EMDB-26264: Cryo-EM map of HIV-1 1059 SOSIP in complex with 17b Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-26264

タイトル

Cryo-EM map of HIV-1 1059 SOSIP in complex with 17b Fab

マップデータ

Single-particle cryo-EM map of HIV-1 1059 Env bound to 17b Fab

試料

複合体: Complex of HIV-1 Env 1059 bound to 17b Fab

キーワード

HIV-1 / Env / bNAb / transmitted-founder / VIRAL PROTEIN

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å

データ登録者

Dam KA / Bjorkman PJ / Herschhorn A

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational flexibility of HIV-1 Envelope glycoproteins modulates transmitted / founder sensitivity to broadly neutralizing antibodies
著者: Dam KA / Bjorkman PJ / Herschhorn A

履歴

登録	2022年2月18日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年5月15日	-
マップ公開	2024年5月15日	-
更新	2024年5月15日	-
現状	2024年5月15日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_26264.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_26264.map.gz	15.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-26264-v30.xml emd-26264.xml	7.4 KB 7.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_26264.png	118.3 KB
Filedesc metadata	emd-26264.cif.gz	3.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26264 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26264	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_26264_validation.pdf.gz	391.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_26264_full_validation.pdf.gz	391.3 KB	表示
XML形式データ	emd_26264_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_26264_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26264 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26264	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26265C 26266C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_26264.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Single-particle cryo-EM map of HIV-1 1059 Env bound to 17b Fab

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 352 pix. = 292.864 Å	0.83 Å/pix. x 352 pix. = 292.864 Å	0.83 Å/pix. x 352 pix. = 292.864 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.832 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00893
最小 - 最大	-0.026458155 - 0.04350424
平均 (標準偏差)	0.000256387 (±0.0015445185)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : Complex of HIV-1 Env 1059 bound to 17b Fab

全体	名称: Complex of HIV-1 Env 1059 bound to 17b Fab
要素	複合体: Complex of HIV-1 Env 1059 bound to 17b Fab

-
超分子 #1: Complex of HIV-1 Env 1059 bound to 17b Fab

超分子	名称: Complex of HIV-1 Env 1059 bound to 17b Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 143940
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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