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万見
- EMDB-26347: Human CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase in a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26347
タイトルHuman CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state
マップデータ
試料
  • 複合体: CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase and ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit PRIM2DNAプライマーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit POLA1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha B subunit POLA2
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit Ctc1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit Stn1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit Ten1
    • DNA: Telomeric G-strand ssDNA (3 repeats)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Cai SW / Zinder JC / Svetlov V / Bush MW / Nudler E / Walz T / de Lange T
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5 R35 CA210036 米国
Breast Cancer Research FoundationBCRF-19-036 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the human CST-Polα/primase complex in a recruitment state.
著者: Sarah W Cai / John C Zinder / Vladimir Svetlov / Martin W Bush / Evgeny Nudler / Thomas Walz / Titia de Lange /
要旨: The CST-Polα/primase complex is essential for telomere maintenance and functions to counteract resection at double-strand breaks. We report a 4.6-Å resolution cryo-EM structure of human CST- ...The CST-Polα/primase complex is essential for telomere maintenance and functions to counteract resection at double-strand breaks. We report a 4.6-Å resolution cryo-EM structure of human CST-Polα/primase, captured prior to catalysis in a recruitment state stabilized by chemical cross-linking. Our structure reveals an evolutionarily conserved interaction between the C-terminal domain of the catalytic POLA1 subunit and an N-terminal expansion in metazoan CTC1. Cross-linking mass spectrometry and negative-stain EM analysis provide insight into CST binding by the flexible POLA1 N-terminus. Finally, Coats plus syndrome disease mutations previously characterized to disrupt formation of the CST-Polα/primase complex map to protein-protein interfaces observed in the recruitment state. Together, our results shed light on the architecture and stoichiometry of the metazoan fill-in machinery.
履歴
登録2022年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.049375683 - 0.08862725
平均 (標準偏差)0.0005345795 (±0.005753771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26347_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26347_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase and ssDNA

全体名称: CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase and ssDNA
要素
  • 複合体: CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase and ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit PRIM2DNAプライマーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit POLA1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha B subunit POLA2
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit Ctc1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit Stn1
    • タンパク質・ペプチド: CST complex subunit Ten1
    • DNA: Telomeric G-strand ssDNA (3 repeats)

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超分子 #1: CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase and ssDNA

超分子名称: CST bound to full-length DNA polymerase alpha-primase and ssDNA
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: GraFix cross-linked
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: DNA primase catalytic subunit

分子名称: DNA primase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: METFDPTELP ELLKLYYRRL FPYSQYYRWL NYGGVIKNYF QHREFSFTLK DDIYIRYQSF NNQSDLEKEM QKMNPYKIDI GAVYSHRPNQ HNTVKLGAFQ AQEKELVFDI DMTDYDDVRR CCSSADICPK CWTLMTMAIR IIDRALKEDF GFKHRLWVYS GRRGVHCWVC ...文字列:
METFDPTELP ELLKLYYRRL FPYSQYYRWL NYGGVIKNYF QHREFSFTLK DDIYIRYQSF NNQSDLEKEM QKMNPYKIDI GAVYSHRPNQ HNTVKLGAFQ AQEKELVFDI DMTDYDDVRR CCSSADICPK CWTLMTMAIR IIDRALKEDF GFKHRLWVYS GRRGVHCWVC DESVRKLSSA VRSGIVEYLS LVKGGQDVKK KVHLSEKIHP FIRKSINIIK KYFEEYALVN QDILENKESW DKILALVPET IHDELQQSFQ KSHNSLQRWE HLKKVASRYQ NNIKNDKYGP WLEWEIMLQY CFPRLDINVS KGINHLLKSP FSVHPKTGRI SVPIDLQKVD QFDPFTVPTI SFICRELDAI STNEEEKEEN EAESDVKHRT RDYKKTSLAP YVKVFEHFLE NLDKSRKGEL LKKSDLQKDF

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分子 #2: DNA primase large subunit PRIM2

