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- EMDB-2610: Electron tomography of zipping in Drosophyla melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2610
タイトルElectron tomography of zipping in Drosophyla melanogaster
マップデータTomographic reconstruction of Drosophila zipping
試料
  • 試料: Tomographic reconstruction of an entire zipping in Drosophila embryo
  • 細胞器官・細胞要素: zipping in Drosphila embryogenesis
キーワードepithelial tissue sealing / dorsal closure / serial tomography / high pressure freezing / freeze-substitution
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Eltsov M / Dube N / Yu Z / Haselmann-Weiss U / Brunner D / Frangakis A S
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2015
タイトル: Quantitative analysis of cytoskeletal reorganization during epithelial tissue sealing by large-volume electron tomography.
著者: Mikhail Eltsov / Nadia Dubé / Zhou Yu / Laurynas Pasakarnis / Uta Haselmann-Weiss / Damian Brunner / Achilleas S Frangakis /
要旨: The closure of epidermal openings is an essential biological process that causes major developmental problems such as spina bifida in humans if it goes awry. At present, the mechanism of closure ...The closure of epidermal openings is an essential biological process that causes major developmental problems such as spina bifida in humans if it goes awry. At present, the mechanism of closure remains elusive. Therefore, we reconstructed a model closure event, dorsal closure in fly embryos, by large-volume correlative electron tomography. We present a comprehensive, quantitative analysis of the cytoskeletal reorganization, enabling separated epidermal cells to seal the epithelium. After establishing contact through actin-driven exploratory filopodia, cells use a single lamella to generate 'roof tile'-like overlaps. These shorten to produce the force, 'zipping' the tissue closed. The shortening overlaps lack detectable actin filament ensembles but are crowded with microtubules. Cortical accumulation of shrinking microtubule ends suggests a force generation mechanism in which cortical motors pull on microtubule ends as for mitotic spindle positioning. In addition, microtubules orient filopodia and lamellae before zipping. Our 4D electron microscopy picture describes an entire developmental process and provides fundamental insight into epidermal closure.
履歴
登録2014年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月30日-
マップ公開2015年4月15日-
更新2015年5月13日-
現状2015年5月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_2610.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomographic reconstruction of Drosophila zipping
ボクセルのサイズX: 59 Å / Y: 59 Å / Z: 81 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)1.30015326 (±30.184339520000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin957-5214
サイズ9998921254
Spacing9998921254
セルA: 52628.0 Å / B: 58941.0 Å / C: 101574.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z595981
M x/y/z8929991254
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z52628.00058941.000101574.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-5295714
NC/NR/NS8929991254
D min/max/mean-128.000127.0001.300

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomographic reconstruction of an entire zipping in Drosophila embryo

全体名称: Tomographic reconstruction of an entire zipping in Drosophila embryo
要素
  • 試料: Tomographic reconstruction of an entire zipping in Drosophila embryo
  • 細胞器官・細胞要素: zipping in Drosphila embryogenesis

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超分子 #1000: Tomographic reconstruction of an entire zipping in Drosophila embryo

超分子名称: Tomographic reconstruction of an entire zipping in Drosophila embryo
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Joined 34 serial tomograms were reconstructed from 2x2 montaged tilt-series. Tilt-series were recorded at x12000 corresponding to 0.9nm/pixel at the specimen level. The map was binned for ...詳細: Joined 34 serial tomograms were reconstructed from 2x2 montaged tilt-series. Tilt-series were recorded at x12000 corresponding to 0.9nm/pixel at the specimen level. The map was binned for deposition to reduce the file size. The z-axis of the map corresponds to the anterior/posterior embryonic axis while the y-axis to the ventral/dorsal axis. The dorsal epidermal cells are located on the top.
Number unique components: 1

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超分子 #1: zipping in Drosphila embryogenesis

超分子名称: zipping in Drosphila embryogenesis / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sections were stained with 2% UA in 70% methanol and Reynolds lead citrate.
グリッド詳細: slot grids with Formvar support
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2010年5月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - スキャナー: OTHER
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 12000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1.5 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: ETOMO / 使用した粒子像数: 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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