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万見
- EMDB-26377: Glutamine Synthetase Type III from Ostreococcus tauri -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26377
タイトルGlutamine Synthetase Type III from Ostreococcus tauri
マップデータ
試料
  • 細胞: A hexamer complex of eukaryotic glutamine synthetase type III
    • タンパク質・ペプチド: Glutamine synthetase
キーワードhexamer / glutamine / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine synthetase activity
類似検索 - 分子機能
Glutamine synthetase type III N-terminal / Glutamine synthetase, C-terminal / : / Glutamine synthetase type III N terminal / Glutamine synthetase C-terminal domain / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain ...Glutamine synthetase type III N-terminal / Glutamine synthetase, C-terminal / : / Glutamine synthetase type III N terminal / Glutamine synthetase C-terminal domain / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamine synthetase type III N terminal-domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Novikova IV / Powell SM / Evans JE
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)66382 米国
Department of Energy (DOE, United States)74915 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Eukaryotic Glutamine Synthetase Type III Assembles as a Hexamer and Lacks Ring-Ring Quaternary Contacts.
著者: Novikova IV / Powell SM / Smallwood CR / Purvine SO / Zhou M / Evans JE
履歴
登録2022年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26377.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 260.36 Å		1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 260.36 Å		1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 260.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3018 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.2936503 - 0.8454168
平均 (標準偏差)0.00081033155 (±0.037334155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 260.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26377_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26377_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A hexamer complex of eukaryotic glutamine synthetase type III

全体名称: A hexamer complex of eukaryotic glutamine synthetase type III
要素
  • 細胞: A hexamer complex of eukaryotic glutamine synthetase type III
    • タンパク質・ペプチド: Glutamine synthetase

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超分子 #1: A hexamer complex of eukaryotic glutamine synthetase type III

超分子名称: A hexamer complex of eukaryotic glutamine synthetase type III
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)

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分子 #1: Glutamine synthetase

分子名称: Glutamine synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamine synthetase
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 80.09807 KDa
組換発現生物種: Triticum aestivum (コムギ)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLALSMSS GPATTEGFGS ACFKGAVADK YLSKYGESST LLANGKWTKD MAKADIVAKA VLDWAVENG ASVYCHWFQP MGSSGVRHGN SGQVHQSMFN FAEDGTPYYS FTGEQLLQGE TDGSSFPNGG MRATHTAGGY L SIDPYSPI ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLALSMSS GPATTEGFGS ACFKGAVADK YLSKYGESST LLANGKWTKD MAKADIVAKA VLDWAVENG ASVYCHWFQP MGSSGVRHGN SGQVHQSMFN FAEDGTPYYS FTGEQLLQGE TDGSSFPNGG MRATHTAGGY L SIDPYSPI FLREDTVFIP AAFVSYNGDA LDEKTPLHRA TDALDKQTKR MLKAMKYDVG SASVYANIGL EQEIFLTPRH AF YRRPDLQ FTGRTITGKF PARGQEMSDH YMAPISRATG AFECMRQIQQ ECFKMGIPLK TRHREVAPNQ YEFAPMFGNA ISQ VDQNLM IMQVIEEVAS EHGLAALLQE KPFAGVNGSG KHNNWSIGTS DGLNLMNPKQ VNAKTGNPEI FPLVMAAMVS AVDK HGDLM RAAIASPGND FRLGAMEAPP AVMSTYLGPS LTEFLNTVKN GSLGEYAPKK KPLEFGSDTL PSIEVPAEDR NRTSP FPYG GNRFEFRAAG SSQNVSLVNT VLNTIAAEAF KIVADRLEAG EKPLAIAQDL LKTHDKCIFN GNGYDPAWPD EAVKRG IWR IDAGCDAINE LDSAKNVTLF EGMGIFTARE IQARKSVLLG HYVGSVEMEA LTMIDMINQH VIPSVKKADL GNPSKLV DA VKTIKGAVAQ IHGTEDEHKA ATLARTLRLT TMVAIREIID EFESRCPPED WTLATYSELL FFDTYPESEY GCGGGGSH H HHHHHHHH

UniProtKB: Glutamine synthetase type III N terminal-domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270133
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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