[日本語] English
万見
- EMDB-26141: Alpha1/BetaB Heteromeric Glycine Receptor in Glycine-Bound State -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26141
タイトルAlpha1/BetaB Heteromeric Glycine Receptor in Glycine-Bound State
マップデータ
試料
  • 複合体: Zebrafish Alpha1 BetaB Heteromeric Glycine Receptor
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor subunit alphaZ1
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor beta subunit 2
  • リガンド: GLYCINEグリシン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / neurotransmitter receptor activity / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / glycine binding / transmembrane transporter complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / neurotransmitter receptor activity / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / glycine binding / transmembrane transporter complex / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / neuropeptide signaling pathway / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / central nervous system development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / protein localization / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / シナプス / 樹状突起 / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Glycine receptor beta / Glycine receptor alpha1 / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily ...: / Glycine receptor beta / Glycine receptor alpha1 / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine receptor subunit alphaZ1 / Glycine receptor beta subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gibbs E / Chakrapani S / Kumar A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM134896 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Conformational transitions and allosteric modulation in a heteromeric glycine receptor
著者: Gibbs E / Klemm E / Seiferth D / Kumar A / Ilca SL / Biggin PC / Chakrapani S
履歴
登録2022年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26141.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-1.1413952 - 2.3041768
平均 (標準偏差)0.0010292883 (±0.045119643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_26141_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26141_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26141_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Zebrafish Alpha1 BetaB Heteromeric Glycine Receptor

全体名称: Zebrafish Alpha1 BetaB Heteromeric Glycine Receptor
要素
  • 複合体: Zebrafish Alpha1 BetaB Heteromeric Glycine Receptor
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor subunit alphaZ1
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor beta subunit 2
  • リガンド: GLYCINEグリシン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Zebrafish Alpha1 BetaB Heteromeric Glycine Receptor

超分子名称: Zebrafish Alpha1 BetaB Heteromeric Glycine Receptor / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 250 KDa

-
分子 #1: Glycine receptor subunit alphaZ1

分子名称: Glycine receptor subunit alphaZ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 52.537598 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN ...文字列:
MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN FPMDVQTCIM QLESFGYTMN DLIFEWDEKG AVQVADGLTL PQFILKEEKD LRYCTKHYNT GKFTCIEARF HL ERQMGYY LIQMYIPSLL IVILSWVSFW INMDAAPARV GLGITTVLTM TTQSSGSRAS LPKVSYVKAI DIWMAVCLLF VFS ALLEYA AVNFIARQHK ELLRFQRRRR HLKEDEAGDG RFSFAAYGMG PACLQAKDGM AIKGNNNNAP TSTNPPEKTV EEMR KLFIS RAKRIDTVSR VAFPLVFLIF NIFYWITYKI IRSEDIHKQL VPRGSHHHHH HHH

-
分子 #2: Glycine receptor beta subunit 2

分子名称: Glycine receptor beta subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 65.820281 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MKALKVIFML LIICLWMEGG FTKEKSAKKW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEKGGG SGGGSGGGS WSHPQFEKEN LYFQGEKSAK KGKKKGKQVY CPSQLSSEDL ARVPANSTSN ILNKLLITYD PRIRPNFKGI P VEDRVNIF ...文字列:
MKALKVIFML LIICLWMEGG FTKEKSAKKW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEKGGG SGGGSGGGS WSHPQFEKEN LYFQGEKSAK KGKKKGKQVY CPSQLSSEDL ARVPANSTSN ILNKLLITYD PRIRPNFKGI P VEDRVNIF INSFGSIQET TMDYRVNIFL RQRWNDPRLR LPQDFKSDSL TVDPKMFKCL WKPDLFFANE KSANFHDVTQ EN ILLFIFR NGDVLISMRL SVTLSCPLDL TLFPMDTQRC KMQLESFGYT TDDLQFMWQS GDPVQMDEIA LPQFDIKQED IEY GNCTKY YAGTGYYTCV EVIFTLRRQV GFYMMGVYAP TLLIVVLSWL SFWINPDASA ARVPLGILSV LSLSSECTSL ASEL PKVSY VKAIDIWLIA CLLFGFASLV EYAVVQVMLN SPKLLEAERA KIATKEKAEG KTPAKNTING MGSTPIHVST LQVTE TRCK KVCTSKSDLR TNDFSIVGSL PRDFELSNFD CYGKPIEVGS AFSKSQAKNN KKPPPPKPVI PSAAKRIDLY ARALFP FSF LFFNVIYWSV YLENLYFQGT ETSQVAPA

-
分子 #3: GLYCINE

分子名称: GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: GLY
分子量理論値: 75.067 Da
Chemical component information

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン / グリシン

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMC24H46O11Dodecyl-D-Maltopyranoside
1.0 mMC2H5NO2Glycineグリシン
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Single Particle

-
電子顕微鏡法 #1

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
Microscopy ID1
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
電子顕微鏡法 #1~

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
Microscopy ID1
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 350000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-Uniform Refinement
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-Uniform Refinement / 使用した粒子像数: 205704
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る