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万見
- EMDB-26484: In situ map of the clathrin hub -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26484
タイトルIn situ map of the clathrin hub
マップデータIn situ map of the clathrin hub
試料
  • 細胞: In situ map of the clathrin hub
キーワードClathrin / Actin / ENDOCYTOSIS
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Serwas D / Akamatsu M / Moayed A / Vegesna K / Vasan R / Hill JM / Schoeneberg J / Davies KM / Rangamani P / Drubin DG
資金援助 米国, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118149 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000234/2018-L フランス
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into actin force generation during vesicle formation from cryo-electron tomography.
著者: Daniel Serwas / Matthew Akamatsu / Amir Moayed / Karthik Vegesna / Ritvik Vasan / Jennifer M Hill / Johannes Schöneberg / Karen M Davies / Padmini Rangamani / David G Drubin /
要旨: Actin assembly provides force for a multitude of cellular processes. Compared to actin-assembly-based force production during cell migration, relatively little is understood about how actin assembly ...Actin assembly provides force for a multitude of cellular processes. Compared to actin-assembly-based force production during cell migration, relatively little is understood about how actin assembly generates pulling forces for vesicle formation. Here, cryo-electron tomography identified actin filament number, organization, and orientation during clathrin-mediated endocytosis in human SK-MEL-2 cells, showing that force generation is robust despite variance in network organization. Actin dynamics simulations incorporating a measured branch angle indicate that sufficient force to drive membrane internalization is generated through polymerization and that assembly is triggered from ∼4 founding "mother" filaments, consistent with tomography data. Hip1R actin filament anchoring points are present along the entire endocytic invagination, where simulations show that it is key to pulling force generation, and along the neck, where it targets filament growth and makes internalization more robust. Actin organization described here allowed direct translation of structure to mechanism with broad implications for other actin-driven processes.
履歴
登録2022年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ map of the clathrin hub
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.943 Å
密度
表面レベル登録者による: 122.0
最小 - 最大114.793105999999995 - 130.796660000000003
平均 (標準偏差)119.217089999999999 (±2.3883443)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10010060
Spacing10010060
セルA: 594.3 Å / B: 594.3 Å / C: 356.58 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_26484_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_26484_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In situ map of the clathrin hub

全体名称: In situ map of the clathrin hub
要素
  • 細胞: In situ map of the clathrin hub

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超分子 #1: In situ map of the clathrin hub

超分子名称: In situ map of the clathrin hub / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: SK-MEL-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.0152562 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0052084 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: IMOD, PEET)
詳細: Half maps were generated using the fnHalfVolume function of calcFSC in PEET rather than "gold standard" FSC.
使用したサブトモグラム数: 472
抽出トモグラム数: 7 / 使用した粒子像数: 561
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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