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- EMDB-26443: Structure of the DU422 SOSIP.664 trimer in complex with neutraliz... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26443
タイトルStructure of the DU422 SOSIP.664 trimer in complex with neutralizing antibody Fab fragments 10-1074 and BG24
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Complex of DU422 SOSIP trimer bound to 10-1074 and BG24 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: BG24 CDRH2-v2 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BG24 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードbroadly neutralizing antibody / bNAb / HIV-1 / CD4 binding site / VH1-2 / VRC01-class / antiviral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Barnes CO / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI100148 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150464 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1124068 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: A naturally arising broad and potent CD4-binding site antibody with low somatic mutation.
著者: Christopher O Barnes / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Jovana Golijanin / Kathryn E Huey-Tubman / Henning Gruell / Philipp Schommers / Nina Suh-Toma / Yu Erica Lee / Julio C ...著者: Christopher O Barnes / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Jovana Golijanin / Kathryn E Huey-Tubman / Henning Gruell / Philipp Schommers / Nina Suh-Toma / Yu Erica Lee / Julio C Cetrulo Lorenzi / Alicja Piechocka-Trocha / Johannes F Scheid / Anthony P West / Bruce D Walker / Michael S Seaman / Florian Klein / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: The induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is a potential strategy for a vaccine against HIV-1. However, most bNAbs exhibit features such as unusually high somatic hypermutation, ...The induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is a potential strategy for a vaccine against HIV-1. However, most bNAbs exhibit features such as unusually high somatic hypermutation, including insertions and deletions, which make their induction challenging. VRC01-class bNAbs not only exhibit extraordinary breadth and potency but also rank among the most highly somatically mutated bNAbs. Here, we describe a VRC01-class antibody isolated from a viremic controller, BG24, that is much less mutated than most relatives of its class while achieving comparable breadth and potency. A 3.8-Å x-ray crystal structure of a BG24-BG505 Env trimer complex revealed conserved contacts at the gp120 interface characteristic of the VRC01-class Abs, despite lacking common CDR3 sequence motifs. The existence of moderately mutated CD4-binding site (CD4bs) bNAbs such as BG24 provides a simpler blueprint for CD4bs antibody induction by a vaccine, raising the prospect that such an induction might be feasible with a germline-targeting approach.
履歴
登録2022年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26443.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 291.984 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 291.984 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 291.984 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.869 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.07334901 - 0.101043016
平均 (標準偏差)0.00018126819 (±0.0024751876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 291.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26443_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26443_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of DU422 SOSIP trimer bound to 10-1074 and BG24 Fab fragments

全体名称: Complex of DU422 SOSIP trimer bound to 10-1074 and BG24 Fab fragments
要素
  • 複合体: Complex of DU422 SOSIP trimer bound to 10-1074 and BG24 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: BG24 CDRH2-v2 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BG24 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of DU422 SOSIP trimer bound to 10-1074 and BG24 Fab fragments

超分子名称: Complex of DU422 SOSIP trimer bound to 10-1074 and BG24 Fab fragments
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 650 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Env mimic DU422 SOSIP.664 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.104527 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGLGAVLLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLQLTVW GIKQLQTRVL AIERYLKDQQ LLGLWGCSG KLICCTAVPW NSSWSNKSLG DIWDNMTWMQ WDREISNYTN TIFRLLEESQ NQQEKNEKDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: BG24 CDRH2-v2 Fab heavy chain

分子名称: BG24 CDRH2-v2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.49859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSRAE VKKPGASVKV SCEASGYNFV DHYIHWVRQA PGQRPQWVGW MNPQWGQVNY ARTFQGRVTM TRDTSIDTAY MQLNRLTSG DTAVYYCATQ VKLDSSAGYP FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLVQSRAE VKKPGASVKV SCEASGYNFV DHYIHWVRQA PGQRPQWVGW MNPQWGQVNY ARTFQGRVTM TRDTSIDTAY MQLNRLTSG DTAVYYCATQ VKLDSSAGYP FDIWGQGTMV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK HHHHHH

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分子 #3: BG24 light chain

分子名称: BG24 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.925209 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPRSV SGSPGQSVNI SCTGAYSGLG WYQQHPGRAP KLIIYEVNRR PSGVSDRFSG SKSGNTASLT ISGLRTEDEA DYFCSAFEY FGEGTKLTVL SQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK Q SNNKYAAS ...文字列:
QSALTQPRSV SGSPGQSVNI SCTGAYSGLG WYQQHPGRAP KLIIYEVNRR PSGVSDRFSG SKSGNTASLT ISGLRTEDEA DYFCSAFEY FGEGTKLTVL SQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK Q SNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

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分子 #4: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Env mimic DU422 SOSIP.664 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 56.99998 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGAENLDLW VTVYYGVPVW KEAKTTLFCA SDAKAYDKEV RNVWATHACV PTDPNPQEI VLENVTENFN MWKNDMVDQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCKNV NISANANATA TLNSSMNGEI K NCSFNTTT ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGAENLDLW VTVYYGVPVW KEAKTTLFCA SDAKAYDKEV RNVWATHACV PTDPNPQEI VLENVTENFN MWKNDMVDQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCKNV NISANANATA TLNSSMNGEI K NCSFNTTT ELRDKKQKVY ALFYKPDVVP LNGGEHNETG EYILINCNSS TITQACPKVS FDPIPIHYCA PAGYAILKCN NK TFNGTGP CNNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EIIVRSENLT NNIKTIIVHL NKSVEINCTR PNNNTRKSVR IGP GQWFYA TGEIIGDIRE AHCNISRETW NSTLIQVKEK LREHYNKTIK FEPSSGGDLE VTTHSFNCRG EFFYCNTTKL FNET KLFNE SEYVDNKTII LPCRIKQIIN MWQEVGRAMY APPIEGNITC KSNITGLLLT WDGGENSTEG VFRPGGGNMK DNWRS ELYK YKVVEIKPLG VAPTKCKRKV VGR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #5: 10-1074 Fab heavy chain

分子名称: 10-1074 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.389465 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSV TCSVSGDSMN NYYWTWIRQS PGKGLEWIGY ISDRESATYN PSLNSRVVIS RDTSKNQLSL KLNSVTPAD TAVYYCATAR RGQRIYGVVS FGEFFYYYSM DVWGKGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
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分子 #6: 10-1074 light chain

分子名称: 10-1074 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.708293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYVRPLSVAL GETARISCGR QALGSRAVQW YQHRPGQAPI LLIYNNQDRP SGIPERFSGT PDINFGTRAT LTISGVEAGD EADYYCHMW DSRSGFSWSF GGATRLTVLG QPKAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SYVRPLSVAL GETARISCGR QALGSRAVQW YQHRPGQAPI LLIYNNQDRP SGIPERFSGT PDINFGTRAT LTISGVEAGD EADYYCHMW DSRSGFSWSF GGATRLTVLG QPKAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1989 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 455671
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 204220
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cez


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ucg:
Structure of the DU422 SOSIP.664 trimer in complex with neutralizing antibody Fab fragments 10-1074 and BG24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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