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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26383 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the core human NADPH oxidase NOX2 | |||||||||
マップデータ | Sharpened EM map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 smooth muscle hypertrophy / cellular response to L-glutamine / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / positive regulation of defense response to bacterium / mucus secretion / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / perinuclear endoplasmic reticulum / cytochrome complex assembly ...smooth muscle hypertrophy / cellular response to L-glutamine / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / positive regulation of defense response to bacterium / mucus secretion / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / perinuclear endoplasmic reticulum / cytochrome complex assembly / NADPH oxidase complex / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / ROS and RNS production in phagocytes / cellular response to ethanol / 酸化還元酵素 / superoxide anion generation / response to angiotensin / hydrogen peroxide biosynthetic process / positive regulation of mucus secretion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic ion channel complex / response to aldosterone / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / tertiary granule membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / monoatomic ion transmembrane transport / RAC1 GTPase cycle / cellular response to cadmium ion / bioluminescence / response to nutrient / secretory granule / generation of precursor metabolites and energy / establishment of localization in cell / defense response / VEGFA-VEGFR2 Pathway / SH3 domain binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / nuclear envelope / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / endosome / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / neuronal cell body / dendrite / heme binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Noreng S / Ota N / Sun Y / Masureel M / Payandeh J / Yi T / Koerber JT | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of the core human NADPH oxidase NOX2. 著者: Sigrid Noreng / Naruhisa Ota / Yonglian Sun / Hoangdung Ho / Matthew Johnson / Christopher P Arthur / Kellen Schneider / Isabelle Lehoux / Christopher W Davies / Kyle Mortara / Kit Wong / ...著者: Sigrid Noreng / Naruhisa Ota / Yonglian Sun / Hoangdung Ho / Matthew Johnson / Christopher P Arthur / Kellen Schneider / Isabelle Lehoux / Christopher W Davies / Kyle Mortara / Kit Wong / Dhaya Seshasayee / Matthieu Masureel / Jian Payandeh / Tangsheng Yi / James T Koerber / 要旨: NOX2 is the prototypical member of the NADPH oxidase NOX superfamily and produces superoxide (O), a key reactive oxygen species (ROS) that is essential in innate and adaptive immunity. Mutations that ...NOX2 is the prototypical member of the NADPH oxidase NOX superfamily and produces superoxide (O), a key reactive oxygen species (ROS) that is essential in innate and adaptive immunity. Mutations that lead to deficiency in NOX2 activity correlate with increased susceptibility to bacterial and fungal infections, resulting in chronic granulomatous disease. The core of NOX2 is formed by a heterodimeric transmembrane complex composed of NOX2 (formerly gp91) and p22, but a detailed description of its structural architecture is lacking. Here, we present the structure of the human NOX2 core complex bound to a selective anti-NOX2 antibody fragment. The core complex reveals an intricate extracellular topology of NOX2, a four-transmembrane fold of the p22 subunit, and an extensive transmembrane interface which provides insights into NOX2 assembly and activation. Functional assays uncover an inhibitory activity of the 7G5 antibody mediated by internalization-dependent and internalization-independent mechanisms. Overall, our results provide insights into the NOX2 core complex architecture, disease-causing mutations, and potential avenues for selective NOX2 pharmacological modulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26383.map.gz | 204 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26383-v30.xml emd-26383.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26383.png | 210.6 KB | ||