分子名称: DNA primase large subunit PRIM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEFSGRKWRK LRLAGDQRNA SYPHCLQFYL QPPSENISLI EFENLAIDRV KLLKSVENLG VSYVKGTEQY QSKLESELRK LKFSYRENLE DEYEPRRRDH ISHFILRLAY CQSEELRRWF IQQEMDLLRF RFSILPKDKI QDFLKDSQLQ FEAISDEEKT LREQEIVASS ...文字列:
MEFSGRKWRK LRLAGDQRNA SYPHCLQFYL QPPSENISLI EFENLAIDRV KLLKSVENLG VSYVKGTEQY QSKLESELRK LKFSYRENLE DEYEPRRRDH ISHFILRLAY CQSEELRRWF IQQEMDLLRF RFSILPKDKI QDFLKDSQLQ FEAISDEEKT LREQEIVASS PSLSGLKLGF ESIYKIPFAD ALDLFRGRKV YLEDGFAYVP LKDIVAIILN EFRAKLSKAL ALTARSLPAV QSDERLQPLL NHLSHSYTGQ DYSTQGNVGK ISLDQIDLLS TKSFPPCMRQ LHKALRENHH LRHGGRMQYG LFLKGIGLTL EQALQFWKQE FIKGKMDPDK FDKGYSYNIR HSFGKEGKRT DYTPFSCLKI ILSNPPSQGD YHGCPFRHSD PELLKQKLQS YKISPGGISQ ILDLVKGTHY QVACQKYFEM IHNVDDCGFS LNHPNQFFCE SQRILNGGKD IKKEPIQPET PQPKPSVQKT KDASSALASL NSSLEMDMEG LEDYFSEDS

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分子 #3: DNA polymerase alpha catalytic subunit POLA1

分子名称: DNA polymerase alpha catalytic subunit POLA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPVHGDDSL SDSGSFVSSR ARREKKSKKG RQEALERLKK AKAGEKYKYE VEDFTGVYEE VDEEQYSKLV QARQDDDWIV DDDGIGYVED GREIFDDDLE DDALDADEKG KDGKARNKDK RNVKKLAVTK PNNIKSMFIA CAGKKTADKA VDLSKDGLLG DILQDLNTET ...文字列:
MAPVHGDDSL SDSGSFVSSR ARREKKSKKG RQEALERLKK AKAGEKYKYE VEDFTGVYEE VDEEQYSKLV QARQDDDWIV DDDGIGYVED GREIFDDDLE DDALDADEKG KDGKARNKDK RNVKKLAVTK PNNIKSMFIA CAGKKTADKA VDLSKDGLLG DILQDLNTET PQITPPPVMI LKKKRSIGAS PNPFSVHTAT AVPSGKIASP VSRKEPPLTP VPLKRAEFAG DDVQVESTEE EQESGAMEFE DGDFDEPMEV EEVDLEPMAA KAWDKESEPA EEVKQEADSG KGTVSYLGSF LPDVSCWDID QEGDSSFSVQ EVQVDSSHLP LVKGADEEQV FHFYWLDAYE DQYNQPGVVF LFGKVWIESA ETHVSCCVMV KNIERTLYFL PREMKIDLNT GKETGTPISM KDVYEEFDEK IATKYKIMKF KSKPVEKNYA FEIPDVPEKS EYLEVKYSAE MPQLPQDLKG ETFSHVFGTN TSSLELFLMN RKIKGPCWLE VKSPQLLNQP VSWCKVEAMA LKPDLVNVIK DVSPPPLVVM AFSMKTMQNA KNHQNEIIAM AALVHHSFAL DKAAPKPPFQ SHFCVVSKPK DCIFPYAFKE VIEKKNVKVE VAATERTLLG FFLAKVHKID PDIIVGHNIY GFELEVLLQR INVCKAPHWS KIGRLKRSNM PKLGGRSGFG ERNATCGRMI CDVEISAKEL IRCKSYHLSE LVQQILKTER VVIPMENIQN MYSESSQLLY LLEHTWKDAK FILQIMCELN VLPLALQITN IAGNIMSRTL MGGRSERNEF LLLHAFYENN YIVPDKQIFR KPQQKLGDED EEIDGDTNKY KKGRKKAAYA GGLVLDPKVG FYDKFILLLD FNSLYPSIIQ EFNICFTTVQ RVASEAQKVT EDGEQEQIPE LPDPSLEMGI LPREIRKLVE RRKQVKQLMK QQDLNPDLIL QYDIRQKALK LTANSMYGCL GFSYSRFYAK PLAALVTYKG REILMHTKEM VQKMNLEVIY GDTDSIMINT NSTNLEEVFK LGNKVKSEVN KLYKLLEIDI DGVFKSLLLL KKKKYAALVV EPTSDGNYVT KQELKGLDIV RRDWCDLAKD TGNFVIGQIL SDQSRDTIVE NIQKRLIEIG ENVLNGSVPV SQFEINKALT KDPQDYPDKK SLPHVHVALW INSQGGRKVK AGDTVSYVIC QDGSNLTASQ RAYAPEQLQK QDNLTIDTQY YLAQQIHPVV ARICEPIDGI DAVLIATWLG LDPTQFRVHH YHKDEENDAL LGGPAQLTDE EKYRDCERFK CPCPTCGTEN IYDNVFDGSG TDMEPSLYRC SNIDCKASPL TFTVQLSNKL IMDIRRFIKK YYDGWLICEE PTCRNRTRHL PLQFSRTGPL CPACMKATLQ PEYSDKSLYT QLCFYRYIFD AECALEKLTT DHEKDKLKKQ FFTPKVLQDY RKLKNTAEQF LSRSGYSEVN LSKLFAGCAV KS

