EMDB-26657: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-26657

タイトル

50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1

マップデータ

試料

複合体: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1

キーワード

E. coli ribosome / streptogramin A / streptogramin B / antibiotics / RIBOSOME

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Pellegrino J / Lee DJ

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM123159	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM128656	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1
著者: Pellegrino J / Lee DJ / Seiple IB / Fraser JS

履歴

登録	2022年4月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年6月8日	-
マップ公開	2022年6月8日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_26657.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_26657.map.gz	442 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-26657-v30.xml emd-26657.xml	11.7 KB 11.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_26657.png	164.6 KB
Filedesc metadata	emd-26657.cif.gz	3.6 KB
その他	emd_26657_half_map_1.map.gz emd_26657_half_map_2.map.gz	112.1 MB 112.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26657	HTTPS FTP

-
関連構造データ

電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-11024 (タイトル: E. coli 50S ribosome bound to compounds VM2 and VS1 Data size: 1.3 TB Data #1: Unaligned movies of 50S ribosome bound to VM2 and VS1 [micrographs - single frame] Data #2: Aligned, motioncorrected micrographs of 50S ribosome bound to VM2 and VS1 [micrographs - multiframe])

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_26657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.67 Å/pix. x 500 pix. = 332.5 Å	0.67 Å/pix. x 500 pix. = 332.5 Å	0.67 Å/pix. x 500 pix. = 332.5 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.665 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 5.481
最小 - 最大	-8.927711 - 26.695955000000001
平均 (標準偏差)	-0.008458151 (±0.85389036)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_26657_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_26657_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1

全体	名称: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1
要素	複合体: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1

-
超分子 #1: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1

超分子	名称: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 69.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134924
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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