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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26609 | |||||||||
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タイトル | Structure of the VP5*/VP8* assembly from the human rotavirus strain CDC-9 - Reversed conformation | |||||||||
マップデータ | Reconstructed, sharpen_map. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / membrane => GO:0016020 ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rotavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenni S / Zongli L / Wang Y / Bessey T / Salgado EN / Schmidt AG / Greenberg HB / Jiang B / Harrison SC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2022 タイトル: Rotavirus VP4 Epitope of a Broadly Neutralizing Human Antibody Defined by Its Structure Bound with an Attenuated-Strain Virion. 著者: Simon Jenni / Zongli Li / Yuhuan Wang / Theresa Bessey / Eric N Salgado / Aaron G Schmidt / Harry B Greenberg / Baoming Jiang / Stephen C Harrison / 要旨: Rotavirus live-attenuated vaccines, both mono- and pentavalent, generate broadly heterotypic protection. B-cells isolated from adults encode neutralizing antibodies, some with affinity for VP5*, that ...Rotavirus live-attenuated vaccines, both mono- and pentavalent, generate broadly heterotypic protection. B-cells isolated from adults encode neutralizing antibodies, some with affinity for VP5*, that afford broad protection in mice. We have mapped the epitope of one such antibody by determining the high-resolution cryo-EM structure of its antigen-binding fragment (Fab) bound to the virion of a candidate vaccine strain, CDC-9. The Fab contacts both the distal end of a VP5* β-barrel domain and the two VP8* lectin-like domains at the tip of a projecting spike. Its interactions with VP8* do not impinge on the likely receptor-binding site, suggesting that the mechanism of neutralization is at a step subsequent to initial attachment. We also examined structures of CDC-9 virions from two different stages of serial passaging. Nearly all the VP4 (cleaved to VP8*/VP5*) spikes on particles from the earlier passage (wild-type isolate) had transitioned from the "upright" conformation present on fully infectious virions to the "reversed" conformation that is probably the end state of membrane insertion, unable to mediate penetration, consistent with the very low infectivity of the wild-type isolate. About half the VP4 spikes were upright on particles from the later passage, which had recovered substantial infectivity but had acquired an attenuated phenotype in neonatal rats. A mutation in VP4 that occurred during passaging appears to stabilize the interface at the apex of the spike and could account for the greater stability of the upright spikes on the late-passage, attenuated isolate. Rotavirus live-attenuated vaccines generate broadly heterotypic protection, and B-cells isolated from adults encode antibodies that are broadly protective in mice. Determining the structural and mechanistic basis of broad protection can contribute to understanding the current limitations of vaccine efficacy in developing countries. The structure of an attenuated human rotavirus isolate (CDC-9) bound with the Fab fragment of a broadly heterotypic protective antibody shows that protection is probably due to inhibition of the conformational transition in the viral spike protein (VP4) critical for viral penetration, rather than to inhibition of receptor binding. A comparison of structures of CDC-9 virus particles at two stages of serial passaging supports a proposed mechanism for initial steps in rotavirus membrane penetration. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26609.map.gz | 113.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26609-v30.xml emd-26609.xml | 22.3 KB 22.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26609_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26609.png | 88 KB | ||
マスクデータ | emd_26609_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_26609_additional_1.map.gz emd_26609_additional_2.map.gz emd_26609_half_map_1.map.gz emd_26609_half_map_2.map.gz | 12.3 MB 12.3 MB 98.3 MB 98.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26609 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26609 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26609_validation.pdf.gz | 1003.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26609_full_validation.pdf.gz | 1003.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26609_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26609_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26609 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26609 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7umtMC 7umsC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstructed, sharpen_map. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.231 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26609_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 1, reconstructed, masked.
ファイル | emd_26609_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1, reconstructed, masked. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 2, reconstructed, masked.
ファイル | emd_26609_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2, reconstructed, masked. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1, reconstructed.
ファイル | emd_26609_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1, reconstructed. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2, reconstructed.
