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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26583 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Antibody 12-16 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Neutralizing Antibody / Viral Fusion Protein / SARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Casner RG / Shapiro L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2023 タイトル: Antibodies targeting a quaternary site on SARS-CoV-2 spike glycoprotein prevent viral receptor engagement by conformational locking. 著者: Lihong Liu / Ryan G Casner / Yicheng Guo / Qian Wang / Sho Iketani / Jasper Fuk-Woo Chan / Jian Yu / Bernadeta Dadonaite / Manoj S Nair / Hiroshi Mohri / Eswar R Reddem / Shuofeng Yuan / ...著者: Lihong Liu / Ryan G Casner / Yicheng Guo / Qian Wang / Sho Iketani / Jasper Fuk-Woo Chan / Jian Yu / Bernadeta Dadonaite / Manoj S Nair / Hiroshi Mohri / Eswar R Reddem / Shuofeng Yuan / Vincent Kwok-Man Poon / Chris Chung-Sing Chan / Kwok-Yung Yuen / Zizhang Sheng / Yaoxing Huang / Jesse D Bloom / Lawrence Shapiro / David D Ho / 要旨: SARS-CoV-2 continues to evolve, with many variants evading clinically authorized antibodies. To isolate monoclonal antibodies (mAbs) with broadly neutralizing capacities against the virus, we ...SARS-CoV-2 continues to evolve, with many variants evading clinically authorized antibodies. To isolate monoclonal antibodies (mAbs) with broadly neutralizing capacities against the virus, we screened serum samples from convalescing COVID-19 patients. We isolated two mAbs, 12-16 and 12-19, which neutralized all SARS-CoV-2 variants tested, including the XBB subvariants, and prevented infection in hamsters challenged with Omicron BA.1 intranasally. Structurally, both antibodies targeted a conserved quaternary epitope located at the interface between the N-terminal domain and subdomain 1, uncovering a site of vulnerability on SARS-CoV-2 spike. These antibodies prevented viral receptor engagement by locking the receptor-binding domain (RBD) of spike in the down conformation, revealing a mechanism of virus neutralization for non-RBD antibodies. Deep mutational scanning showed that SARS-CoV-2 could mutate to escape 12-19, but such mutations are rarely found in circulating viruses. Antibodies 12-16 and 12-19 hold promise as prophylactic agents for immunocompromised persons who do not respond robustly to COVID-19 vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26583.map.gz | 161.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26583-v30.xml emd-26583.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26583_fsc.xml | 14.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26583.png | 138.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26583.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_26583_half_map_1.map.gz emd_26583_half_map_2.map.gz | 301.7 MB 301.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26583 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26583 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26583_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26583_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26583_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26583_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26583 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26583 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uklMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_26583_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_26583_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Antibody 12-16 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein
全体 | 名称: Antibody 12-16 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: Antibody 12-16 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein
超分子 | 名称: Antibody 12-16 in complex with prefusion SARS-CoV-2 Spike glycoprotein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: 12-16 Fab Light Chain
分子 | 名称: 12-16 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.669789 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTASI TCSGDKLGDK YACWYQQKPG QSPVLVIYQD NKRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQAM DEADYYCQG WDRSTGYYVF GTGTKVTVL |
-分子 #2: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 141.205312 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPR RARSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQYIKWPWY IWLGFIAGLI AIVMVTIMLC CMTSCCSCLK GCCSCGSCCK FDEDDSEPVL KGVKLHYT UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #3: 12-16 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 12-16 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.604067 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS NYGMHWVRQA PGKGLEWVAI ISFDGSNRYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMDSLRAE DTAVYYCAKD LSFYYDISTG YYPQSYNSGT DVWGQGTTVT VSS |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 48 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |