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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | J08 fragment antigen binding in complex with Omicron SARS-CoV-2-6P S protein | |||||||||
![]() | Full map | |||||||||
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![]() | COVID / SARS / CoV-2 / viral glycoprotein / Spike / stabilizing mutations / coronavirus / ultrapotent antibody / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
![]() | Ozorowski G / Torres JL / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights of a highly potent pan-neutralizing SARS-CoV-2 human monoclonal antibody. 著者: Jonathan L Torres / Gabriel Ozorowski / Emanuele Andreano / Hejun Liu / Jeffrey Copps / Giulia Piccini / Lorena Donnici / Matteo Conti / Cyril Planchais / Delphine Planas / Noemi Manganaro / ...著者: Jonathan L Torres / Gabriel Ozorowski / Emanuele Andreano / Hejun Liu / Jeffrey Copps / Giulia Piccini / Lorena Donnici / Matteo Conti / Cyril Planchais / Delphine Planas / Noemi Manganaro / Elisa Pantano / Ida Paciello / Piero Pileri / Timothée Bruel / Emanuele Montomoli / Hugo Mouquet / Olivier Schwartz / Claudia Sala / Raffaele De Francesco / Ian A Wilson / Rino Rappuoli / Andrew B Ward / ![]() ![]() ![]() 要旨: As the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic continues, there is a strong need for highly potent monoclonal antibodies (mAbs) that are resistant against severe acute respiratory syndrome ...As the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic continues, there is a strong need for highly potent monoclonal antibodies (mAbs) that are resistant against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VoCs). Here, we evaluate the potency of the previously described mAb J08 against these variants using cell-based assays and delve into the molecular details of the binding interaction using cryoelectron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography. We show that mAb J08 has low nanomolar affinity against most VoCs and binds high on the receptor binding domain (RBD) ridge, away from many VoC mutations. These findings further validate the phase II/III human clinical trial underway using mAb J08 as a monoclonal therapy. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 171.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 171.2 MB 171.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_26389_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_26389_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : J08 fragment antigen binding in complex with Omicron SARS-CoV-2-6...
全体 | 名称: J08 fragment antigen binding in complex with Omicron SARS-CoV-2-6P S protein |
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要素 |
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-超分子 #1: J08 fragment antigen binding in complex with Omicron SARS-CoV-2-6...
超分子 | 名称: J08 fragment antigen binding in complex with Omicron SARS-CoV-2-6P S protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Omicron SARS-CoV-2-6P S protein
分子 | 名称: Omicron SARS-CoV-2-6P S protein / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASIEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASIEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN FKNLREFVFK NIDGYFKIYS KHTPILVREP EDLPQGFSAL EPLVDLPIGI NITRFQTLLA LHRSYLTPGD SSSGWTAGAA AYYVGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLCPFDEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNLAP FFTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGNIADYNY KLPDDFTGCV IAWNSNKLDS KVSGNYNYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGNKPCNGV AGFNCYFPLR SYSFRPTYGV GHQPYRVVVL SFELLHAPAT VCGPKKSTNL VKNKCVNFNF NGLKGTGVLT ESNKKFLPFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGSNVF QTRAGCLIGA EYVNNSYECD IPIGAGICAS YQTQTKSHGS ASSVASQSII AYTMSLGAEN SVAYSNNSIA IPTNFTISVT TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL KRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFKGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGPA LQIPFPMQMA YRFNGIGVTQ NVLYENQKLI ANQFNSAIGK IQDSLSSTPS ALGKLQDVVN HNAQALNTLV KQLSSKFGAI SSVLNDIFSR LDPPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QSAPHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GNCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDLGDISGIN ASVVNIQKEI DRLNEVAKNL NESLIDLQEL GKYEQGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGRSLEV LFQGPGSAWS HPQFEKGGGS GGGGSGGSAW SHPQFEK |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #2: J08 fragment antigen binding heavy chain variable domain
分子 | 名称: J08 fragment antigen binding heavy chain variable domain タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYTISWVRQA PGQGLEWMGR IIPILDRVMY AQKFQGRVTI TADKSTSTAY MELSSLRSED TAVYYCARRA IDSDTYVEQS HFDYWGQGTL VTVSSAS |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #3: J08 fragment antigen binding light chain variable domain
分子 | 名称: J08 fragment antigen binding light chain variable domain タイプ: other / ID: 3 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EIVMTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPSLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ PLTFGGGTKV EIKRT |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 240000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |