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- EMDB-26398: Rabies virus glycoprotein trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26398
タイトルRabies virus glycoprotein trimer
マップデータRABVG pre-fusion trimer with no interacting fusion loops
試料
  • 複合体: Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutralizing antibody RVA122
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: RVA122 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RVA122 Fab Heavy Chain
キーワードRabies virus glycoprotein / antibodies / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Rabies virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.92 Å
データ登録者Callaway HM / Zyla D / Larrous F / Dias de Melo G / Hastie KM / Avalos RD / Agarwal A / Bouhry H / Corti D / Saphire EO
資金援助 米国, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5F32AI147531-03 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI07244-36 米国
Swiss National Science FoundationP2EZP3_195680 スイス
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure of the rabies virus glycoprotein trimer bound to a prefusion-specific neutralizing antibody.
著者: Heather M Callaway / Dawid Zyla / Florence Larrous / Guilherme Dias de Melo / Kathryn M Hastie / Ruben Diaz Avalos / Alyssa Agarwal / Davide Corti / Hervé Bourhy / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Rabies infection is nearly 100% lethal if untreated and kills more than 50,000 people annually, many of them children. Existing rabies vaccines target the rabies virus glycoprotein (RABV-G) but ...Rabies infection is nearly 100% lethal if untreated and kills more than 50,000 people annually, many of them children. Existing rabies vaccines target the rabies virus glycoprotein (RABV-G) but generate short-lived immune responses, likely because the protein is heterogeneous under physiological conditions. Here, we report the 3.39 Å cryo-electron microscopy structure of trimeric, prefusion RABV-G complexed with RVA122, a potently neutralizing human antibody. RVA122 binds to a quaternary epitope at the top of RABV-G, bridging domains and stabilizing RABV-G protomers in a prefusion state. RABV-G trimerization involves side-to-side interactions between the central α helix and adjacent loops, rather than contacts between central helices, and interactions among the fusion loops at the glycoprotein base. These results provide a basis from which to develop improved rabies vaccines based on RABV-G stabilized in the prefusion conformation.
履歴
登録2022年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26398.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RABVG pre-fusion trimer with no interacting fusion loops
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.67636 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.0603725 - 2.2158403
平均 (標準偏差)-0.0055611404 (±0.144224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ110110110
Spacing110110110
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Map Half 1

ファイルemd_26398_half_map_1.map
注釈Map Half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hap Half 2

ファイルemd_26398_half_map_2.map
注釈Hap Half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutr...

全体名称: Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutralizing antibody RVA122
要素
  • 複合体: Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutralizing antibody RVA122
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: RVA122 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RVA122 Fab Heavy Chain

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超分子 #1: Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutr...

超分子名称: Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutralizing antibody RVA122
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Reconstruction with no interacting fusion loops

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分子 #1: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabies virus (ウイルス) / 株: PV
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVPQALLFVP LLVFPLCFGK FPIYTIPDKL GPWSPIDIHH LSCPNNLVVE DEGCTNLSGF SYMELKVGYI SAIKMNGFTC TGVVTEAET YTNFVGYVTT TFKRKHFRPT PDACRAAYNW KMAGDPRYEE SLHNPYPDYH WLRTVKTTKE SLVIISPSVA D LDPYDRSL ...文字列:
MVPQALLFVP LLVFPLCFGK FPIYTIPDKL GPWSPIDIHH LSCPNNLVVE DEGCTNLSGF SYMELKVGYI SAIKMNGFTC TGVVTEAET YTNFVGYVTT TFKRKHFRPT PDACRAAYNW KMAGDPRYEE SLHNPYPDYH WLRTVKTTKE SLVIISPSVA D LDPYDRSL HSRVFPGGNC SGVAVSSTYC STNHDYTIWM PENPRLGMSC DIFTNSRGKR ASKGSETCGF VDERGLYKSL KG ACKLKLC GVLGLRLMDG TWVAMQTSNE TKWCPPGQLV NLHDFRSDEI EHLVVEELVK KREECLDALE SIMTTKSVSF RRL SHLRKL VPGFGKAYTI FNKTLMEADA HYKSVRTWNE IIPSKGCLRV GGRCHPHVNG VFFNGIILGP DGNVLIPEMQ SSLL QQHME LLVSSVIPLM HPLADPSTVF KNGDEAEDFV EVHL

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分子 #2: RVA122 Fab Light Chain

分子名称: RVA122 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QSVLTQSPSA SDTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNYVYWYQQF PGTAPKLLIY KSDKRPSGVP DRFSGSTSGT SASLAISGLR SEDEADYYC AAWDNRLSGW LFGGGTKLTV LGTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
QSVLTQSPSA SDTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNYVYWYQQF PGTAPKLLIY KSDKRPSGVP DRFSGSTSGT SASLAISGLR SEDEADYYC AAWDNRLSGW LFGGGTKLTV LGTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLRSPV TKSFNRGEC

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分子 #3: RVA122 Fab Heavy Chain

分子名称: RVA122 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSMN NFYWGWIRQP AGKGLEWIGY IYYSGTTNYN PSLKSRVTIS IDTSKNQFSL KVNSVTAAD TAVYYCARDS GDYVSYYYYG MDVWGPGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGDSMN NFYWGWIRQP AGKGLEWIGY IYYSGTTNYN PSLKSRVTIS IDTSKNQFSL KVNSVTAAD TAVYYCARDS GDYVSYYYYG MDVWGPGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDL EVDDDDKAGW SH PQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
80.0 g/LNaClSodium chloride
0.2 g/LKClPotassium chloride
1.44 g/LNa2HPO4Sodium phosphate dibasic
0.24 g/LKH2PO4Potassium phosphate monobasic
0.03 mMLauryl Maltose Neopentyl Glycol

詳細: PBS pH 7.4 with 0.03mM LMNG
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 26.74 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 103739
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 10144
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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