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分子 #4: DNA polymerase alpha B subunit POLA2

分子名称: DNA polymerase alpha B subunit POLA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSASAQQLAE ELQIFGLDCE EALIEKLVEL CVQYGQNEEG MVGELIAFCT STHKVGLTSE ILNSFEHEFL SKRLSKARHS TCKDSGHAGA RDIVSIQELI EVEEEEEILL NSYTTPSKGS QKRAISTPET PLTKRSVSTR SPHQLLSPSS FSPSATPSQK YNSRSNRGEV ...文字列:
MSASAQQLAE ELQIFGLDCE EALIEKLVEL CVQYGQNEEG MVGELIAFCT STHKVGLTSE ILNSFEHEFL SKRLSKARHS TCKDSGHAGA RDIVSIQELI EVEEEEEILL NSYTTPSKGS QKRAISTPET PLTKRSVSTR SPHQLLSPSS FSPSATPSQK YNSRSNRGEV VTSFGLAQGV SWSGRGGAGN ISLKVLGCPE ALTGSYKSMF QKLPDIREVL TCKIEELGSE LKEHYKIEAF TPLLAPAQEP VTLLGQIGCD SNGKLNNKSV ILEGDREHSS GAQIPVDLSE LKEYSLFPGQ VVIMEGINTT GRKLVATKLY EGVPLPFYQP TEEDADFEQS MVLVACGPYT TSDSITYDPL LDLIAVINHD RPDVCILFGP FLDAKHEQVE NCLLTSPFED IFKQCLRTII EGTRSSGSHL VFVPSLRDVH HEPVYPQPPF SYSDLSREDK KQVQFVSEPC SLSINGVIFG LTSTDLLFHL GAEEISSSSG TSDRFSRILK HILTQRSYYP LYPPQEDMAI DYESFYVYAQ LPVTPDVLII PSELRYFVKD VLGCVCVNPG RLTKGQVGGT FARLYLRRPA ADGAERQSPC IAVQVVRI

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分子 #5: CST complex subunit Ctc1

