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万見
- EMDB-2635: Electron microscopy of human transcriptional Mediator -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2635
タイトルElectron microscopy of human transcriptional Mediator
マップデータNegative-stained reconstruction of human transcriptional Mediator
試料
  • 試料: human transcriptional Mediator
  • タンパク質・ペプチド: human transcriptional Mediator
キーワードhuman / transcription / Mediator / Med26 / RNAPII / MED
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Tsai KT / Tomomori-Sato C / Sato S / Conaway RC / Conaway JW / Asturias FJ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Subunit architecture and functional modular rearrangements of the transcriptional mediator complex.
著者: Kuang-Lei Tsai / Chieri Tomomori-Sato / Shigeo Sato / Ronald C Conaway / Joan W Conaway / Francisco J Asturias /
要旨: The multisubunit Mediator, comprising ∼30 distinct proteins, plays an essential role in gene expression regulation by acting as a bridge between DNA-binding transcription factors and the RNA ...The multisubunit Mediator, comprising ∼30 distinct proteins, plays an essential role in gene expression regulation by acting as a bridge between DNA-binding transcription factors and the RNA polymerase II (RNAPII) transcription machinery. Efforts to uncover the Mediator mechanism have been hindered by a poor understanding of its structure, subunit organization, and conformational rearrangements. By overcoming biochemical and image analysis hurdles, we obtained accurate EM structures of yeast and human Mediators. Subunit localization experiments, docking of partial X-ray structures, and biochemical analyses resulted in comprehensive mapping of yeast Mediator subunits and a complete reinterpretation of our previous Mediator organization model. Large-scale Mediator rearrangements depend on changes at the interfaces between previously described Mediator modules, which appear to be facilitated by factors conducive to transcription initiation. Conservation across eukaryotes of Mediator structure, subunit organization, and RNA polymerase II interaction suggest conservation of fundamental aspects of the Mediator mechanism.
履歴
登録2014年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年5月28日-
マップ公開2014年5月28日-
更新2014年6月18日-
現状2014年6月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2635_hME...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2635.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-stained reconstruction of human transcriptional Mediator
ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報111
CCP4マップ ヘッダ情報111
EM Navigator ムービー #14.24.24.2
密度
表面レベルBy EMDB: 0.03 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.02535142 - 0.09886546
平均 (標準偏差)0.00069716 (±0.00628022)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ126126126
Spacing126126126
セルA=B=C: 126.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z126126126
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z126.000126.000126.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS126126126
D min/max/mean-0.0250.0990.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human transcriptional Mediator

全体名称: human transcriptional Mediator
要素
  • 試料: human transcriptional Mediator
  • タンパク質・ペプチド: human transcriptional Mediator

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超分子 #1000: human transcriptional Mediator

超分子名称: human transcriptional Mediator / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: human transcriptional Mediator

分子名称: human transcriptional Mediator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: hMED / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa-S3 / 別称: Human
分子量理論値: 1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 0.75% w/v uranyl formate for 30 seconds
グリッド詳細: 400 mesh gold grid with thin carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2013年6月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2/SPARX / 使用した粒子像数: 2025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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