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- EMDB-26562: Cryo-EM structure of Human respiratory syncytial virus F variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26562
タイトルCryo-EM structure of Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A)
マップデータ
試料
  • 複合体: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) with Fabs AM14 and AM22
    • タンパク質・ペプチド: RSV variant (construct pXCS847A) F1
    • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: AM22 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AM22 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: RSV variant (construct pXCS847A) F2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Lees JA / Ammirati M / Han S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: Rational design of a highly immunogenic prefusion-stabilized F glycoprotein antigen for a respiratory syncytial virus vaccine.
著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / ...著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / Joshua A Lees / Wei Chen / Lyndsey Martinez / Vidia Roopchand / Seungil Han / Xiayang Qiu / John P DeVincenzo / Kathrin U Jansen / Philip R Dormitzer / Kena A Swanson /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently available. The RSV fusion (F) glycoprotein is a key antigen for vaccine development, and its prefusion conformation is the target of the most potent neutralizing antibodies. Here, we describe a computational and experimental strategy for designing immunogens that enhance the conformational stability and immunogenicity of RSV prefusion F. We obtained an optimized vaccine antigen after screening nearly 400 engineered F constructs. Through in vitro and in vivo characterization studies, we identified F constructs that are more stable in the prefusion conformation and elicit ~10-fold higher serum-neutralizing titers in cotton rats than DS-Cav1. The stabilizing mutations of the lead construct (847) were introduced onto F glycoprotein backbones of strains representing the dominant circulating genotypes of the two major RSV subgroups, A and B. Immunization of cotton rats with a bivalent vaccine formulation of these antigens conferred complete protection against RSV challenge, with no evidence of disease enhancement. The resulting bivalent RSV prefusion F investigational vaccine has recently been shown to be efficacious against RSV disease in two pivotal phase 3 efficacy trials, one for passive protection of infants by immunization of pregnant women and the second for active protection of older adults by direct immunization.
履歴
登録2022年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年5月10日-
現状2023年5月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26562.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.17849936 - 0.29863864
平均 (標準偏差)6.7627094e-05 (±0.00811417)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 383.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26562_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26562_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) ...

全体名称: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) with Fabs AM14 and AM22
要素
  • 複合体: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) with Fabs AM14 and AM22
    • タンパク質・ペプチド: RSV variant (construct pXCS847A) F1
    • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AM14 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: AM22 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AM22 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: RSV variant (construct pXCS847A) F2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) ...

超分子名称: Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A) with Fabs AM14 and AM22
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)

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分子 #1: RSV variant (construct pXCS847A) F1

分子名称: RSV variant (construct pXCS847A) F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 45.025391 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: FLGFLLGVGS ACASGIAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTIKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSISN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS SNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP ...文字列:
FLGFLLGVGS ACASGIAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTIKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSISN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS SNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP LYGVIDTPCW KLHTSPLCTT NTKEGSNICL TRTDRGWYCD NAGSVSFFPQ AETCKVQSNR VFCDTMNSLT LP SEVNLCN IDIFNPKYDC KIMTSKTDVS SSVITSLGAI VSCYGKTKCT ASNKNRGIIK TFSNGCDYVS NKGVDTVSVG NTL YYVNKQ EGKSLYVKGE PIINFYDPLV FPSSEFDASI SQVNEKINQS LAFIRKSDEL LSAIGGYIPE APRDGQAYVR KDGE WVLLS TFLGG

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分子 #2: AM14 Fab heavy chain

分子名称: AM14 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.231088 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFSFS HYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGENTYY ADSVKGRFSI SRDNSKNTVS LQMNSLRPE DTALYYCARD RIVDDYYYYG MDVWGQGATV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFSFS HYAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGENTYY ADSVKGRFSI SRDNSKNTVS LQMNSLRPE DTALYYCARD RIVDDYYYYG MDVWGQGATV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDG GGSLVPRGSD YK DDDDK

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分子 #3: AM14 Fab light chain

分子名称: AM14 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.972656 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIK KYLNWYHQKP GKVPELLMHD ASNLETGVPS RFSGRGSGTD FTLTISSLQP EDIGTYYCQ QYDNLPPLTF GGGTKVEIKR TVRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIK KYLNWYHQKP GKVPELLMHD ASNLETGVPS RFSGRGSGTD FTLTISSLQP EDIGTYYCQ QYDNLPPLTF GGGTKVEIKR TVRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #4: AM22 Fab heavy chain

分子名称: AM22 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.989154 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGATVKV SCKISGHTLI KLSIHWVRQA PGKGLEWMGG YEGEVDEIFY AQKFQHRLTV IADTATDTVY MELGRLTSD DTAVYFCGTL GVTVTEAGLG IDDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGATVKV SCKISGHTLI KLSIHWVRQA PGKGLEWMGG YEGEVDEIFY AQKFQHRLTV IADTATDTVY MELGRLTSD DTAVYFCGTL GVTVTEAGLG IDDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD GGGSLVPRGS DY KDDDDK

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分子 #5: AM22 Fab light chain

分子名称: AM22 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.273938 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQIVS RNHLAWYQQK PGQAPRLLIF GASSRATGIP VRFSGSGSGT DFTLTINGLA PEDFAVYYC LSSDSSIFTF GPGTKVDFKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQIVS RNHLAWYQQK PGQAPRLLIF GASSRATGIP VRFSGSGSGT DFTLTINGLA PEDFAVYYC LSSDSSIFTF GPGTKVDFKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #6: RSV variant (construct pXCS847A) F2

分子名称: RSV variant (construct pXCS847A) F2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 12.109954 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列:
MELPILKTNA ITTILAAVTL CFASSQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPACNSRARR

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HClTris Hydrochloride
300.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 420325
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 183713
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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