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- EMDB-26682: Cryo-EM structure of the S. cerevisiae chromatin remodeler Yta7 h... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26682
タイトルCryo-EM structure of the S. cerevisiae chromatin remodeler Yta7 hexamer bound to ATPgS in state I
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: Complex of Yta7 and ATPgS (spiral BRD)
    • タンパク質・ペプチド: Yta7
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Wang F / Feng X / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: The Saccharomyces cerevisiae Yta7 ATPase hexamer contains a unique bromodomain tier that functions in nucleosome disassembly.
著者: Feng Wang / Xiang Feng / Qing He / Hua Li / Huilin Li /
要旨: The Saccharomyces cerevisiae Yta7 is a chromatin remodeler harboring a histone-interacting bromodomain (BRD) and two AAA+ modules. It is not well understood how Yta7 recognizes the histone H3 tail to ...The Saccharomyces cerevisiae Yta7 is a chromatin remodeler harboring a histone-interacting bromodomain (BRD) and two AAA+ modules. It is not well understood how Yta7 recognizes the histone H3 tail to promote nucleosome disassembly for DNA replication or RNA transcription. By cryo-EM analysis, here we show that Yta7 assembles a three-tiered hexamer with a top BRD tier, a middle AAA1 tier, and a bottom AAA2 tier. Unexpectedly, the Yta7 BRD stabilizes a four-stranded β-helix, termed BRD-interacting motif (BIM), of the largely disordered N-terminal region. The BIM motif is unique to the baker's yeast, and we show both BRD and BIM contribute to nucleosome recognition. We found that Yta7 binds both acetylated and nonacetylated H3 peptides but with a higher affinity for the unmodified peptide. This property is consistent with the absence of key residues of canonical BRDs involved in acetylated peptide recognition and the role of Yta7 in general nucleosome remodeling. Interestingly, the BRD tier exists in a spiral and a flat-ring form on top of the Yta7 AAA+ hexamer. The spiral is likely in a nucleosome-searching mode because the bottom BRD blocks the entry to the AAA+ chamber. The flat ring may be in a nucleosome disassembly state because the entry is unblocked and the H3 peptide has entered the AAA+ chamber and is stabilized by the AAA1 pore loops 1 and 2. Indeed, we show that the BRD tier is a flat ring when bound to the nucleosome. Overall, our study sheds light on the nucleosome disassembly by Yta7.
履歴
登録2022年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26682.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26682.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0083
最小 - 最大-0.014492278 - 1.9355737
平均 (標準偏差)0.0038814729 (±0.044885434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 331.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Raw map

ファイルemd_26682_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26682_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26682_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Yta7 and ATPgS (spiral BRD)

全体名称: Complex of Yta7 and ATPgS (spiral BRD)
要素
  • 複合体: Complex of Yta7 and ATPgS (spiral BRD)
    • タンパク質・ペプチド: Yta7

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超分子 #1: Complex of Yta7 and ATPgS (spiral BRD)

超分子名称: Complex of Yta7 and ATPgS (spiral BRD) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 930 KDa

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分子 #1: Yta7

分子名称: Yta7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: HHHHHHHHHH TSGSMDYKDH DGDYKDHDID YKDDDDKMAR NLRNRRGSDV EDASNAKVGY ETQIKDENGI IHTTTRSLRK INYAEIEKVF DFLEDDQVMD KDETPVDVTS DEHHNNNQKG DDEDDDVDLV SPHENARTNE ELTNERNLRK RKAHDPEEDD ESFHEEDVDD ...文字列:
HHHHHHHHHH TSGSMDYKDH DGDYKDHDID YKDDDDKMAR NLRNRRGSDV EDASNAKVGY ETQIKDENGI IHTTTRSLRK INYAEIEKVF DFLEDDQVMD KDETPVDVTS DEHHNNNQKG DDEDDDVDLV SPHENARTNE ELTNERNLRK RKAHDPEEDD ESFHEEDVDD DEEEEEADEF EDEYLDEDSK DNNRRRRAAD RKFVVPDPDD DEEYDEDDEE GDRISHSASS KRLKRANSRR TRSSRHPETP PPVRRALRSR TRHSRTSNEE NDDENDNSRN EALTLADEIR ELQEDSPIRE KRFLRERTKP VNYKLPPPLT ASNAEEFIDK NNNALSFHNP SPARRGRGGW NASQNSGPTR RLFPTGGPFG GNDVTTIFGK NTNFYNQVPS AFSDNNNNKL ILDSDSSDDE ILPLGVTPKT KKENTQKKKK KKPEIADLDP LGVDMNVNFD DIGGLDNYID QLKEMVALPL LYPELYQNFN ITPPRGVLFH GPPGTGKTLM ARALAASCSS DERKITFFMR KGADILSKWV GEAERQLRLL FEEAKKHQPS IIFFDEIDGL APVRSSKQEQ IHASIVSTLL ALMDGMDNRG QVIVIGATNR PDAVDPALRR PGRFDREFYF PLPDVKARFK ILQIQTRKWS SPLSTNFIDK LAFLTKGYGG ADLRSLCTEA ALISIQRSFP QIYRSNDKLL VDPSKIKVKV SDFMLALKKI VPSSARSTGS SPQPLPELIK PLLADQLNNL KNKLDYMLNI KDTTFQRNTS LLQNFIDYEE YSGEEEEHDK YGGNEDTSSF RSYEFFESMA ESQICKPRLL INGPKGNGQQ YVGAAILNYL EEFNVQNLDL ASLVSESSRT IEAAVVQSFM EAKKRQPSVV FIPNLDIWIN TIPENVILVL SGLFRSLQSN EKILLLCLAE NLDISEVKNG ILSDFAFDKN IFQLHKPSKE NITRYFSNLI ELLKTKPSDI PMKKRRVKPL PELQKVTSNA APTNFDENGE PLSEKVVLRR KLKSFQHQDM RLKNVLKIKL SGLMDLFKNR YKRFRKPPID DAFLVHLFEP ETSNDPNWQP AYIKDENMIL EVSTGRKFFN MDLDIVEERL WNGYYSEPKQ FLKDIELIYR DANTIGDRER VIKASEMFAN AQMGIEEIST PDFIQECKAT RQRDLERQEL FLEDEEKRAA MELEAKEQSQ ENILQEPDLK DNKANEFGVA AGNQLQAQLQ TTINTASIVN NSEVPQPIDT NLYKKEIPAA IPSAVDKEKA VIPEDSGANE EYTTELIQAT CTSEITTDDD ERARKEPKEN EDSLQTQVTE ENFSKIDANT NNINHVKEIQ SVNKPNSLHE TVEKRERSPI PKEVVEPEQG KKSDKELILT PEQIKKVSAC LIEHCQNFTV SQLEDVHSSV AKIIWKSKSA WDKTGTVDEI IKFLSE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMKClpotassium chloride
25.0 mMHEPES-Potassium hydroxide
1.0 mMEthylenediaminetetraacetic acid
4.0 mMMgCl2Magnesium chloride
2.0 mM2-mercaptoethanol
2.0 mMATPrS
0.025 v/voctyl D-glucoside

詳細: Solution was made fresh and detergent was added to solve preference orientation issue.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot 3S, blot forth 3.
詳細The sample was a novel chromatin remodeler and a AAA+ ATPase.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 193.0 K / 最高: 193.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
詳細: A total of 75 frames were recorded for each micrograph stack.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6jq0

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109554
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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