分子名称: CST complex subunit Ctc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAGRAQVPS SEQAWLEDAQ VFIQKTLCPA VKEPNVQLTP LVIDCVKTVW LSQGRNQGST LPLSYSFVSV QDLKTHQRLP CCSHLSWSSS AYQAWAQEAG PNGNPLPREQ LLLLGTLTDL SADLEQECRN GSLYVRDNTG VLSCELIDLD LSWLGHLFLF PRWSYLPPAR ...文字列:
MAAGRAQVPS SEQAWLEDAQ VFIQKTLCPA VKEPNVQLTP LVIDCVKTVW LSQGRNQGST LPLSYSFVSV QDLKTHQRLP CCSHLSWSSS AYQAWAQEAG PNGNPLPREQ LLLLGTLTDL SADLEQECRN GSLYVRDNTG VLSCELIDLD LSWLGHLFLF PRWSYLPPAR WNSSGEGHLE LWDAPVPVFP LTISPGPVTP IPVLYPESAS CLLRLRNKLR GVQRNLAGSL VRLSALVKSK QKAYFILSLG RSHPAVTHVS IIVQVPAQLV WHRALRPGTA YVLTELRVSK IRGQRQHVWM TSQSSRLLLL KPECVQELEL ELEGPLLEAD PKPLPMPSNS EDKKDPESLV RYSRLLSYSG AVTGVLNEPA GLYELDGQLG LCLAYQQFRG LRRVMRPGVC LQLQDVHLLQ SVGGGTRRPV LAPCLRGAVL LQSFSRQKPG AHSSRQAYGA SLYEQLVWER QLGLPLYLWA TKALEELACK LCPHVLRHHQ FLQHSSPGSP SLGLQLLAPT LDLLAPPGSP VRNAHNEILE EPHHCPLQKY TRLQTPSSFP TLATLKEEGQ RKAWASFDPK ALLPLPEASY LPSCQLNRRL AWSWLCLLPS AFCPAQVLLG VLVASSHKGC LQLRDQSGSL PCLLLAKHSQ PLSDPRLIGC LVRAERFQLI VERDVRSSFP SWKELSMPGF IQKQQARVYV QFFLADALIL PVPRPCLHSA TPSTPQTDPT GPEGPHLGQS RLFLLCHKEA LMKRNFCVPP GASPEVPKPA LSFYVLGSWL GGTQRKEGTG WGLPEPQGND DNDQKVHLIF FGSSVRWFEF LHPGQVYRLI APGPATPMLF EKDGSSCISR RPLELAGCAS CLTVQDNWTL ELESSQDIQD VLDANKSLPE SSLTDLLSDN FTDSLVSFSA EILSRTLCEP LVASLWMKLG NTGAMRRCVK LTVALETAEC EFPPHLDVYI EDPHLPPSLG LLPGARVHFS QLEKRVSRSH NVYCCFRSST YVQVLSFPPE TTISIPLPHI YLAELLQGGQ SPFQATASCH IVSVFSLQLF WVCAYCTSIC RQGKCTRLGS TCPTQTAISQ AIIRLLVEDG TAEAVVTCRN HHVAAALGLC PREWASLLDF VQVPGRVVLQ FAGPGAQLES SARVDEPMTM FLWTLCTSPS VLRPIVLSFE LERKPSKIVP LEPPRLQRFQ CGELPFLTHV NPRLRLSCLS IRESEYSSSL GILASSC

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分子 #6: CST complex subunit Stn1

分子名称: CST complex subunit Stn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQPGSSRCEE ETPSLLWGLD PVFLAFAKLY IRDILDMKES RQVPGVFLYN GHPIKQVDVL GTVIGVRERD AFYSYGVDDS TGVINCICWK KLNTESVSAA PSAARELSLT SQLKKLQETI EQKTKIEIGD TIRVRGSIRT YREEREIHAT TYYKVDDPVW NIQIARMLEL ...文字列:
MQPGSSRCEE ETPSLLWGLD PVFLAFAKLY IRDILDMKES RQVPGVFLYN GHPIKQVDVL GTVIGVRERD AFYSYGVDDS TGVINCICWK KLNTESVSAA PSAARELSLT SQLKKLQETI EQKTKIEIGD TIRVRGSIRT YREEREIHAT TYYKVDDPVW NIQIARMLEL PTIYRKVYDQ PFHSSALEKE EALSNPGALD LPSLTSLLSE KAKEFLMENR VQSFYQQELE MVESLLSLAN QPVIHSASSD QVNFKKDTTS KAIHSIFKNA IQLLQEKGLV FQKDDGFDNL YYVTREDKDL HRKIHRIIQQ DCQKPNHMEK GCHFLHILAC ARLSIRPGLS EAVLQQVLEL LEDQSDIVST MEHYYTAF

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分子 #7: CST complex subunit Ten1

分子名称: CST complex subunit Ten1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MMLPKPGTYY LPWEVSAGQV PDGSTLRTFG RLCLYDMIQS RVTLMAQHGS DQHQVLVCTK LVEPFHAQVG SLYIVLGELQ HQQDRGSVVK ARVLTCVEGM NLPLLEQAIR EQRLYKQERG GSQ

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分子 #8: Telomeric G-strand ssDNA (3 repeats)

分子名称: Telomeric G-strand ssDNA (3 repeats) / タイプ: dna / ID: 8 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法 #1

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
Microscopy ID1
撮影Image recording ID: 1 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
Microscopy ID1
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 53.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 748693
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 109224
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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