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- EMDB-26574: KS-AT di-domain of mycobacterial Pks13 with endogenous KS ligand bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26574
タイトルKS-AT di-domain of mycobacterial Pks13 with endogenous KS ligand bound
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterial polyketide synthase 13
    • 複合体: Ketosynthase domainKetoacyl synthase
      • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase PKS13
    • 複合体: Acyl transferase domain
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: water水
キーワードmycolic acid synthesis / ketosynthase / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / multi-domain assembly (タンパク質ドメイン) / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding
類似検索 - 分子機能
チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase ...チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyketide synthase PKS13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Kim SK / Dickinson MS / Finer-Moore JS / Rosenberg OS / Stroud RM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI095208 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI128214 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM24485 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamics of the essential endogenous mycobacterial polyketide synthase Pks13.
著者: Sun Kyung Kim / Miles Sasha Dickinson / Janet Finer-Moore / Ziqiang Guan / Robyn M Kaake / Ignacia Echeverria / Jen Chen / Ernst H Pulido / Andrej Sali / Nevan J Krogan / Oren S Rosenberg / Robert M Stroud /
要旨: The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug ...The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug development. Polyketide synthase 13 (Pks13) is a module encoding several enzymatic and transport functions that carries out the condensation of two different long-chain fatty acids to produce mycolic acids. We determined structures by cryogenic-electron microscopy of dimeric multi-enzyme Pks13 purified from mycobacteria under normal growth conditions, captured with native substrates. Structures define the ketosynthase (KS), linker and acyl transferase (AT) domains at 1.8 Å resolution and two alternative locations of the N-terminal acyl carrier protein. These structures suggest intermediate states on the pathway for substrate delivery to the KS domain. Other domains, visible at lower resolution, are flexible relative to the KS-AT core. The chemical structures of three bound endogenous long-chain fatty acid substrates were determined by electrospray ionization mass spectrometry.
履歴
登録2022年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26574.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26574.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 219.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.333
最小 - 最大-0.26222926 - 1.5503584
平均 (標準偏差)-0.00013110462 (±0.039638605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ386386386
Spacing386386386
セルA=B=C: 322.31 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: density-modified, sharpened map

ファイルemd_26574_additional_1.map
注釈density-modified, sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map contour at 0.268

ファイルemd_26574_additional_2.map
注釈DeepEMhancer sharpened map contour at 0.268
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26574_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26574_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterial polyketide synthase 13

全体名称: Mycobacterial polyketide synthase 13
要素
  • 複合体: Mycobacterial polyketide synthase 13
    • 複合体: Ketosynthase domainKetoacyl synthase
      • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase PKS13
    • 複合体: Acyl transferase domain
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Mycobacterial polyketide synthase 13

超分子名称: Mycobacterial polyketide synthase 13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP ...詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13.
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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超分子 #2: Ketosynthase domain

超分子名称: Ketosynthase domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Linked to acyl transferase domain at the C-terminus
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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超分子 #3: Acyl transferase domain

超分子名称: Acyl transferase domain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: linked to ketosynthase domain at the N-terminus
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Polyketide synthase PKS13

