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- EMDB-2657: TEM of uncleaved soluble HIV envelope proteins -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2657
タイトルTEM of uncleaved soluble HIV envelope proteins
マップデータReconstruction of soluble uncleved part of a CXCR4 tropic env trimer
試料
  • 試料: NL4-3
  • タンパク質・ペプチド: HIV env protein
キーワードHIV-1 / Soluble gp140 Env / CXCR4 / CCR5
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Arnold P / Himmels P / Weiss S / Decker TM / Markl J / Gatterdam V / Tampe R / Bartholomeaus P / Dietrich U / Duerr R
引用ジャーナル: Retrovirology / 年: 2014
タイトル: Antigenic and 3D structural characterization of soluble X4 and hybrid X4-R5 HIV-1 Env trimers.
著者: Philipp Arnold / Patricia Himmels / Svenja Weiß / Tim-Michael Decker / Jürgen Markl / Volker Gatterdam / Robert Tampé / Patrick Bartholomäus / Ursula Dietrich / Ralf Dürr /
要旨: BACKGROUND: HIV-1 is decorated with trimeric glycoprotein spikes that enable infection by engaging CD4 and a chemokine coreceptor, either CCR5 or CXCR4. The variable loop 3 (V3) of the HIV-1 envelope ...BACKGROUND: HIV-1 is decorated with trimeric glycoprotein spikes that enable infection by engaging CD4 and a chemokine coreceptor, either CCR5 or CXCR4. The variable loop 3 (V3) of the HIV-1 envelope protein (Env) is the main determinant for coreceptor usage. The predominant CCR5 using (R5) HIV-1 Env has been intensively studied in function and structure, whereas the trimeric architecture of the less frequent, but more cytopathic CXCR4 using (X4) HIV-1 Env is largely unknown, as are the consequences of sequence changes in and near V3 on antigenicity and trimeric Env structure.
RESULTS: Soluble trimeric gp140 Env constructs were used as immunogenic mimics of the native spikes to analyze their antigenic properties in the context of their overall 3D structure. We generated ...RESULTS: Soluble trimeric gp140 Env constructs were used as immunogenic mimics of the native spikes to analyze their antigenic properties in the context of their overall 3D structure. We generated soluble, uncleaved, gp140 trimers from a prototypic T-cell line-adapted (TCLA) X4 HIV-1 strain (NL4-3) and a hybrid (NL4-3/ADA), in which the V3 spanning region was substituted with that from the primary R5 isolate ADA. Compared to an ADA (R5) gp140, the NL4-3 (X4) construct revealed an overall higher antibody accessibility, which was most pronounced for the CD4 binding site (CD4bs), but also observed for mAbs against CD4 induced (CD4i) epitopes and gp41 mAbs. V3 mAbs showed significant binding differences to the three constructs, which were refined by SPR analysis. Of interest, the NL4-3/ADA construct with the hybrid NL4-3/ADA CD4bs showed impaired CD4 and CD4bs mAb reactivity despite the presence of the essential elements of the CD4bs epitope. We obtained 3D reconstructions of the NL4-3 and the NL4-3/ADA gp140 trimers via electron microscopy and single particle analysis, which indicates that both constructs inherit a propeller-like architecture. The first 3D reconstruction of an Env construct from an X4 TCLA HIV-1 strain reveals an open conformation, in contrast to recently published more closed structures from R5 Env. Exchanging the X4 V3 spanning region for that of R5 ADA did not alter the open Env architecture as deduced from its very similar 3D reconstruction.
CONCLUSIONS: 3D EM analysis showed an apparent open trimer configuration of X4 NL4-3 gp140 that is not modified by exchanging the V3 spanning region for R5 ADA.
履歴
登録2014年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年6月11日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年6月17日-
現状2015年6月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of soluble uncleved part of a CXCR4 tropic env trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 320. Å		2.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 320. Å		2.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 320. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.00001445 - 11.189914699999999
平均 (標準偏差)0.04519726 (±0.46946228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-26-26-26
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.000320.000320.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-26-26-26
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.00011.1900.045

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NL4-3

全体名称: NL4-3
要素
  • 試料: NL4-3
  • タンパク質・ペプチド: HIV env protein

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超分子 #1000: NL4-3

超分子名称: NL4-3 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 1

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分子 #1: HIV env protein

分子名称: HIV env protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
別称: HIV-1

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2013年5月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 3000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2ny7

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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