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万見
- EMDB-2648: stem cell factor-induced intact KIT dimers -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2648
タイトルstem cell factor-induced intact KIT dimers
マップデータReconstruction of intact, kinase-dead KIT-SCF complex
試料
  • 試料: Intact human KIT dimer in complex with stem cell factor (SCF)dimer
  • タンパク質・ペプチド: stem cell growth factor
  • タンパク質・ペプチド: KIT
キーワードKIT / c-Kit / SCF / stem cell factor / transmembrane / receptor tyrosine kinase / RTK
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / melanocyte migration / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation ...positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / melanocyte migration / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell apoptotic process / mast cell proliferation / positive regulation of Ras protein signal transduction / neural crest cell migration / positive regulation of leukocyte migration / embryonic hemopoiesis / Regulation of KIT signaling / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cytokine activity / filopodium / growth factor activity / Signaling by SCF-KIT / : / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / lamellipodium / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / cell adhesion / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stem cell factor / Stem cell factor / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.8 Å
データ登録者Opatowsky Y / Bleichert F / Unger VM / Schlessinger J
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Structure, domain organization, and different conformational states of stem cell factor-induced intact KIT dimers.
著者: Yarden Opatowsky / Irit Lax / Francisco Tomé / Franziska Bleichert / Vinzenz M Unger / Joseph Schlessinger /
要旨: Using electron microscopy and fitting of crystal structures, we present the 3D reconstruction of ligand-induced dimers of intact receptor tyrosine kinase, KIT. We observe that KIT protomers form ...Using electron microscopy and fitting of crystal structures, we present the 3D reconstruction of ligand-induced dimers of intact receptor tyrosine kinase, KIT. We observe that KIT protomers form close contacts throughout the entire structure of ligand-bound receptor dimers, and that the dimeric receptors adopt multiple, defined conformational states. Interestingly, the homotypic interactions in the membrane proximal Ig-like domain of the extracellular region differ from those observed in the crystal structure of the unconstrained extracellular regions. We observe two prevalent conformations in which the tyrosine kinase domains interact asymmetrically. The asymmetric arrangement of the cytoplasmic regions may represent snapshots of molecular interactions occurring during trans autophosphorylation. Moreover, the asymmetric arrangements may facilitate specific intermolecular interactions necessary for trans phosphorylation of different KIT autophosphorylation sites that are required for stimulation of kinase activity and recruitment of signaling proteins by activated KIT.
履歴
登録2014年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年6月4日-
マップ公開2014年6月4日-
更新2014年6月4日-
現状2014年6月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of intact, kinase-dead KIT-SCF complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 352. Å		5.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 352. Å		5.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.4 / ムービー #1: 2.4
最小 - 最大-4.12396765 - 12.35673618
平均 (標準偏差)0.00694332 (±0.42488474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.55.55.5
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-4.12412.3570.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Intact human KIT dimer in complex with stem cell factor (SCF)dimer

全体名称: Intact human KIT dimer in complex with stem cell factor (SCF)dimer
要素
  • 試料: Intact human KIT dimer in complex with stem cell factor (SCF)dimer
  • タンパク質・ペプチド: stem cell growth factor
  • タンパク質・ペプチド: KIT

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超分子 #1000: Intact human KIT dimer in complex with stem cell factor (SCF)dimer

超分子名称: Intact human KIT dimer in complex with stem cell factor (SCF)dimer
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one dimer of SCF binds to KIT dimer / Number unique components: 2
分子量理論値: 290 KDa / 手法: SDS-PAGE

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分子 #1: stem cell growth factor

分子名称: stem cell growth factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SCF / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 15 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pET11
配列UniProtKB: Kit ligand

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分子 #2: KIT

分子名称: KIT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma membrane
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pET11

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 200mM NaCl, 20mM HEPES,15% glycerol, 0.05% DDM
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: grids with adsorbed protein were floated on 3 drops of 1% uranyl formate for 30 seconds each
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with continuous thin carbon support over holy carbon film
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2008年11月27日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 400 / 平均電子線量: 20 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 55

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画像解析

詳細Particles of tilt pairs (at 0 and 55 degrees)were manually selected using WEB. Initial reference-free alignment and classification of the untilted views was performed using IMAGIC-5. A representative class average was used for reference-based alignment, followed by cycles of multireference alignment and classification. Three out of 8 classes were used in random conical tilt reconstruction using SPIDER.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 1900
最終 2次元分類クラス数: 3

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2e9w

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1t45

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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