分子名称: Polyketide synthase PKS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The gene for M. smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved ...詳細: The gene for M. smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-deoxyerythronolide-B synthase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 198.633359 KDa
配列文字列: MDENHSDSNL PEGTEPAGRP APRTDMTVNE MREWLRNWVA NATGQSADAI DESTPMVELG LSSRDAVAMA SDIEDLTGVT LTATVAFRH PTIESLATVI IEGEPEPEPY DEDEDWSRTR DVEDIAIVGV ATRFPGDLNT PDEMWEALLE GKDCVTDLPE D RWTEFLDE ...文字列:
MDENHSDSNL PEGTEPAGRP APRTDMTVNE MREWLRNWVA NATGQSADAI DESTPMVELG LSSRDAVAMA SDIEDLTGVT LTATVAFRH PTIESLATVI IEGEPEPEPY DEDEDWSRTR DVEDIAIVGV ATRFPGDLNT PDEMWEALLE GKDCVTDLPE D RWTEFLDE PRIAERVKKA RTRGGYLTDI KGFDSEFFAL SKMEADNIDP QQRMALELTW EALEHARIPA SSLRGESVGV YI GSSTNDY SFLAMSDPSI AHPYAITGTA SSIIANRVSY FYDFRGPSVA VDTACSSSLV ATHQGVQALR AGEADVAIVG GVN ALVTPL VTVGFDEVGG VLAPDGRIKS FSSDADGYAR SEGGGMLVLK RISDARRDGD QILAVIAGSA VNHDGRSNGL LAPN PDAQA EVLRKAYKDA GINPRDVDYI EAHGTGTILG DPIEADALGR IVGKGRPADK PALLGAVKSN LGHLESAAGA ASLAK MTLA LANDKLPPSI NYAGPNPYID FEKERLKVND TVSDWPRYSG KAIAGVSGFG FGGANAHVVM REVLAGDLVE PEPEPE PEA KPEKSEADAV YVGGVRMDEY GEFIDEDEPA EGGDAYPSYD EDSYELPGIT EAAQRLLEQA REELEAKEAE EPTKQLV PL AVSAFLTSRK RQAAAELADW IDSPEGRASS LESIGRSLSR RNHGRSRAVV LAHDHDEAIK GLRALAEGKQ HPSVLSAD G PVTNGPVWVL AGFGAQHRKM GKSLYLRNEV FAEWINKVDA LIQDERGYSI LELILDDNVD YTDATCEYPI EVVQLVIFA IQIALGELLR HHGAKPAAVV GQSLGEAAAS YFAGGLSLAD ATRTICSRSH LMGEGEAMLF GEYIRLMALV EYSADEIKTV FSDYPDLEV CVYAAPTQTV IGGPPDQVDA IIARAESEGK FARKFQTKGA SHTQQMDPLL GELAAELQGI EPKPLTTGYF S TVHEGTFI RPGSAPIHDV DYWKKGLRHS VYFTQGIRNA VDNGHTTFLE LAPNPVALMQ VGLTTASAGL HDAQLIATLA RK QDEVESM ISAMAQLYVH GHDLDFRTLF PRRSKGLAGA LDFANIPPTR FKRKEHWLPA HFTGDSSAVM PGNHVATPDG RHV WEFVPR GKTDLAALVK AAAAQVLPDA KLAAFEQRAV PADNARLVTT LTRHPGGATV QVHARVEESF TLVYDAIVAR ANGA GVTAL PVAVGAGVAV SGDVAGEGAG ASVIEDDEPD AEILQDNLTA GAGMGADFQK WDPNSGETIG QRLGTIVGAA MGYEP EDLP WEVPLIELGL DSLMAVRIKN RVEYDFDLPP IQLTAVRDAN LYNVEELIRY AIEHRDEVEQ IAESQKGKTA EEIAAE QSE LLGGASTVAE LEAKLAEAGH PLAAKDSEDS ENSEDNAAGA AAAAEASAVE GLEIPPPPTD PTGPGGAPIP PPPSDPS GP AQAASATDAP AGTVNKATAA AAAAKVLTQE AVTEALGADV PPRDAAERVT FATWAIVTGK SPGGIFNELP TVSEETAK K MAERLSERAE GTITVEDVLG AKTIEGLATI VREQLEEGVV DGFVRTLRPP KEGSNAVPLF VFHPAGGSTV VYEPLMKRL PADVPVYGLE RVEGSIEERA AEYVPKLLEM HKGPFVLAGW SLGGALAYAC AIGLKQSGAD VRFVGLIDTV LPGEPIDQSK EGMRARWDR YARFAERTFN VEIPAIPYEE LEKLDDEGQV KYVLEIVKES GVQIPGGIIE HQRTSYLDNR ALDTVDIKPY D GHVTLYMA DRYHDDAIVF EPAYATRKPD GGWGSFVSDL EVVHIGGEHI QAIDEPYIAK VGAHMSEALN RIEAQASKED GA KSKSTSE NLYFQ

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分子 #2: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 2
詳細: The fatty acid ligand designated as UNL (unknown ligand) is a divided population of fatty acids of formula C55H106O2 and C40H78O2 as confirmed by mass spectrometry.
コピー数: 2 / 式: UNL
分子量理論値: 312.53 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 390 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids ...詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids and blotted for 9 s with Whatman 1 filter paper at max humidity and 10oC in a FEI Mark IV Vitrobot, before vitrification in liquid nitrogen-cooled liquid ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7567 / 平均露光時間: 5.9 sec. / 平均電子線量: 45.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4400000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 200000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 1200000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7uk4:
KS-AT di-domain of mycobacterial Pks13 with endogenous KS ligand bound

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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