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万見
- EMDB-26155: Cryo-EM structure of the human reduced folate carrier in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26155
タイトルCryo-EM structure of the human reduced folate carrier in complex with methotrexate
マップデータsharpened full map
試料
  • 複合体: Human reduced folate carrier SLC19A1
    • タンパク質・ペプチド: Reduced folate transporter,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: METHOTREXATE
  • リガンド: Digitonin
キーワードtransporter / reduced folate carrier / SLC19A1 / TRANSPORT PROTEIN / anion exchanger
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane ...folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / Metabolism of folate and pterines / antiporter activity / folic acid binding / folic acid metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / female pregnancy / brush border membrane / electron transport chain / basolateral plasma membrane / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / apical plasma membrane / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reduced folate transporter SLC19A1 / Reduced folate carrier / Reduced folate carrier / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / MFS transporter superfamily / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Reduced folate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wright NJ / Fedor JG / Lee S-Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM137421 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
American Heart Association20PRE35210058 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Methotrexate recognition by the human reduced folate carrier SLC19A1.
著者: Nicholas J Wright / Justin G Fedor / Han Zhang / Pyeonghwa Jeong / Yang Suo / Jiho Yoo / Jiyong Hong / Wonpil Im / Seok-Yong Lee /
要旨: Folates are essential nutrients with important roles as cofactors in one-carbon transfer reactions, being heavily utilized in the synthesis of nucleic acids and the metabolism of amino acids during ...Folates are essential nutrients with important roles as cofactors in one-carbon transfer reactions, being heavily utilized in the synthesis of nucleic acids and the metabolism of amino acids during cell division. Mammals lack de novo folate synthesis pathways and thus rely on folate uptake from the extracellular milieu. The human reduced folate carrier (hRFC, also known as SLC19A1) is the major importer of folates into the cell, as well as chemotherapeutic agents such as methotrexate. As an anion exchanger, RFC couples the import of folates and antifolates to anion export across the cell membrane and it is a major determinant in methotrexate (antifolate) sensitivity, as genetic variants and its depletion result in drug resistance. Despite its importance, the molecular basis of substrate specificity by hRFC remains unclear. Here we present cryo-electron microscopy structures of hRFC in the apo state and captured in complex with methotrexate. Combined with molecular dynamics simulations and functional experiments, our study uncovers key determinants of hRFC transport selectivity among folates and antifolate drugs while shedding light on important features of anion recognition by hRFC.
履歴
登録2022年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26155.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å		1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å		1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.71251464 - 1.6208541
平均 (標準偏差)0.002196488 (±0.033134315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 216.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_26155_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_26155_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human reduced folate carrier SLC19A1

全体名称: Human reduced folate carrier SLC19A1
要素
  • 複合体: Human reduced folate carrier SLC19A1
    • タンパク質・ペプチド: Reduced folate transporter,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: METHOTREXATE
  • リガンド: Digitonin

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超分子 #1: Human reduced folate carrier SLC19A1

超分子名称: Human reduced folate carrier SLC19A1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Covalently modified Lys411 with methotrexate
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Reduced folate transporter,Soluble cytochrome b562

分子名称: Reduced folate transporter,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.797195 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVPSSPAVEK QVPVEPGPDP ELRSWRHLVC YLCFYGFMAQ IRPGESFITP YLLGPDKNFT REQVTNEITP VLSYSYLAVL VPVFLLTDY LRYTPVLLLQ GLSFVSVWLL LLLGHSVAHM QLMELFYSVT MAARIAYSSY IFSLVRPARY QRVAGYSRAA V LLGVFTSS ...文字列:
MVPSSPAVEK QVPVEPGPDP ELRSWRHLVC YLCFYGFMAQ IRPGESFITP YLLGPDKNFT REQVTNEITP VLSYSYLAVL VPVFLLTDY LRYTPVLLLQ GLSFVSVWLL LLLGHSVAHM QLMELFYSVT MAARIAYSSY IFSLVRPARY QRVAGYSRAA V LLGVFTSS VLGQLLVTVG RVSFSTLNYI SLAFLTFSVV LALFLKRPKR SLFFNRDLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VK DALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLL RVACGD SVLARMLREL GDSLRRPQLR LWSLWWVFNS AGYYLVVYYV HILWNEVDPT TNSARVYNGA ADAASTLLGA ITSF AAGFV KIRWARWSKL LIAGVTATQA GLVFLLAHTR HPSSIWLCYA AFVLFRGSYQ FLVPIATFQI ASSLSKELCA LVFGV NTFF ATIVKTIITF IVSDVRGLGL PVRKQFQLYS VYFLILSIIY FLGAMLDGLR HCQRGHHPRQ PPAQGLRSAA EEKAAQ ALS VQDKGLGGLQ PAQSPPLSPE DSLGAVGPAS LEQRQSDPYL AQAPAPQAAE FLSPVTTPSP CTLCSAQASG PEAADET CP QLAVHPPGVS KLGLQCLPSD GVQNVNQANS LEVLFQ

UniProtKB: Reduced folate transporter, Soluble cytochrome b562, Reduced folate transporter

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分子 #2: METHOTREXATE

分子名称: METHOTREXATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MTX
分子量理論値: 454.439 Da
Chemical component information

ChemComp-MTX:
METHOTREXATE / メトトレキサ-ト / 化学療法薬*YM

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分子 #3: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 200 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00039000000000000005 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 25507 / 平均露光時間: 4.6 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9098387
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 492117
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 53.6
得られたモデル

PDB-7tx6:
Cryo-EM structure of the human reduced folate carrier in complex with methotrexate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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