その他 | emd_26383_additional_1.map.gz emd_26383_half_map_1.map.gz emd_26383_half_map_2.map.gz | 107.7 MB 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26383 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26383 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26383_validation.pdf.gz | 847.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26383_full_validation.pdf.gz | 847.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26383_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26383_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26383 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26383 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u8gMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened EM map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.731 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened EM map
ファイル | emd_26383_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_26383_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_26383_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NOX2 core - Fab 7G5 complex
全体 | 名称: NOX2 core - Fab 7G5 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: NOX2 core - Fab 7G5 complex
超分子 | 名称: NOX2 core - Fab 7G5 complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: EGFP, Cytochrome b-245 heavy chain chimera
分子 | 名称: EGFP, Cytochrome b-245 heavy chain chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 97.669766 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSGMVSKGE ELFTGVVPIL VELDGDVNGH KFSVSGEGEG DATYGKLTLK FICTTGKLP VPWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMPEGYVQ ERTIFFKDDG NYKTRAEVKF EGDTLVNRIE L KGIDFKED ...文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSGMVSKGE ELFTGVVPIL VELDGDVNGH KFSVSGEGEG DATYGKLTLK FICTTGKLP VPWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMPEGYVQ ERTIFFKDDG NYKTRAEVKF EGDTLVNRIE L KGIDFKED GNILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV NFKIRHNIED GSVQLADHYQ QNTPIGDGPV LLPDNHYLST QS ALSKDPN EKRDHMVLLE FVTAAGITLG MDELYKGSGE NLYFQGGSGL VPRGSGSGGN WAVNEGLSIF VILVWLGLNV FLF VWYYRV YDIPPKFFYT RKLLGSALAL ARAPAACLNF NCMLILLPVC RNLLSFLRGS SACCSTRVRR QLDRNLTFHK MVAW MIALH SAIHTIAHLF NVEWCVNARV NNSDPYSVAL SELGDRQNES YLNFARKRIK NPEGGLYLAV TLLAGITGVV ITLCL ILII TSSTKTIRRS YFEVFWYTHH LFVIFFIGLA IHGAERIVRG QTAESLAVHN ITVCEQKISE WGKIKECPIP QFAGNP PMT WKWIVGPMFL YLCERLVRFW RSQQKVVITK VVTHPFKTIE LQMKKKGFKM EVGQYIFVKC PKVSKLEWHP FTLTSAP EE DFFSIHIRIV GDWTEGLFNA CGCDKQEFQD AWKLPKIAVD GPFGTASEDV FSYEVVMLVG AGIGVTPFAS ILKSVWYK Y CNNATNLKLK KIYFYWLCRD THAFEWFADL LQLLESQMQE RNNAGFLSYN IYLTGWDESQ ANHFAVHHDE EKDVITGLK QKTLYGRPNW DNEFKTIASQ HPNTRIGVFL CGPEALAETL SKQSISNSES GPRGVHFIFN KENF |
-分子 #2: Cytochrome b-245 light chain
分子 | 名称: Cytochrome b-245 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.033451 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGQIEWAMWA NEQALASGLI LITGGIVATA GRFTQWYFGA YSIVAGVFVC LLEYPRGKRK KGSTMERWGQ KYMTAVVKLF GPFTRNYYV RAVLHLLLSV PAGFLLATIL GTACLAIASG IYLLAAVRGE QWTPIEPKPR ERPQIGGTIK QPPSNPPPRP P AEARKKPS ...文字列: MGQIEWAMWA NEQALASGLI LITGGIVATA GRFTQWYFGA YSIVAGVFVC LLEYPRGKRK KGSTMERWGQ KYMTAVVKLF GPFTRNYYV RAVLHLLLSV PAGFLLATIL GTACLAIASG IYLLAAVRGE QWTPIEPKPR ERPQIGGTIK QPPSNPPPRP P AEARKKPS EEEAAVAAGG PPGGPQVNPI PVTDEVV |
-分子 #3: 7G5 - heavy chain
分子 | 名称: 7G5 - heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 23.599393 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
配列 | 文字列: QSLEESGGDL VKPGASLTLT CTASGIDFSG YHYMCWVRQA PGKGLEWIGC THSGDGTTYY ARWAKGRFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAAD TATYFCARRY VFSGGYSGLD SWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: QSLEESGGDL VKPGASLTLT CTASGIDFSG YHYMCWVRQA PGKGLEWIGC THSGDGTTYY ARWAKGRFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAAD TATYFCARRY VFSGGYSGLD SWGPGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCD |
-分子 #4: 7G5 - light chain
分子 | 名称: 7G5 - light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 23.521154 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
配列 | 文字列: ALVMTQTPSS VSAAVRGTVT IKCQASENIY SNLAWYQQKP GQPPKLLIYG ASKLASGVPS RFKGSGSGTD YTLTIRDLEA ADAATYYCQ QFYDSLNTDN AFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列: ALVMTQTPSS VSAAVRGTVT IKCQASENIY SNLAWYQQKP GQPPKLLIYG ASKLASGVPS RFKGSGSGTD YTLTIRDLEA ADAATYYCQ QFYDSLNTDN AFGGGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC |
-分子 #5: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #7: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 0.03% DDM, 150 mM NaCl, 20 mM Tris |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Solarus plasma cleaner (Gatan) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: AlphaFold2 models. Uniprot P04839 - gp91 Uniprot P13498 - p22 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70486 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Ab initio in cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |