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- EMDB-26403: SARS-CoV-2 spike trimer in complex with Fab NA8, ensemble map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26403
タイトルSARS-CoV-2 spike trimer in complex with Fab NA8, ensemble map
マップデータMap after post-processing
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S6P spike trimer in complex with Fab NA8
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 S6P spike trimer
    • タンパク質・ペプチド: NA8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: NA8 Fab light chain
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tsybovsky Y / Kwong PD / Farci P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Potent monoclonal antibodies neutralize Omicron sublineages and other SARS-CoV-2 variants.
著者: Zhaochun Chen / Peng Zhang / Yumiko Matsuoka / Yaroslav Tsybovsky / Kamille West / Celia Santos / Lisa F Boyd / Hanh Nguyen / Anna Pomerenke / Tyler Stephens / Adam S Olia / Baoshan Zhang / ...著者: Zhaochun Chen / Peng Zhang / Yumiko Matsuoka / Yaroslav Tsybovsky / Kamille West / Celia Santos / Lisa F Boyd / Hanh Nguyen / Anna Pomerenke / Tyler Stephens / Adam S Olia / Baoshan Zhang / Valeria De Giorgi / Michael R Holbrook / Robin Gross / Elena Postnikova / Nicole L Garza / Reed F Johnson / David H Margulies / Peter D Kwong / Harvey J Alter / Ursula J Buchholz / Paolo Lusso / Patrizia Farci /
要旨: The emergence and global spread of the SARS-CoV-2 Omicron variants, which carry an unprecedented number of mutations, raise serious concerns due to the reduced efficacy of current vaccines and ...The emergence and global spread of the SARS-CoV-2 Omicron variants, which carry an unprecedented number of mutations, raise serious concerns due to the reduced efficacy of current vaccines and resistance to therapeutic antibodies. Here, we report the generation and characterization of two potent human monoclonal antibodies, NA8 and NE12, against the receptor-binding domain of the SARS-CoV-2 spike protein. NA8 interacts with a highly conserved region and has a breadth of neutralization with picomolar potency against the Beta variant and the Omicron BA.1 and BA.2 sublineages and nanomolar potency against BA.2.12.1 and BA.4. Combination of NA8 and NE12 retains potent neutralizing activity against the major SARS-CoV-2 variants of concern. Cryo-EM analysis provides the structural basis for the broad and complementary neutralizing activity of these two antibodies. We confirm the in vivo protective and therapeutic efficacies of NA8 and NE12 in the hamster model. These results show that broad and potent human antibodies can overcome the continuous immune escape of evolving SARS-CoV-2 variants.
履歴
登録2022年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map after post-processing
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.873 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.05609434 - 0.10799973
平均 (標準偏差)9.722021e-05 (±0.0015565815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 384.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26403_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before post-processing

ファイルemd_26403_additional_1.map
注釈Map before post-processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_26403_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_26403_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S6P spike trimer in complex with Fab NA8

全体名称: SARS-CoV-2 S6P spike trimer in complex with Fab NA8
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S6P spike trimer in complex with Fab NA8
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 S6P spike trimer
    • タンパク質・ペプチド: NA8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: NA8 Fab light chain

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S6P spike trimer in complex with Fab NA8

超分子名称: SARS-CoV-2 S6P spike trimer in complex with Fab NA8 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 580 KDa

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分子 #1: SARS-CoV-2 S6P spike trimer

分子名称: SARS-CoV-2 S6P spike trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPF FSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGT TLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFR VY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE ...文字列:
QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPF FSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGT TLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFR VY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHT P INLVRDLPQG FSALEPLVDL PIGINITRFQ TLLALHRSYL TPGDSSSGW TAGAAAYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDCALDPLSE TKCTLKSFTV EKGIYQTSN FRVQPTESIV RFPNITNLCP FGEVFNATRF ASVYAWNRKR I SNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VR QIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRK SNLKPF ERDISTEIYQ AGSTPCNGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPY RVVVL SFELLHAPAT VCGPKKSTNL VKNKCVNFNF NGLTGTGVLT ESNKK FLPF QQFGRDIADT TDAVRDPQTL EILDITPCSF GGVSVITPGT NTSNQV AVL YQDVNCTEVP VAIHADQLTP TWRVYSTGSN VFQTRAGCLI GAEHVNN SY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PGSASSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYS N NSIAIPTNFT ISVTTEILPV SMTKTSVDCT MYICGDSTEC SNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDFG GFNFSQILPD PSKPSKRSP IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG L TVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQI PFPMQMAYRF NG IGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNQN AQA LNTLVK QLSSNFGAIS SVLNDILSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYV TQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QSAPH GVVF LHVTYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRN FYE PQIITTDNTF VSGNCDVVIG IVNNTVYDPL QPELDSFKEE LDKYFKN HT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQ G SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFLGR SLEVLFQGPG HHHHHHHHS AWSHPQFEKG GGSGGGGSGG SAWSHPQFEK

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分子 #2: NA8 Fab heavy chain

分子名称: NA8 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VQLLEESGGG AVQPGRSLRL SCEASGFSFN SYGMHWVRQA PGKGLEWVAA IWYSGSDRDY ADSVKGRFS ISRDNSKNTL YLQMNSLRAE DTAVYYCARD PHCTGGVCDA FDLWGQGTMV T VSSASTKG PSVFPGAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA ...文字列:
VQLLEESGGG AVQPGRSLRL SCEASGFSFN SYGMHWVRQA PGKGLEWVAA IWYSGSDRDY ADSVKGRFS ISRDNSKNTL YLQMNSLRAE DTAVYYCARD PHCTGGVCDA FDLWGQGTMV T VSSASTKG PSVFPGAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VL QSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VDHKPATPRW TRKLSPNLVT KL

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分子 #3: NA8 Fab light chain

分子名称: NA8 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ELQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SYLNWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QSYSTPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP P SDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS ...文字列:
ELQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SYLNWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QSYSTPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP P SDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS KDSTYSLSST LT LSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2870476
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 454910
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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