSYSTR IFGLELIQTA LEISGDRLQL YPRLFTLISD PIFKSILFII QNTT KLSLL QATLQLFTTL VVILGNNLQL QIELTLTRIF SILLDDGTAN NSSSENKNKP SIIKELLIEQ ISILWTRSPS FFTST FINF DCNLDRADVS INFLKALTKL ALPESALTTT ESVPPICLEG LVSLVDDMFD HMKDIDREEF GRQKNEMEIL KKRDRK TEF IECTNAFNEK PKKGIPMLIE KGFIASDSDK DIAEFLFNNN NRMNKKTIGL LLCHPDKVSL LNEYIRLFDF SGLRVDE AI RILLTKFRLP GESQQIERII EAFSSAYCEN QDYDPSKISD NAEDDISTVQ PDADSVFILS YSIIMLNTDL HNPQVKEH M SFEDYSGNLK GCCNHKDFPF WYLDRIYCSI RDKEIVMPEE HHGNEKWFED AWNNLISSTT VITEIKKDTQ SVMDKLTPL ELLNFDRAIF KQVGPSIVST LFNIYVVASD DHISTRMITS LDKCSYISAF FDFKDLFNDI LNSIAKGTTL INSSHDDELS TLAFEYGPM PLVQIKFEDT NTEIPVSTDA VRFGRSFKGQ LNTVVFFRII RRNKDPKIFS KELWLNIVNI ILTLYEDLIL S PDIFPDLQ KRLKLSNLPK PSPEISINKS KESKGLLSTF ASYLKGDEEP TEEEIKSSKK AMECIKSSNI AASVFGNESN IT ADLIKTL LDSAKTEKNA DNSRYFEAEL LFIIELTIAL FLFCKEEKEL GKFILQKVFQ LSHTKGLTKR TVRRMLTYKI LLI SLCADQ TEYLSKLIND ELLKKGDIFT QKFFATNQGK EFLKRLFSLT ESEFYRGFLL GNENFWKFLR KVTAMKEQSE SIFE YLNES IKTDSNILTN ENFMWVLGLL DEISSMGAVG NHWEIEYKKL TESGHKIDKE NPYKKSIELS LKSIQLTSHL LEDNN DLRK NEIFAIIQAL AHQCINPCKQ ISEFAVVTLE QTLINKIEIP TNEMESVEEL IEGGLLPLLN SSETQEDQKI LISSIL TII SNVYLHYLKL GKTSNETFLK ILSIFNKFVE DSDIEKKLQQ LILDKKSIEK GNGSSSHGSA HEQTPESNDV EIEATAP ID DNTDDDNKPK LSDVEKD

UniProtKB: GEA2 isoform 1

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分子 #2: ARF1 isoform 1

分子名称: ARF1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.552438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGLFASKLFS NLFGNKEMRI LMVGLDGAGK TTVLYKLKLG EVITTIPTIG FNVETVQYKN ISFTVWDVGG QDRIRSLWRH YYRNTEGVI FVVDSNDRSR IGEAREVMQR MLNEDELRNA AWLVFANKQD LPEAMSAAEI TEKLGLHSIR NRPWFIQATC A TSGEGLYE GLEWLSNSLK NST

UniProtKB: ADP-ribosylation factor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 391360
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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