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- EMDB-26601: Energetic robustness to large scale structural dynamics in a phot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26601
タイトルEnergetic robustness to large scale structural dynamics in a photosynthetic supercomplex
マップデータPSI-IsiA complex
試料
  • 複合体: PSI-IsiA
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 13種
キーワードphotosystem I / antenna / cyanobacteria / photosynthesis / membrane complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to iron ion starvation / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...cellular response to iron ion starvation / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein ...Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Harris D / Toporik H / Schlau-Cohen GS / Mazor Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)2034021 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Energetic robustness to large scale structural fluctuations in a photosynthetic supercomplex.
著者: Dvir Harris / Hila Toporik / Gabriela S Schlau-Cohen / Yuval Mazor /
要旨: Photosynthetic organisms transport and convert solar energy with near-unity quantum efficiency using large protein supercomplexes held in flexible membranes. The individual proteins position ...Photosynthetic organisms transport and convert solar energy with near-unity quantum efficiency using large protein supercomplexes held in flexible membranes. The individual proteins position chlorophylls to tight tolerances considered critical for fast and efficient energy transfer. The variability in protein organization within the supercomplexes, and how efficiency is maintained despite variability, had been unresolved. Here, we report on structural heterogeneity in the 2-MDa cyanobacterial PSI-IsiA photosynthetic supercomplex observed using Cryo-EM, revealing large-scale variances in the positions of IsiA relative to PSI. Single-molecule measurements found efficient IsiA-to-PSI energy transfer across all conformations, along with signatures of transiently decoupled IsiA. Structure based calculations showed that rapid IsiA-to-PSI energy transfer is always maintained, and even increases by three-fold in rare conformations via IsiA-specific chls. We postulate that antennae design mitigates structural fluctuations, providing a mechanism for robust energy transfer in the flexible membrane.
履歴
登録2022年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PSI-IsiA complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.199999999999999
最小 - 最大-42.667392999999997 - 70.466194000000002
平均 (標準偏差)-0.0007194118 (±2.3053522)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : PSI-IsiA

全体名称: PSI-IsiA
要素
  • 複合体: PSI-IsiA
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: beta,beta-caroten-4-one
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: water

