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- EMDB-26204: Ciliary 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta (choanoflagell... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26204
タイトルCiliary 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta (choanoflagellate), generated via cryo-electron tomography and subtomogram averaging
マップデータAveraged 96 nm repeat unit from Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) cilia, centered between radial spokes 1 and 2.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta cilia
キーワードcilia dynein microtubule radial spoke / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Salpingoeca rosetta (真核生物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Pinskey JM / Nicastro D
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170644 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083122 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32 GM137470 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR140082 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Ciliary 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta (choanoflagellate), generated via cryo-electron tomography and subtomogram averaging.
著者: Pinskey JM / Nicastro D
履歴
登録2022年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26204.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 117.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Averaged 96 nm repeat unit from Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) cilia, centered between radial spokes 1 and 2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.15 Å/pix.
x 280 pix.
= 882.28 Å		3.15 Å/pix.
x 290 pix.
= 913.79 Å		3.15 Å/pix.
x 380 pix.
= 1197.38 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.151 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大123.118589999999998 - 135.138530000000003
平均 (標準偏差)128.440370000000001 (±1.1382964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ290380280
Spacing380290280
セルA: 1197.38 Å / B: 913.79 Å / C: 882.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta cilia

全体名称: 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta cilia
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta cilia

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超分子 #1: 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta cilia

超分子名称: 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta cilia / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Contains doublet microtubule, dyneins, radial spokes, and nexin-dynein regulatory complex
由来(天然)生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物) / 細胞中の位置: cilium

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE
Cryo protectantliquid ethane
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Millipore Sigma / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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