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- EMDB-26181: Cryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26181
タイトルCryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7. The 3D refinement was focused on one of two halves with C1 symmetry applied
マップデータCryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7. The 3D refinement was focused on one of two halves with C1 symmetry applied.
試料
  • 複合体: Insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7
    • タンパク質・ペプチド: Insulin receptor-related protein
キーワードReceptor tyrosine kinase / insulin receptor family / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to alkaline pH / male sex determination / insulin receptor complex / insulin receptor substrate binding / phosphatidylinositol 3-kinase binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity ...cellular response to alkaline pH / male sex determination / insulin receptor complex / insulin receptor substrate binding / phosphatidylinositol 3-kinase binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / protein autophosphorylation / receptor complex / axon / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats ...Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin receptor-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang LW / Hall C / Li J / Choi E / Bai XC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136976 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142937 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the alkaline pH-dependent activation of insulin receptor-related receptor.
著者: Liwei Wang / Catherine Hall / Jie Li / Eunhee Choi / Xiao-Chen Bai /
要旨: The insulin receptor (IR) family is a subfamily of receptor tyrosine kinases that controls metabolic homeostasis and cell growth. Distinct from IR and insulin-like growth factor 1 receptor, whose ...The insulin receptor (IR) family is a subfamily of receptor tyrosine kinases that controls metabolic homeostasis and cell growth. Distinct from IR and insulin-like growth factor 1 receptor, whose activation requires ligand binding, insulin receptor-related receptor (IRR)-the third member of the IR family-is activated by alkaline pH. However, the molecular mechanism underlying alkaline pH-induced IRR activation remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of human IRR in both neutral pH inactive and alkaline pH active states. Combined with mutagenesis and cellular assays, we show that, upon pH increase, electrostatic repulsion of the pH-sensitive motifs of IRR disrupts its autoinhibited state and promotes a scissor-like rotation between two protomers, leading to a T-shaped active conformation. Together, our study reveals an unprecedented alkaline pH-dependent activation mechanism of IRR, opening up opportunities to understand the structure-function relationship of this important receptor.
履歴
登録2022年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26181.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7. The 3D refinement was focused on one of two halves with C1 symmetry applied.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.2 Å		1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.2 Å		1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.11890141 - 0.19619457
平均 (標準偏差)-0.000046182773 (±0.0046595773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in...

ファイルemd_26181_half_map_1.map
注釈Cryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7. The 3D refinement was focused on one of two halves with C1 symmetry applied. Unfiltered half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in...

ファイルemd_26181_half_map_2.map
注釈Cryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7. The 3D refinement was focused on one of two halves with C1 symmetry applied. Unfiltered half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7

全体名称: Insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7
要素
  • 複合体: Insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7
    • タンパク質・ペプチド: Insulin receptor-related protein

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超分子 #1: Insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7

超分子名称: Insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Insulin receptor-related protein

分子名称: Insulin receptor-related protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 143.879547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAVPSLWPWG ACLPVIFLSL GFGLDTVEVC PSLDIRSEVA ELRQLENCSV VEGHLQILLM FTATGEDFRG LSFPRLTQVT DYLLLFRVY GLESLRDLFP NLAVIRGTRL FLGYALVIFE MPHLRDVALP ALGAVLRGAV RVEKNQELCH LSTIDWGLLQ P APGANHIV ...文字列:
MAVPSLWPWG ACLPVIFLSL GFGLDTVEVC PSLDIRSEVA ELRQLENCSV VEGHLQILLM FTATGEDFRG LSFPRLTQVT DYLLLFRVY GLESLRDLFP NLAVIRGTRL FLGYALVIFE MPHLRDVALP ALGAVLRGAV RVEKNQELCH LSTIDWGLLQ P APGANHIV GNKLGEECAD VCPGVLGAAG EPCAKTTFSG HTDYRCWTSS HCQRVCPCPH GMACTARGEC CHTECLGGCS QP EDPRACV ACRHLYFQGA CLWACPPGTY QYESWRCVTA ERCASLHSVP GRASTFGIHQ GSCLAQCPSG FTRNSSSIFC HKC EGLCPK ECKVGTKTID SIQAAQDLVG CTHVEGSLIL NLRQGYNLEP QLQHSLGLVE TITGFLKIKH SFALVSLGFF KNLK LIRGD AMVDGNYTLY VLDNQNLQQL GSWVAAGLTI PVGKIYFAFN PRLCLEHIYR LEEVTGTRGR QNKAEINPRT NGDRA ACQT RTLRFVSNVT EADRILLRWE RYEPLEARDL LSFIVYYKES PFQNATEHVG PDACGTQSWN LLDVELPLSR TQEPGV TLA SLKPWTQYAV FVRAITLTTE EDSPHQGAQS PIVYLRTLPA APTVPQDVIS TSNSSSHLLV RWKPPTQRNG NLTYYLV LW QRLAEDGDLY LNDYCHRGLR LPTSNNDPRF DGEDGDPEAE MESDCCPCQH PPPGQVLPPL EAQEASFQKK FENFLHNA I TIPISPWKVT SINKSPQRDS GRHRRAAGPL RLGGNSSDFE IQEDKVPRER AVLSGLRHFT EYRIDIHACN HAAHTVGCS AATFVFARTM PHREADGIPG KVAWEASSKN SVLLRWLEPP DPNGLILKYE IKYRRLGEEA TVLCVSRLRY AKFGGVHLAL LPPGNYSAR VRATSLAGNG SWTDSVAFYI LGPEEEDAGG LHVLLTATPV GLTLLIVLAA LGFFYGKKRN RTLYASVNPE Y FSASDMYV PDEWEVPREQ ISIIRELGQG SFGMVYEGLA RGLEAGEEST PVALKTVNEL ASPRECIEFL KEASVMKAFK CH HVVRLLG VVSQGQPTLV IMELMTRGDL KSHLRSLRPE AENNPGLPQP ALGEMIQMAG EIADGMAYLA ANKFVHRDLA ARN CMVSQD FTVKIGDFGM TRDVYETDYY RKGGKGLLPV RWMAPESLKD GIFTTHSDVW SFGVVLWEIV TLAEQPYQGL SNEQ VLKFV MDGGVLEELE GCPLQLQELM SRCWQPNPRL RPSFTHILDS IQEELRPSFR LLSFYYSPEC RGARGSLPTT DAEPD SSPT PRDCSPQNGG PGH

UniProtKB: Insulin receptor-related protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4993810
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 129384
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7tyj:
Cryo-EM Structure of insulin receptor-related receptor (IRR) in apo-state captured at pH 7. The 3D refinement was focused on one of two halves with C1 symmetry applied

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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