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万見
- EMDB-26115: Human potassium-chloride cotransporter 1 in inward-open state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26115
タイトルHuman potassium-chloride cotransporter 1 in inward-open state
マップデータ
試料
  • 複合体: Human Potassium-chloride cotransporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 4
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードSLC12A4 / Potassium-chloride transport / Inward-open state / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / protein serine/threonine kinase binding / chloride transmembrane transport ...potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / protein serine/threonine kinase binding / chloride transmembrane transport / chemical synaptic transmission / lysosomal membrane / synapse / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
K/Cl co-transporter 1 / K/Cl co-transporter / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Zhao YX / Cao EH
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structure of the human cation-chloride cotransport KCC1 in an outward-open state.
著者: Yongxiang Zhao / Jiemin Shen / Qinzhe Wang / Manuel Jose Ruiz Munevar / Pietro Vidossich / Marco De Vivo / Ming Zhou / Erhu Cao /
要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) catalyze electroneutral symport of Cl with Na and/or K across membranes. CCCs are fundamental in cell volume homeostasis, transepithelia ion movement, ...Cation-chloride cotransporters (CCCs) catalyze electroneutral symport of Cl with Na and/or K across membranes. CCCs are fundamental in cell volume homeostasis, transepithelia ion movement, maintenance of intracellular Cl concentration, and neuronal excitability. Here, we present a cryoelectron microscopy structure of human K-Cl cotransporter (KCC)1 bound with the VU0463271 inhibitor in an outward-open state. In contrast to many other amino acid-polyamine-organocation transporter cousins, our first outward-open CCC structure reveals that opening the KCC1 extracellular ion permeation path does not involve hinge-bending motions of the transmembrane (TM) 1 and TM6 half-helices. Instead, rocking of TM3 and TM8, together with displacements of TM4, TM9, and a conserved intracellular loop 1 helix, underlie alternate opening and closing of extracellular and cytoplasmic vestibules. We show that KCC1 intriguingly exists in one of two distinct dimeric states via different intersubunit interfaces. Our studies provide a blueprint for understanding the mechanisms of CCCs and their inhibition by small molecule compounds.
履歴
登録2022年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26115.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.552 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.552 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.552 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.092 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-2.5681458 - 4.1487794
平均 (標準偏差)-0.0003586047 (±0.11380874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.552 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_26115_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Potassium-chloride cotransporter 1

全体名称: Human Potassium-chloride cotransporter 1
要素
  • 複合体: Human Potassium-chloride cotransporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 4
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: Human Potassium-chloride cotransporter 1

超分子名称: Human Potassium-chloride cotransporter 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 4

分子名称: Solute carrier family 12 member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120.770492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPHFTVVPVD GPRRGDYDNL EGLSWVDYGE RAELDDSDGH GNHRESSPFL SPLEASRGID YYDRNLALFE EELDIRPKVS SLLGKLVSY TNLTQGAKEH EEAESGEGTR RRAAEAPSMG TLMGVYLPCL QNIFGVILFL RLTWMVGTAG VLQALLIVLI C CCCTLLTA ...文字列:
MPHFTVVPVD GPRRGDYDNL EGLSWVDYGE RAELDDSDGH GNHRESSPFL SPLEASRGID YYDRNLALFE EELDIRPKVS SLLGKLVSY TNLTQGAKEH EEAESGEGTR RRAAEAPSMG TLMGVYLPCL QNIFGVILFL RLTWMVGTAG VLQALLIVLI C CCCTLLTA ISMSAIATNG VVPAGGSYFM ISRSLGPEFG GAVGLCFYLG TTFAAAMYIL GAIEILLTYI APPAAIFYPS GA HDTSNAT LNNMRVYGTI FLTFMTLVVF VGVKYVNKFA SLFLACVIIS ILSIYAGGIK SIFDPPVFPV CMLGNRTLSR DQF DICAKT AVVDNETVAT QLWSFFCHSP NLTTDSCDPY FMLNNVTEIP GIPGAAAGVL QENLWSAYLE KGDIVEKHGL PSAD APSLK ESLPLYVVAD IATSFTVLVG IFFPSVTGIM AGSNRSGDLR DAQKSIPVGT ILAIITTSLV YFSSVVLFGA CIEGV VLRD KYGDGVSRNL VVGTLAWPSP WVIVIGSFFS TCGAGLQSLT GAPRLLQAIA KDNIIPFLRV FGHGKVNGEP TWALLL TAL IAELGILIAS LDMVAPILSM FFLMCYLFVN LACAVQTLLR TPNWRPRFKY YHWALSFLGM SLCLALMFVS SWYYALV AM LIAGMIYKYI EYQGAEKEWG DGIRGLSLSA ARYALLRLEE GPPHTKNWRP QLLVLLKLDE DLHVKYPRLL TFASQLKA G KGLTIVGSVI QGSFLESYGE AQAAEQTIKN MMEIEKVKGF CQVVVASKVR EGLAHLIQSC GLGGMRHNSV VLGWPYGWR QSEDPRAWKT FIDTVRCTTA AHLALLVPKN IAFYPSNHER YLEGHIDVWW IVHDGGMLML LPFLLRQHKV WRKCRMRIFT VAQMDDNSI QMKKDLAVFL YHLRLEAEVE VVEMHNSDIS AYTYERTLMM EQRSQMLRQM RLTKTERERE AQLVKDRHSA L RLESLYSD EEDESAVGAD KIQMTWTRDK YMTETWDPSH APDNFRELVH IKPDQSNVRR MHTAVKLNEV IVTRSHDARL VL LNMPGPP RNSEGDENYM EFLEVLTEGL ERVLLVRGGG REVITIYS

UniProtKB: Solute carrier family 12 member 4

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分子 #3: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4073077
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 使用した粒子像数: 79153
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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