ファイル | emd_26609_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2, reconstructed. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rotavirus
全体 | 名称: Rotavirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rotavirus
超分子 | 名称: Rotavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 10912 / 生物種: Rotavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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Host system | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
-分子 #1: Outer capsid protein VP5*
分子 | 名称: Outer capsid protein VP5* / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rotavirus (ウイルス) / 株: CDC-9 |
分子量 | 理論値: 59.605254 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: AQVDEDIIVS KTSLWKEMQY NRDIIIRFKF GNSIVKMGGL GYKWSEISYK AANYQYNYLR DGEQVTAHTT CSVNGVNNFS YNGGFLPTD FGISRYEVIK ENSYVYVDYW DDSKAFRNIV YVRSLAANLN SVRCTGGSYH FSLPVGAWPV INGGAVSLHF A GVTLSTQF ...文字列: AQVDEDIIVS KTSLWKEMQY NRDIIIRFKF GNSIVKMGGL GYKWSEISYK AANYQYNYLR DGEQVTAHTT CSVNGVNNFS YNGGFLPTD FGISRYEVIK ENSYVYVDYW DDSKAFRNIV YVRSLAANLN SVRCTGGSYH FSLPVGAWPV INGGAVSLHF A GVTLSTQF TDFVSLNSLR FRFSLTVDEP PFSILRTRTV NLYGLPAANP NNGNEYYEIS GRFSLISLVP TNDDYQTPIM NS VTVRQDL ERQLTNLREE FNSLSQEIAM AQLIDLALLP LDMFSMFSGI KSTIDLTKSM ATSVMKKFRK SKLATSISEM TNS LSDAAS SASRNVSIRS NLSAISNWTN VSNDVSNVTN SLNDISTQTS TIGKKLRLKE MITQTEGMSF DDISAAVLKT KIDM STQIG KNTLPDIVTE ASEKFIPKRS YRILKDDEVM EINTEGKFFA YKINTFDEVP FDVNKFAELV TDSPVISAII DFKTL KNLN DNYGITRTEA LNLIKSNPNM LRNFINQNNP IIRNRIEQLI LQCKL |
-分子 #2: Intermediate capsid protein VP6
分子 | 名称: Intermediate capsid protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rotavirus (ウイルス) / 株: CDC-9 |
分子量 | 理論値: 44.994965 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: MEVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIVT MNGNDFQTGG IGNLPIRNWT FDFGLLGTTL LNLDANYVET ARTTIEYFI DFIDNVCMDE MVRESQRNGV APQSEALRKL AGIKFKRINF NNSSEYIENW NLQNRRQRTG FVFHKPNIFP Y SASFTLNR ...文字列: MEVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIVT MNGNDFQTGG IGNLPIRNWT FDFGLLGTTL LNLDANYVET ARTTIEYFI DFIDNVCMDE MVRESQRNGV APQSEALRKL AGIKFKRINF NNSSEYIENW NLQNRRQRTG FVFHKPNIFP Y SASFTLNR SQPMHDNLMG TMWLNAGSEI QVAGFDYSCA LNAPANIQQF EHIVQLRRAL TTATITLLPD AERFSFPRVI NS ADGATTW FFNPIILRPN NVEVEFLLNG QIINTYQARF GTIVARNFDT IRLSFQLMRP PNMTPAVNAL FPQAQPFQHH ATV GLTLRI ESAVCESVLA DANETLLANV TAVRQEYAIP VGPVFPPGMN WTELITNYSP SREDNLQRVF TVASIRSMLI K |
-分子 #3: Outer capsid glycoprotein VP7
分子 | 名称: Outer capsid glycoprotein VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rotavirus (ウイルス) / 株: CDC-9 |
分子量 | 理論値: 37.435934 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: MYGIEYTTIL IFLISIILLN YILKSVTRIM DYIIYRFLLI FVALFALTKA QNYGLNIPIT GSMDTVYSNS TREEVFLTST LCLYYPTEA STQISDGEWK DSLSQMFLIK GWPTGSVYFK EYSNIVDFSV DPQLYCDYNL VLMKYDQSLE LDMSELADLI L NEWLCNPM ...文字列: MYGIEYTTIL IFLISIILLN YILKSVTRIM DYIIYRFLLI FVALFALTKA QNYGLNIPIT GSMDTVYSNS TREEVFLTST LCLYYPTEA STQISDGEWK DSLSQMFLIK GWPTGSVYFK EYSNIVDFSV DPQLYCDYNL VLMKYDQSLE LDMSELADLI L NEWLCNPM DITLYYYQQS GESNKWISMG SSCTVKVCPL NTQTLGIGCQ TTNVDSFETV AENEKLAIVD VVDGINHKIN LT TTTCTIR NCKKLGPREN VAVIQVGGAN ILDITADPTT NPQIERMMRV NWKRWWQVFY TIVDYINQIV QVMSKRSRSL NSA AFYYRV |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 35 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 72 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |