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- EMDB-26593: CryoEM structure of full-length dimeric ClbP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26593
タイトルCryoEM structure of full-length dimeric ClbP
マップデータFinal map for ClbP
試料
  • 複合体: ClbP
    • タンパク質・ペプチド: Beta-lactamase
キーワードcolibactin peptidase / S12 peptidase / inner-membrane hydrolase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli CFT073 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Velilla JA / Walsh Jr RM / Gaudet R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120996 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA208834 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of colibactin activation by the ClbP peptidase.
著者: José A Velilla / Matthew R Volpe / Grace E Kenney / Richard M Walsh / Emily P Balskus / Rachelle Gaudet /
要旨: Colibactin, a DNA cross-linking agent produced by gut bacteria, is implicated in colorectal cancer. Its biosynthesis uses a prodrug resistance mechanism: a non-toxic precursor assembled in the ...Colibactin, a DNA cross-linking agent produced by gut bacteria, is implicated in colorectal cancer. Its biosynthesis uses a prodrug resistance mechanism: a non-toxic precursor assembled in the cytoplasm is activated after export to the periplasm. This activation is mediated by ClbP, an inner-membrane peptidase with an N-terminal periplasmic catalytic domain and a C-terminal three-helix transmembrane domain. Although the transmembrane domain is required for colibactin activation, its role in catalysis is unclear. Our structure of full-length ClbP bound to a product analog reveals an interdomain interface important for substrate binding and enzyme stability and interactions that explain the selectivity of ClbP for the N-acyl-D-asparagine prodrug motif. Based on structural and biochemical evidence, we propose that ClbP dimerizes to form an extended substrate-binding site that can accommodate a pseudodimeric precolibactin with its two terminal prodrug motifs in the two ClbP active sites, thus enabling the coordinated activation of both electrophilic warheads.
履歴
登録2022年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26593.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26593.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map for ClbP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.245
最小 - 最大-3.454813 - 4.3565187
平均 (標準偏差)0.0058111185 (±0.10340754)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A for ClbP

ファイルemd_26593_half_map_1.map
注釈Half map A for ClbP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B for ClbP

ファイルemd_26593_half_map_2.map
注釈Half map B for ClbP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ClbP

全体名称: ClbP
要素
  • 複合体: ClbP
    • タンパク質・ペプチド: Beta-lactamase

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超分子 #1: ClbP

超分子名称: ClbP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Full-length ClbP
由来(天然)生物種: Escherichia coli CFT073 (大腸菌)
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #1: Beta-lactamase

分子名称: Beta-lactamase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-lactamase
由来(天然)生物種: Escherichia coli CFT073 (大腸菌)
分子量理論値: 53.523309 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: QEHEPIGAQD ERLSTLIHQR MQEAKVPALS VSVTIKGVRQ RFVYGVADVA SQKANTLDTV YELGSMSKAF TGLVVQILIQ EGRLRQGDD IITYLPEMRL NYQGKPASLT VADFLYHTSG LPFSTLARLE NPMPGSAVAQ QLRNENLLFA PGAKFSYASA N YDVLGAVI ...文字列:
QEHEPIGAQD ERLSTLIHQR MQEAKVPALS VSVTIKGVRQ RFVYGVADVA SQKANTLDTV YELGSMSKAF TGLVVQILIQ EGRLRQGDD IITYLPEMRL NYQGKPASLT VADFLYHTSG LPFSTLARLE NPMPGSAVAQ QLRNENLLFA PGAKFSYASA N YDVLGAVI ENVTGKTFTE VIAERLTQPL GMSATVAVKG DEIIVNKASG YKLGFGKPVL FHAPLARNHV PAAYIHSTLP DM EIWIDAW LHRKALPATL REAMSNSWRG NSDVPLAADN RILYASGWFI DQNQGPYISH GGQNPNFSSC IALRPDQQIG IVA LANMNS NLILQLCADI DNYLRIGKYA DGAGDAITAT DTLFVYLTLL LCFWGAVVVV RGAFRVYRAT AHGPGKQQRL RLRV RDYII ALAVPGLVAA MLYVAPGILS PGLDWRFILV WGPSSVLAIP FGIILLAFVL TLNHQIKRIL LHNKEWDDEH HHHHH HHHH

UniProtKB: Beta-lactamase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
200.0 mMsodium chlorideNaCl
0.06 %GDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 30 s glow discharge at 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Three uL of sample were deposited onto 400 mesh Quantifoil Cu 1.2/1.3 grids that had been glow discharged in a PELCO easiGLOW (Ted Pella) at 0.39 mBar, 15 mA for 30 s. Samples were vitrified ...詳細: Three uL of sample were deposited onto 400 mesh Quantifoil Cu 1.2/1.3 grids that had been glow discharged in a PELCO easiGLOW (Ted Pella) at 0.39 mBar, 15 mA for 30 s. Samples were vitrified in 100% liquid ethane using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific), with a wait time of 30 s, blot time of 5 s and a blot force of 16 at 100% humidity..
詳細Protein was purified by Ni affinity chromatography followed by SEC on an S200 10/300 column equilibrated with 10 mM HEPES pH 7.3, 200 mM NaCl, 0.06% GDN. Sample used for preparing grids came from the peak fraction and was not concentrated.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3888 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 76.191 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 60606 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 562462
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 109906
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7mdf


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7ul6:
CryoEM structure of full-length dimeric ClbP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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