EMDB-26561: Sf6 bound to CFS100 LPS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-26561

タイトル

Sf6 bound to CFS100 LPS

マップデータ

Masked final map

試料

ウイルス: Shigella phage Sf6 (ファージ)

キーワード

Sf6 / LPS / VIRUS

生物種

Shigella phage Sf6 (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å

データ登録者

Subramanian S / Doore SM / Parent KN

資金援助

米国, 4件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM110185	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24GM116789	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM140803	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	1750125	米国

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Host Range Expansion of Shigella Phage Sf6 Evolves through Point Mutations in the Tailspike
著者: Subramanian S / Dover JA / Parent KN / Doore SM

履歴

登録	2022年3月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年7月20日	-
マップ公開	2022年7月20日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_26561.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_26561.map.gz	250.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-26561-v30.xml emd-26561.xml	14.5 KB 14.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_26561_fsc.xml	31 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_26561.png	152.7 KB
マスクデータ	emd_26561_msk_1.map	2.5 GB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-26561.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_26561_half_map_1.map.gz emd_26561_half_map_2.map.gz	2.1 GB 2.1 GB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26561 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26561	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_26561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Masked final map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.63 Å/pix. x 880 pix. = 1436.16 Å	1.63 Å/pix. x 880 pix. = 1436.16 Å	1.63 Å/pix. x 880 pix. = 1436.16 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.632 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.008
最小 - 最大	-0.022623539 - 0.06889965
平均 (標準偏差)	0.00055072695 (±0.0032233358)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_26561_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap 2

ファイル

emd_26561_half_map_1.map

注釈

halfmap_2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap 1

ファイル

emd_26561_half_map_2.map

注釈

halfmap_1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Shigella phage Sf6

全体	名称: Shigella phage Sf6 (ファージ)
要素	ウイルス: Shigella phage Sf6 (ファージ)

-
超分子 #1: Shigella phage Sf6

超分子	名称: Shigella phage Sf6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2905959 / 生物種: Shigella phage Sf6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主	生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	名称	式
10.0 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane
10.0 mM	magnesium chloride	MgCl₂

グリッド

モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 33.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 5730
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 18964
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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