+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26606 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | H1 Solomon Islands 2006 hemagglutinin in complex with Ab36 | |||||||||
マップデータ | Hemagglutinin H1 Solomon Islands in complex with Ab36 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Windsor IW / Caradonna TM / Schmidt AG | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: H1 Solomon Islands 2006 hemagglutinin in complex with Ab36 著者: Carradona T | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26606.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-26606-v30.xml emd-26606.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26606_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26606.png | 122.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26606 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26606 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7umnMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26606.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Hemagglutinin H1 Solomon Islands in complex with Ab36 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab
全体 | 名称: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab
超分子 | 名称: hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 in complex with ab109 Fab タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|
-超分子 #2: Hemagglutinin
超分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
-超分子 #3: Ab36 Fab heavy chain, Ab36 Fab light chain
超分子 | 名称: Ab36 Fab heavy chain, Ab36 Fab light chain / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) |
分子量 | 理論値: 58.608316 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ADPGYLLEDT ICIGYHANNS TDTVDTVLEK NVTVTHSVNL LEDSHNGKLC LLKGIAPLQL GNCSVAGWIL GNPECELLIS RESWSYIVE KPNPENGTCY PGHFADYEEL REQLSSVSSF ERFEIFPKES SWPNHTTTGV SASCSHNGES SFYKNLLWLT G KNGLYPNL ...文字列: ADPGYLLEDT ICIGYHANNS TDTVDTVLEK NVTVTHSVNL LEDSHNGKLC LLKGIAPLQL GNCSVAGWIL GNPECELLIS RESWSYIVE KPNPENGTCY PGHFADYEEL REQLSSVSSF ERFEIFPKES SWPNHTTTGV SASCSHNGES SFYKNLLWLT G KNGLYPNL SKSYANNKEK EVLVLWGVHH PPNIGDQRAL YHTENAYVSV VSSHYSRKFT PEIAKRPKVR DQEGRINYYW TL LEPGDTI IFEANGNLIA PRYAFALSRG FGSGIINSNA PMDECDAKCQ TPQGAINSSL PFQNVHPVTI GECPKYVRSA KLR MVTGLR NIPSIQSRGL FGAIAGFIEG GWTGMVDGWY GYHHQNEQGS GYAADQKSTQ NAINGITNKV NSVIEKMNTQ FTAV GKEFN KLERRMENLN KKVDDGFIDI WTYNAELLVL LENERTLDFH DSNVKNLYEK VKSQLKNNAK EIGNGCFEFY HKCND ECME SVKNGTYDYP KYSEESKLNR EKIDGVRSGS GGALEVLFQ |
-分子 #2: Ab36 Fab heavy chain
分子 | 名称: Ab36 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.284295 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EFQLQQSGPE LVKPGASVKI SCKASGYSFT DYNMNWVKQS DGKSLEWIGI INPNYGIISY NQKFKGKATL TVDQSSSTAY MQLNSLTSE DSAVYYCARW GNSPYYYYYM DVWGKGTTVT VSGAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列: EFQLQQSGPE LVKPGASVKI SCKASGYSFT DYNMNWVKQS DGKSLEWIGI INPNYGIISY NQKFKGKATL TVDQSSSTAY MQLNSLTSE DSAVYYCARW GNSPYYYYYM DVWGKGTTVT VSGAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCGGSG LEVLFQ |
-分子 #3: Ab36 Fab light chain
分子 | 名称: Ab36 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.375693 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ENVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCRATSSVS SSYLHWYQQK SGASPKLWIY GTSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISTVE AEDAATYYC QQYSGYPLTF GAGTKLELKR ADGAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列: ENVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCRATSSVS SSYLHWYQQK SGASPKLWIY GTSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISTVE AEDAATYYC QQYSGYPLTF GAGTKLELKR ADGAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.07 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |