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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26162
タイトルNipah Virus attachment (G) glycoprotein ectodomain in complex with nAH1.3 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the distal region)
マップデータ
試料
  • 複合体: Nipah Virus attachment protein ectodomain in complex with nAH1.3 neutralizing antibody Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: nAH1.3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: nAH1.3 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNiV / NiVG / attachment protein / neutralizing antibodies / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nipah henipavirus (ウイルス) / Mus sp. (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang ZQ / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Architecture and antigenicity of the Nipah virus attachment glycoprotein.
著者: Zhaoqian Wang / Moushimi Amaya / Amin Addetia / Ha V Dang / Gabriella Reggiano / Lianying Yan / Andrew C Hickey / Frank DiMaio / Christopher C Broder / David Veesler /
要旨: Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness. The entry of HNVs into host cells requires the attachment ...Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness. The entry of HNVs into host cells requires the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins, which are the main targets of antibody responses. To understand viral infection and host immunity, we determined a cryo-electron microscopy structure of the NiV G homotetrameric ectodomain in complex with the nAH1.3 broadly neutralizing antibody Fab fragment. We show that a cocktail of two nonoverlapping G-specific antibodies neutralizes NiV and HeV synergistically and limits the emergence of escape mutants. Analysis of polyclonal serum antibody responses elicited by vaccination of macaques with NiV G indicates that the receptor binding head domain is immunodominant. These results pave the way for implementing multipronged therapeutic strategies against these deadly pathogens.
履歴
登録2022年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7txz
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_26162.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26162.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 460 pix.
= 483. Å		1.05 Å/pix.
x 460 pix.
= 483. Å		1.05 Å/pix.
x 460 pix.
= 483. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.7612884 - 6.5188065
平均 (標準偏差)-0.00044315096 (±0.10161296)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 482.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z460460460
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z483.000483.000483.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS460460460
D min/max/mean-3.7616.519-0.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_26162_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26162_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26162_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nipah Virus attachment protein ectodomain in complex with nAH1.3 ...

全体名称: Nipah Virus attachment protein ectodomain in complex with nAH1.3 neutralizing antibody Fab fragment
要素
  • 複合体: Nipah Virus attachment protein ectodomain in complex with nAH1.3 neutralizing antibody Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: nAH1.3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: nAH1.3 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Nipah Virus attachment protein ectodomain in complex with nAH1.3 ...

超分子名称: Nipah Virus attachment protein ectodomain in complex with nAH1.3 neutralizing antibody Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Nipah henipavirus (ウイルス)

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分子 #1: Glycoprotein G

分子名称: Glycoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nipah henipavirus (ウイルス)
分子量理論値: 60.358535 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HHHHHHIQNY TRSTDNQAVI KDALQGIQQQ IKGLADKIGT EIGPKVSLID TSSTITIPAN IGLLGSKISQ STASINENVN EKCKFTLPP LKIHECNISC PNPLPFREYR PQTEGVSNLV GLPNNICLQK TSNQILKPKL ISYTLPVVGQ SGTCITDPLL A MDEGYFAY ...文字列:
HHHHHHIQNY TRSTDNQAVI KDALQGIQQQ IKGLADKIGT EIGPKVSLID TSSTITIPAN IGLLGSKISQ STASINENVN EKCKFTLPP LKIHECNISC PNPLPFREYR PQTEGVSNLV GLPNNICLQK TSNQILKPKL ISYTLPVVGQ SGTCITDPLL A MDEGYFAY SHLERIGSCS RGVSKQRIIG VGEVLDRGDE VPSLFMTNVW TPPNPNTVYH CSAVYNNEFY YVLCAVSTVG DP ILNSTYW SGSLMMTRLA VKPKSNGGGY NQHQLALRSI EKGRYDKVMP YGPSGIKQGD TLYFPAVGFL VRTEFKYNDS NCP ITKCQY SKPENCRLSM GIRPNSHYIL RSGLLKYNLS DGENPKVVFI EISDQRLSIG SPSKIYDSLG QPVFYQASFS WDTM IKFGD VLTVNPLVVN WRNNTVISRP GQSQCPRFNT CPEICWEGVY NDAFLIDRIN WISAGVFLDS NQTAENPVFT VFKDN EILY RAQLASEDTN AQKTITNCFL LKNKIWCISL VEIYDTGDNV IRPKLFAVKI PEQCY

UniProtKB: Glycoprotein G

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分子 #2: nAH1.3 Fab heavy chain

分子名称: nAH1.3 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 50.643941 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVKLEESGGG LVQPGGSMKL SCVASGFSFS YYWMNWVRQS PEKGLEWVAE IRLKSNNYGT HYAESVKGRF TISRDDSKSS VYLQMNNLR PEDTGIYYCT RVITTVFAYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列:
EVKLEESGGG LVQPGGSMKL SCVASGFSFS YYWMNWVRQS PEKGLEWVAE IRLKSNNYGT HYAESVKGRF TISRDDSKSS VYLQMNNLR PEDTGIYYCT RVITTVFAYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSET VTCNVAHPAS STKVDKKIVP RDCGCKPCIC TVPEVSSVFI FP PKPKDVL TITLTPKVTC VVVDISKDDP EVQFSWFVDD VEVHTAQTQP REEQFNSTFR SVSELPIMHQ DWLNGKEFKC RVN SAAFPA PIEKTISKTK GRPKAPQVYT IPPPKEQMAK DKVSLTCMIT DFFPEDITVE WQWNGQPAEN YKNTQPIMDT DGSY FVYSK LNVQKSNWEA GNTFTCSVLH EGLHNHHTEK SLSHSPGKGG SGGGSWSHPQ FEK

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分子 #3: nAH1.3 Fab light chain

分子名称: nAH1.3 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 23.947473 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVH DYGISFMNWF QQKPGQPPKL LIYSASNQGS GVPARFSGSG SGTDFSLNIH PMEEDDIAM YFCQQSKEVP YTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVH DYGISFMNWF QQKPGQPPKL LIYSASNQGS GVPARFSGSG SGTDFSLNIH PMEEDDIAM YFCQQSKEVP YTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3d11

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 168035
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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