+
超分子 #1: PSI-IsiA

超分子名称: PSI-IsiA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12 / 詳細: PSI-IsiA from cyanobacteria
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 2 MDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 83.036398 KDa
配列文字列: MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM ...文字列:
MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM AALMLFAGWF HYHVKAPKLE WFQNVESMMN HHLAGLLGLG SLGWAGHQIH VSMPINKLLD AGVAPKDIPL PH EFILEPS KMAELYPSFA QGLTPFFTLN WGVYSDFLTF KGGLNPVTGG LWLSDTAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNWGI GHS MKEILE AHKGPFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL ALLGSLTIIV AQHMYAMPPY PYQAIDYATQ LSLFTHHMWI GGFL IVGAG AHGAIFMVRD YDPAKNVNNL LDRMLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMRALG RPQDMFSDTA IQLQP IFAQ WVQHLHTLAP GATAPNALAT ASYAFGGETI AVAGKVAMMP ITLGTADFMV HHIHAFTIHV TALILLKGVL YARSSR LVP DKANLGFRFP CDGPGRGGTC QVSGWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVSP DGSVTHVTLG NFAQSAI TI NGWLRDFLWA QAANVINSYG SALSAYGIMF LAGHFVFAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLNVAPA IQPRALSI I QGRAVGVAHY LLGGIVTTWA FFLARSLSIG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 81.369531 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLVHVA IPEARGQHVG WDNFLSTPPH PAGLMPFFTG NWGVYAADPD TA GHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDIAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNWGI GHSIKEILNA HKGPLTGAGH TNL YDTINN SLHFQLGLAL ASLGVITSLV AQHMYSLPSY AFIAQDHTTQ AALYTHHQYI AGFLMVGAFA HGAIFFVRDY DPVA NKDNV LARMLEHKEA LISHLSWVSL FLGFHTLGLY VHNDVVVAFG TPEKQILIEP VFAQWIQATS GKALYGFDVL LSNPD SIAS TTGAAWLPGW LDAINSGTNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTALILIKG ALDARGSKLM PDKKDFGYSF PCDGPG RGG TCDISAWDAF YLAMFWMLNT LGWLTFYWHW KHLGVWSGNV AQFNENSTYL MGWFRDYLWA NSAQLINGYN PYGVNNL SV WAWMFLFGHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETIVWAHERT PLANLVRWKD KPVALSIVQA RLVGLAHFTV GYVLTYAA F LIASTAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 8.837261 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAAQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 15.663749 KDa
配列文字列:
MTELSGQPPK FGGSTGGLLS KANREEKYAI TWTSASEQVF EMPTGGAAIM NEGENLLYLA RKEQCLALGT QLRTKFKPKI QDYKIYRVY PSGEVQYLHP ADGVFPEKVN EGREAQGTKT RRIGQNPEPV TIKFSGKAPY EV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 8.154086 KDa
配列文字列:
MALNRGDKVR IKRTESYWYG DVGTVASVEK SGILYPVIVR FDRVNYNGFS GSASGVNTNN FAENELELVQ AAAK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 18.267082 KDa
配列文字列:
MKHLLALLLA FTLWFNFAPS ASADDFANLT PCSENPAYLA KSKNFLNTTN DPNSGKIRAE RYASALCGPE GYPHLIVDGR FTHAGDFLI PSILFLYIAG WIGWVGRSYL IEIRESKNPE MQEVVINVPL AIKKMLGGFL WPLAAVGEYT SGKLVMKDSE I PTSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.414148 KDa
配列文字列:
MDGSYAASYL PWILIPMVGW LFPAVTMGLL FIHIESEGEG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 4.535415 KDa
配列文字列:
MDGLKSFLST APVMIMALLT FTAGILIEFN RFYPDLLFHP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 8.649268 KDa
配列文字列:
MHSFLLATAV PATLSWSPKV AGVMIACNIL AIAFGKLTIK QQNVGTPMPS SNFFGGFGLG AVLGTASFGH ILGAGVILGL ANMGVL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 16.631795 KDa
配列文字列:
MAESNQVVQA YNGDPFVGHL STPISDSAFT RTFIGNLPAY RKGLSPILRG LEVGMAHGYF LIGPWTLLGP LRDSEYQYIG GLIGALALI LVATAALSSY GLVTFQGEQG SGDTLQTADG WSQFAAGFFV GGMGGAFVAY FLLENLSVVD GIFRGLFN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 3.382063 KDa
配列文字列:
MALSDTQILA ALVVALLPAF LAFRLSTELY K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein

分子名称: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 37.250734 KDa
配列文字列: MQTYGNDTVQ YEWWAGNARF ADQSGLFIAA HVAQAALTAF WAGAFTLFEI SRFDPTQAMG DQGLILLPHL ATLGWGVGDG GQIVDTYPY FVIGSIHLIA SAVLGAGALF HTLRAPADLS TLKGQGKKFH FTWENPQQLG IILGHHLLFL GAGALLLAGK A MYWGGLYD ...文字列:
MQTYGNDTVQ YEWWAGNARF ADQSGLFIAA HVAQAALTAF WAGAFTLFEI SRFDPTQAMG DQGLILLPHL ATLGWGVGDG GQIVDTYPY FVIGSIHLIA SAVLGAGALF HTLRAPADLS TLKGQGKKFH FTWENPQQLG IILGHHLLFL GAGALLLAGK A MYWGGLYD ATTQTVRLVS QPTLDPLVIY GYQTHFASIS SLEDLVGGHI FVGFLLIGGG IWHILVPPLG WAKKVLLFSG EA ILSYSLG GIALAGFVAA YFCAVNTLAY PPEFYGPPLA IKLGIFPYFA DTVELPMHAH TSRAWLANAH FFLAFFFLQG HLW HALRAL GFDFKRVEQA FDSLQT

UniProtKB: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein

+
分子 #13: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 21 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #14: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 15 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #15: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #16: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 591 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #17: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #18: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #19: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 123 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #20: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #21: beta,beta-caroten-4-one

分子名称: beta,beta-caroten-4-one / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 9 / 式: ECH
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / (9′Z)-β-エキネノン

+
分子 #22: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #23: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 9 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #24: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 3 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #25: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 461 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1114567
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.03) / 使用した粒子像数: 143739
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.02)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.02)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nwa


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 61.76
得られたモデル

PDB-7umh:
Energetic robustness to large scale structural dynamics in a photosynthetic supercomplex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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