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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26596 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of triclinic lysozyme | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / chicken (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Clabbers MTB / Martynowycz MW / Hattne J / Gonen T | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2022 タイトル: Hydrogens and hydrogen-bond networks in macromolecular MicroED data. 著者: Max T B Clabbers / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tamir Gonen / 要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) is a powerful technique utilizing electron cryo-microscopy (cryo-EM) for protein structure determination of crystalline samples too small for X-ray ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) is a powerful technique utilizing electron cryo-microscopy (cryo-EM) for protein structure determination of crystalline samples too small for X-ray crystallography. Electrons interact with the electrostatic potential of the sample, which means that the scattered electrons carry information about the charged state of atoms and provide relatively stronger contrast for visualizing hydrogen atoms. Accurately identifying the positions of hydrogen atoms, and by extension the hydrogen bonding networks, is of importance for understanding protein structure and function, in particular for drug discovery. However, identification of individual hydrogen atom positions typically requires atomic resolution data, and has thus far remained elusive for macromolecular MicroED. Recently, we presented the structure of triclinic hen egg-white lysozyme at 0.87 Å resolution. The corresponding data were recorded under low exposure conditions using an electron-counting detector from thin crystalline lamellae. Here, using these subatomic resolution MicroED data, we identified over a third of all hydrogen atom positions based on strong difference peaks, and directly visualize hydrogen bonding interactions and the charged states of residues. Furthermore, we find that the hydrogen bond lengths are more accurately described by the inter-nuclei distances than the centers of mass of the corresponding electron clouds. We anticipate that MicroED, coupled with ongoing advances in data collection and refinement, can open further avenues for structural biology by uncovering the hydrogen atoms and hydrogen bonding interactions underlying protein structure and function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26596.map.gz | 32 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26596-v30.xml emd-26596.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26596.png | 505.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26596 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26596_validation.pdf.gz | 471.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26596_full_validation.pdf.gz | 471.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26596_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26596_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26596 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ulyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 63.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X: 0.21136 Å / Y: 0.21333 Å / Z: 0.20631 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lysozyme
全体 | 名称: Lysozyme |
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要素 |
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-超分子 #1: Lysozyme
超分子 | 名称: Lysozyme / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 14.4 KDa |
-分子 #1: Lysozyme C
分子 | 名称: Lysozyme C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme |
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由来(天然) | 生物種: chicken (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 14.33116 KDa |
配列 | 文字列: KVFGRCELAA AMKRHGLDNY RGYSLGNWVC AAKFESNFNT QATNRNTDGS TDYGILQINS RWWCNDGRTP GSRNLCNIPC SALLSSDIT ASVNCAKKIV SDGNGMNAWV AWRNRCKGTD VQAWIRGCRL |
-分子 #2: NITRATE ION
分子 | 名称: NITRATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NO3 |
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分子量 | 理論値: 62.005 Da |
Chemical component information | ChemComp-NO3: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 112 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 4.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA PLUNGER |
詳細 | Protein crystal lamellae |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 / 回折像の数: 840 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 0.001 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 1536 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Binned by 2 |
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最終 再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: REFMAC (ver. 5.8.0267) |
Merging software list | ソフトウェア - 名称: AIMLESS |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 569407 / Number structure factors: 64974 / Fourier space coverage: 87.58 / R sym: 0.073 / R merge: 0.236 / Overall phase error: 30 / Overall phase residual: 0 / Phase error rejection criteria: None / High resolution: 0.87 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.87 Å / 殻 - Low resolution: 0.9 Å / 殻 - Number structure factors: 2783 / 殻 - Phase residual: 30 / 殻 - Fourier space coverage: 37.64 / 殻 - Multiplicity: 2.1 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 11.981 / 当てはまり具合の基準: Maximum likelihood |
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得られたモデル | PDB-7uly: |