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- EMDB-26214: F-actin from neuronal growth cone filopodium -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26214
タイトルF-actin from neuronal growth cone filopodium
マップデータSubtomogram average of filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium
キーワードCytoskeleton / Polymer / Filament / Actin / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.2 Å
データ登録者Hylton RK / Swulius MT
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cofilactin filaments regulate filopodial structure and dynamics in neuronal growth cones.
著者: Ryan K Hylton / Jessica E Heebner / Michael A Grillo / Matthew T Swulius /
要旨: Cofilin is best known for its ability to sever actin filaments and facilitate cytoskeletal recycling inside of cells, but at higher concentrations in vitro, cofilin stabilizes a more flexible, hyper- ...Cofilin is best known for its ability to sever actin filaments and facilitate cytoskeletal recycling inside of cells, but at higher concentrations in vitro, cofilin stabilizes a more flexible, hyper-twisted state of actin known as "cofilactin". While this filament state is well studied, a structural role for cofilactin in dynamic cellular processes has not been observed. With a combination of cryo-electron tomography and fluorescence imaging in neuronal growth cones, we observe that filopodial actin filaments switch between a fascin-linked and a cofilin-decorated state, and that cofilactin is associated with a variety of dynamic events within filopodia. The switch to cofilactin filaments occurs in a graded fashion and correlates with a decline in fascin cross-linking within the filopodia, which is associated with curvature in the bundle. Our tomographic data reveal that the hyper-twisting of actin from cofilin binding leads to a rearrangement of filament packing, which largely excludes fascin from the base of filopodia. Our results provide mechanistic insight into the fundamentals of cytoskeletal remodeling inside of confined cellular spaces, and how the interplay between fascin and cofilin regulates the dynamics of searching filopodia.
履歴
登録2022年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26214.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26214.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 826.752 Å		4.31 Å/pix.
x 48 pix.
= 206.688 Å		4.31 Å/pix.
x 48 pix.
= 206.688 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.306 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.723
最小 - 最大-3.939249 - 6.7720814
平均 (標準偏差)-0.016271792 (±1.0294733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16170
サイズ4848192
Spacing4848192
セルA: 206.68802 Å / B: 206.68802 Å / C: 826.7521 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium

全体名称: Filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium

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超分子 #1: Filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium

超分子名称: Filamentous actin from a neuronal growth cone filopodium
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cryo-electron tomography was performed on filopodia of neurons growing on EM grids. The map is a result from subtomogram averaging of ~83 nm-long filament sections (1603 particles total) from ...詳細: Cryo-electron tomography was performed on filopodia of neurons growing on EM grids. The map is a result from subtomogram averaging of ~83 nm-long filament sections (1603 particles total) from an f-actin bundle in a single filopodium.
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Spague Dawley / 器官: Brain / 組織: Hippocampus / 細胞中の位置: Growth cone filopodia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: No buffer was used. The cells were grown on EM grids in Neurobasal media with B-27 supplement (2%) and Penicillin/Streptomycin (1%) or NbActiv4 (with 1% Penicillin/Streptomycin) neuronal cell culture media.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of 10 nm gold fiducials were added on top of the cells prior to blotting or freezing. Grids were then blotted by hand from behind (the non-cell surface) for 2 seconds before plunge-freezing..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 0.9 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.6 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -166.6 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 1603
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 1603 / 参照モデル: Non-refined average of all particles. / 手法: Filaments picked by hand. / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6t1y


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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