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万見
- EMDB-26392: SAAV pH 5.5 capsid structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26392
タイトルSAAV pH 5.5 capsid structure
マップデータ
試料
  • ウイルス: Snake adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードCapsid / AAV / gene therapy / receptor / endosomal trafficking / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Snake adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Mietzsch M / McKenna R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Characterization of the Serpentine Adeno-Associated Virus (SAAV) Capsid Structure: Receptor Interactions and Antigenicity.
著者: Mario Mietzsch / Joshua A Hull / Victoria E Makal / Alberto Jimenez Ybargollin / Jennifer C Yu / Kedrick McKissock / Antonette Bennett / Judit Penzes / Bridget Lins-Austin / Qian Yu / Paul ...著者: Mario Mietzsch / Joshua A Hull / Victoria E Makal / Alberto Jimenez Ybargollin / Jennifer C Yu / Kedrick McKissock / Antonette Bennett / Judit Penzes / Bridget Lins-Austin / Qian Yu / Paul Chipman / Nilakshee Bhattacharya / Duncan Sousa / David Strugatsky / Peter Tijssen / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) are being developed as clinical gene therapy vectors. One issue undermining their broad use in the clinical setting is the high prevalence of circulating antibodies in ...Adeno-associated viruses (AAVs) are being developed as clinical gene therapy vectors. One issue undermining their broad use in the clinical setting is the high prevalence of circulating antibodies in the general population capable of neutralizing AAV vectors. Hence, there is a need for AAV vectors that can evade the preexisting immune response. One possible source of human naive vectors are AAVs that do not disseminate in the primate population, and one such example is serpentine AAV (SAAV). This study characterizes the structural and biophysical properties of the SAAV capsid and its receptor interactions and antigenicity. Single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) and thermal stability studies were conducted to characterize the SAAV capsid structure at pH 7.4, 6.0, 5.5, and 4.0, conditions experienced during cellular trafficking. Cell binding assays using Chinese hamster ovary (CHO) cell lines identified terminal sialic acid as the primary attachment receptor for SAAV similar to AAV1, 4, 5, and 6. The binding site of sialic acid to the SAAV capsid was mapped near the 2-fold axis toward the 2/5-fold wall, in a different location than AAV1, 4, 5, and 6. Towards determining the SAAV capsid antigenicity native immunodot blots showed that SAAV evades AAV serotype-specific mouse monoclonal antibodies. However, despite its reptilian origin, it was recognized by ~25% of 50 human sera tested, likely due to the presence of cross-reactive antibodies. These findings will inform future gene delivery applications using SAAV-based vectors and further aid the structural characterization and annotation of the repertoire of available AAV capsids. AAVs are widely studied therapeutic gene delivery vectors. However, preexisting antibodies and their detrimental effect on therapeutic efficacy are a primary challenge encountered during clinical trials. In order to circumvent preexisting neutralizing antibodies targeting mammalian AAV capsids, serpentine AAV (SAAV) was evaluated as a potential alternative to existing mammalian therapeutic vectors. The SAAV capsid was found to be thermostable at a wide range of environmental pH conditions, and its structure showed conservation of the core capsid topology but displays high structural variability on the surface. At the same time, it binds to a common receptor, sialic acid, that is also utilized by other AAVs already being utilized in gene therapy trials. Contrary to the initial hypothesis, SAAV capsids were recognized by one in four human sera tested, pointing to conserved amino acids around the 5-fold region as epitopes for cross-reacting antibodies.
履歴
登録2022年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26392.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.4 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.4 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.086 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-9.399559999999999 - 17.562270000000002
平均 (標準偏差)-0.00000000009935 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 434.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26392_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26392_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Snake adeno-associated virus

全体名称: Snake adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Snake adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Snake adeno-associated virus

超分子名称: Snake adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 252602 / 生物種: Snake adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Snake adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 57.217203 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GDWHCDTKWM GDHVITKSTR TWVLPTYGNH LYGPINFDGT TGSGANAAYA GYKTPWGYFD FNRFHCHFSP RDWQRLINNH TGIRPKGLK IKVFNVQVKE VTTQDSTKTI ANNLTSTVQI FADENYDLPY VLGSATQGTF PPFPNDVFML PQYAYCTLQG N SGKFVDRS ...文字列:
GDWHCDTKWM GDHVITKSTR TWVLPTYGNH LYGPINFDGT TGSGANAAYA GYKTPWGYFD FNRFHCHFSP RDWQRLINNH TGIRPKGLK IKVFNVQVKE VTTQDSTKTI ANNLTSTVQI FADENYDLPY VLGSATQGTF PPFPNDVFML PQYAYCTLQG N SGKFVDRS AFYCLEYFPS QMLRTGNNFE FQFKFEEVPF HSGWAQSQSL DRLMNPLLDQ YLIGDYGTDA SGNLIYHRAG PN DLNEFYK NWAPAPYECI QNINSSDNTK NANSINGSNS TNKWGLQGRQ AWDAPGFVQA STYEGAAAGQ SLLNGVLTFD KSS ATTSSP AATAVNRTIE DEIQGTNNFG NARNNIVAIN QQTKGTNPTT GSTSQFETMP GMVWSNRDIY LQGPIWAKIP NTDG HFHPS PRMGGFGLKH PPPMILIKNT PVPADPPTTF NPMPQTSFIT EYSTGQVTVE MLWEVQKESS KRWNPEVQFT SNFGT SDPA VDGIPFGINN LGTYVESRPI GTRYISKHL

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 402005
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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