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- EMDB-26378: Cryo-EM structure of PDF-2180 Spike glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26378
タイトルCryo-EM structure of PDF-2180 Spike glycoprotein
マップデータSharpen map
試料
  • ウイルス: PREDICT/PDF-2180 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: PDF-2180 Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードBat coronavirus / Coronavirus / PDF-2180 / spike glycoprotein / VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bat coronavirus (ウイルス) / PREDICT/PDF-2180 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tortorici MA / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Close relatives of MERS-CoV in bats use ACE2 as their functional receptors.
著者: Qing Xiong / Lei Cao / Chengbao Ma / M Alejandra Tortorici / Chen Liu / Junyu Si / Peng Liu / Mengxue Gu / Alexandra C Walls / Chunli Wang / Lulu Shi / Fei Tong / Meiling Huang / Jing Li / ...著者: Qing Xiong / Lei Cao / Chengbao Ma / M Alejandra Tortorici / Chen Liu / Junyu Si / Peng Liu / Mengxue Gu / Alexandra C Walls / Chunli Wang / Lulu Shi / Fei Tong / Meiling Huang / Jing Li / Chufeng Zhao / Chao Shen / Yu Chen / Huabin Zhao / Ke Lan / Davide Corti / David Veesler / Xiangxi Wang / Huan Yan /
要旨: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) and several bat coronaviruses use dipeptidyl peptidase-4 (DPP4) as an entry receptor. However, the receptor for NeoCoV-the closest known MERS- ...Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) and several bat coronaviruses use dipeptidyl peptidase-4 (DPP4) as an entry receptor. However, the receptor for NeoCoV-the closest known MERS-CoV relative found in bats-remains unclear. Here, using a pseudotype virus entry assay, we found that NeoCoV and its close relative, PDF-2180, can efficiently bind to and use specific bat angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) orthologues and, less favourably, human ACE2 as entry receptors through their receptor-binding domains (RBDs) on the spike (S) proteins. Cryo-electron microscopy analysis revealed an RBD-ACE2 binding interface involving protein-glycan interactions, distinct from those of other known ACE2-using coronaviruses. We identified residues 337-342 of human ACE2 as a molecular determinant restricting NeoCoV entry, whereas a NeoCoV S pseudotyped virus containing a T510F RBD mutation efficiently entered cells expressing human ACE2. Although polyclonal SARS-CoV-2 antibodies or MERS-CoV RBD-specific nanobodies did not cross-neutralize NeoCoV or PDF-2180, an ACE2-specific antibody and two broadly neutralizing betacoronavirus antibodies efficiently inhibited these two pseudotyped viruses. We describe MERS-CoV-related viruses that use ACE2 as an entry receptor, underscoring a promiscuity of receptor use and a potential zoonotic threat.
履歴
登録2022年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpen map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.5
最小 - 最大-5.0109167 - 8.746828000000001
平均 (標準偏差)0.0014133997 (±0.19110686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_26378_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B map

ファイルemd_26378_half_map_1.map
注釈Half_B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half A map

ファイルemd_26378_half_map_2.map
注釈Half_A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PREDICT/PDF-2180

全体名称: PREDICT/PDF-2180 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: PREDICT/PDF-2180 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: PDF-2180 Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: PREDICT/PDF-2180

超分子名称: PREDICT/PDF-2180 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 2042537 / 生物種: PREDICT/PDF-2180 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Pipistrellus cf. hesperidus

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分子 #1: PDF-2180 Spike glycoprotein

分子名称: PDF-2180 Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bat coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 147.475578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTYSVSLLMC LLTFIGANAK IVSIPGGVGT GACPQVDMQP SYFIKHNWPE PIDMNKADGV IYPNGRTYSN ITLQTTNLFP RNGDLGTQY VYSASNEKSR TSNVAFISNY SYYGNPFGDG IVIRIGQNSN KTGSVIVGTA QTTIKKIYPA LMLGSSFGNF S VNNKSGAY ...文字列:
MTYSVSLLMC LLTFIGANAK IVSIPGGVGT GACPQVDMQP SYFIKHNWPE PIDMNKADGV IYPNGRTYSN ITLQTTNLFP RNGDLGTQY VYSASNEKSR TSNVAFISNY SYYGNPFGDG IVIRIGQNSN KTGSVIVGTA QTTIKKIYPA LMLGSSFGNF S VNNKSGAY FNHTLLILPS KCGTVFQVAY CLLQPRTDSY CPGNANYVSY ALIDSPTDCT SADESKRRNG LEDIKKYFNL VN CTYFEEF NVTADERAEW FGITQDSQGV HLYTSRKNGF NSNNLFLFAS VPIYDKINYY TVIPRSIITP ANQRSAWAAF YVY PLHQLS YLLNFDVNGY ITQAADCGYN DYTQLVCSYG DFNMKSGVYS TSYYSAKPVG AYYEAHVYPD CNFTDLFREN APTI MQYKR QVFTRCNYNL TLLLSLVQVD EFVCDKITPE ALATGCYSSL TVDWFAFPYA WKSYLAIGSA DRIVRFNYNQ DYSNP SCRI HSKVNSSVGI SYSGLYSYIT NCNYGGFNKD DVVKPGGRAS QPCVTGALNS PTNGQVWSFN FGGVPYRTSR LTYTDH LKN PLDMVYVITV KYEPGAETVC PKQVRPDYST NITGLLGSCI SYDIYGITGT GVFQLCNATG IPQQKFVYDK FDNIIGF HS DDGNYYCVAP CVSVPVSVIY DDNTNQYATL FGSVACQHIS TMAAQFSRET RASLVSRNMQ NLLQTSVGCV MGFHETND T VEDCNLSLGQ SLCAIPPNTN LRVGRSTFGL GSLAYNSPLR VDALNSSEFK VSLPLNFTFG VTQEYIETSI QKITVDCKQ YVCNGFAKCE KLLEQYGQFC SKINQALHGA NLRQDDFVRN LFESVKTPQT VPLTTGFGGE FNLTLLEPLS VSTGSSNARS ALEELLFDK VTIADPGYMQ GYDDCMQQGP ASARDLICAQ YVAGYKVLPP LMDVNMEAAY TSSLLGSIAG AGWTAGLSSF A AIPFAQSI FYRLNGVGIT QQVLSENQKI IANKFNQALG AMQTGFTTTN EAFQKVQDAV NTNAQALAKL ASELSNTFGA IS SSIGDII QRLDVLEQEV QIDRLINGRL TTLNAFVAQQ LVRSESAARS AQLAKDKVNE CVKSQSTRSG FCGQGTHIVS FVI NAPNGL YFMHVGYHPS QHIEVVAAYG LCDAANPTNC IAPVNGYFIK NQTTRGVDDW SYTGSSFYAP EPITTLNTRY VAPQ VTFQN ISTNLPPPLL GNSTGTDFKD ELDEFFKNVS TSIPNFGALT QINTTLLDLS DEMLALQQVV KALNESYIDL KELGN YTYY NKGSGRENLY FQGGGGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGHHHHH HHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 39 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
糖包埋材質: Tris buffer saline
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5w9j

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47094
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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