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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26676 | |||||||||||||||
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タイトル | Three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with the SP1-77 neutralizing antibody Fab fragment | |||||||||||||||
マップデータ | overall map of SARS-CoV-2 D614G S protein in complex with SP1-77 fab | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhang J / Luo S / Kreutzberger A / Kirchhausen T / Chen B / Haynes B / Alt F | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022 タイトル: An antibody from single human V-rearranging mouse neutralizes all SARS-CoV-2 variants through BA.5 by inhibiting membrane fusion. 著者: Sai Luo / Jun Zhang / Alex J B Kreutzberger / Amanda Eaton / Robert J Edwards / Changbin Jing / Hai-Qiang Dai / Gregory D Sempowski / Kenneth Cronin / Robert Parks / Adam Yongxin Ye / ...著者: Sai Luo / Jun Zhang / Alex J B Kreutzberger / Amanda Eaton / Robert J Edwards / Changbin Jing / Hai-Qiang Dai / Gregory D Sempowski / Kenneth Cronin / Robert Parks / Adam Yongxin Ye / Katayoun Mansouri / Maggie Barr / Novalia Pishesha / Aimee Chapdelaine Williams / Lucas Vieira Francisco / Anand Saminathan / Hanqin Peng / Himanshu Batra / Lorenza Bellusci / Surender Khurana / S Munir Alam / David C Montefiori / Kevin O Saunders / Ming Tian / Hidde Ploegh / Tom Kirchhausen / Bing Chen / Barton F Haynes / Frederick W Alt / 要旨: SARS-CoV-2 Omicron subvariants have generated a worldwide health crisis due to resistance to most approved SARS-CoV-2 neutralizing antibodies and evasion of vaccination-induced antibodies. To manage ...SARS-CoV-2 Omicron subvariants have generated a worldwide health crisis due to resistance to most approved SARS-CoV-2 neutralizing antibodies and evasion of vaccination-induced antibodies. To manage Omicron subvariants and prepare for new ones, additional means of isolating broad and potent humanized SARS-CoV-2 neutralizing antibodies are desirable. Here, we describe a mouse model in which the primary B cell receptor (BCR) repertoire is generated solely through V(D)J recombination of a human V1-2 heavy chain (HC) and, substantially, a human Vκ1-33 light chain (LC). Thus, primary humanized BCR repertoire diversity in these mice derives from immensely diverse HC and LC antigen-contact CDR3 sequences generated by nontemplated junctional modifications during V(D)J recombination. Immunizing this mouse model with SARS-CoV-2 (Wuhan-Hu-1) spike protein immunogens elicited several V1-2/Vκ1-33-based neutralizing antibodies that bound RBD in a different mode from each other and from those of many prior patient-derived V1-2-based neutralizing antibodies. Of these, SP1-77 potently and broadly neutralized all SARS-CoV-2 variants through BA.5. Cryo-EM studies revealed that SP1-77 bound RBD away from the receptor-binding motif via a CDR3-dominated recognition mode. Lattice light-sheet microscopy-based studies showed that SP1-77 did not block ACE2-mediated viral attachment or endocytosis but rather blocked viral-host membrane fusion. The broad and potent SP1-77 neutralization activity and nontraditional mechanism of action suggest that it might have therapeutic potential. Likewise, the SP1-77 binding epitope may inform vaccine strategies. Last, the type of humanized mouse models that we have described may contribute to identifying therapeutic antibodies against future SARS-CoV-2 variants and other pathogens. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26676.map.gz | 398.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26676-v30.xml emd-26676.xml | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26676.png | 50.4 KB | ||
その他 | emd_26676_additional_1.map.gz emd_26676_additional_2.map.gz emd_26676_additional_3.map.gz emd_26676_additional_4.map.gz | 394.7 MB 394.5 MB 395.6 MB 395 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26676 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26676 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26676_validation.pdf.gz | 504.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26676_full_validation.pdf.gz | 504.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26676_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26676_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26676 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26676 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7upwMC 7upxC 7upyC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | overall map of SARS-CoV-2 D614G S protein in complex with SP1-77 fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: RBD-fab region1 local refinement of SARS-CoV-2 D614G S...
ファイル | emd_26676_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RBD-fab region1 local refinement of SARS-CoV-2 D614G S protein in complex with SP1-77 fab | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RBD-fab region3 local refinement of SARS-CoV-2 D614G S...
ファイル | emd_26676_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | RBD-fab region3 local refinement of SARS-CoV-2 D614G S protein in complex with SP1-77 fab | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: three RBD-fab region local refinement of SARS-CoV-2 D614G...
ファイル | emd_26676_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | three RBD-fab region local refinement of SARS-CoV-2 D614G S protein in complex with SP1-77 fab | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RBD-fab region2 local refinement of SARS-CoV-2 D614G S...
ファイル | emd_26676_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | RBD-fab region2 local refinement of SARS-CoV-2 D614G S protein in complex with SP1-77 fab | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with th...
全体 | 名称: three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with the SP1-77 neutralizing antibody Fab fragment |
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要素 |
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-超分子 #1: three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with th...
超分子 | 名称: three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with the SP1-77 neutralizing antibody Fab fragment タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: three RBD-down state of SARS-CoV-2 D614G spike in complex with the SP1-77 neutralizing antibody Fab fragment |
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分子量 | 理論値: 650 KDa |
-超分子 #2: Spike glycoprotein
超分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
-超分子 #3: SP1-77 Fab heavy chain, SP1-77 Fab light chain
超分子 | 名称: SP1-77 Fab heavy chain, SP1-77 Fab light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 144.858031 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPR RARSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQYIKWPWY IWLGFIAGLI AIVMVTIMLC CMTSCCSCLK GCCSCGSCCK FDEDDSEPVL KGVKLHYTLE SGGGS AWSH PQFEKGGGSG GGSGGSSAWS HPQFEK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: SP1-77 Fab heavy chain
分子 | 名称: SP1-77 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.665703 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GTYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNF AQIFQGRVTL TRDTSISTAY MDLNRLKSD DTAVYYCARD RVLYGRSFGW YFDVWGAGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GTYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNF AQIFQGRVTL TRDTSISTAY MDLNRLKSD DTAVYYCARD RVLYGRSFGW YFDVWGAGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTKTYTCN VDHKPSNTKV DKRVESKYGP PCPSCPAPEF LG GPSVFLF PPKPKDTLMI SRTPEVTCVV VDVSQEDPEV QFNWYVDGVE VHNAKTKPRE EQFNSTYRVV SVLTVLHQDW LNG KEYKCK VSNKGLPSSI EKTISKAKGQ PREPQVYTLP PSQEEMTKNQ VSLTCLVKGF YPSDIAVEWE SNGQPENNYK TTPP VLDSD GSFFLYSRLT VDKSRWQEGN VFSCSVMHEA LHNHYTQKSL SLSLGK |
-分子 #3: SP1-77 Fab light chain
分子 | 名称: SP1-77 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.294617 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIS DYLNWYQQQP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIGTYYCQ QYDNLPTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIS DYLNWYQQQP GKAPKLLIYD ASNLETGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIGTYYCQ QYDNLPTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.91 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |