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- EMDB-26044: H10ssF: ferritin-based nanoparticle displaying H10 hemagglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26044
タイトルH10ssF: ferritin-based nanoparticle displaying H10 hemagglutinin stabilized stem epitopes
マップデータFerritin nanoparticle with HA-stem complexes inserted at the 3-fold axes. The HA-stem complexes are flexible compared to the ferritin core.
試料
  • 複合体: H10ssF
    • タンパク質・ペプチド: H10ssF
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Gallagher JR / Harris AK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI001180 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Co-immunization with hemagglutinin stem immunogens elicits cross-group neutralizing antibodies and broad protection against influenza A viruses.
著者: Syed M Moin / Jeffrey C Boyington / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Gabriele Cerutti / Crystal Sao-Fong Cheung / Alberto Cagigi / John R Gallagher / Joshua Brand / Madhu ...著者: Syed M Moin / Jeffrey C Boyington / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Gabriele Cerutti / Crystal Sao-Fong Cheung / Alberto Cagigi / John R Gallagher / Joshua Brand / Madhu Prabhakaran / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / Brian E Fisher / Adrian Creanga / Sila Ataca / Reda Rawi / Kizzmekia S Corbett / Michelle C Crank / Gunilla B Karlsson Hedestam / Jason Gorman / Adrian B McDermott / Audray K Harris / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / John R Mascola / Barney S Graham / Masaru Kanekiyo /
要旨: Current influenza vaccines predominantly induce immunity to the hypervariable hemagglutinin (HA) head, requiring frequent vaccine reformulation. Conversely, the immunosubdominant yet conserved HA ...Current influenza vaccines predominantly induce immunity to the hypervariable hemagglutinin (HA) head, requiring frequent vaccine reformulation. Conversely, the immunosubdominant yet conserved HA stem harbors a supersite that is targeted by broadly neutralizing antibodies (bnAbs), representing a prime target for universal vaccines. Here, we showed that the co-immunization of two HA stem immunogens derived from group 1 and 2 influenza A viruses elicits cross-group protective immunity and neutralizing antibody responses in mice, ferrets, and nonhuman primates (NHPs). Immunized mice were protected from multiple group 1 and 2 viruses, and all animal models showed broad serum-neutralizing activity. A bnAb isolated from an immunized NHP broadly neutralized and protected against diverse viruses, including H5N1 and H7N9. Genetic and structural analyses revealed strong homology between macaque and human bnAbs, illustrating common biophysical constraints for acquiring cross-group specificity. Vaccine elicitation of stem-directed cross-group-protective immunity represents a step toward the development of broadly protective influenza vaccines.
履歴
登録2022年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ferritin nanoparticle with HA-stem complexes inserted at the 3-fold axes. The HA-stem complexes are flexible compared to the ferritin core.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.428 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0786
最小 - 最大-0.13865036 - 0.43645984
平均 (標準偏差)0.0014071696 (±0.020033848)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ228228228
Spacing228228228
セルA=B=C: 325.58398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Low-pass filtered map to 8A that resolves the...

ファイルemd_26044_additional_1.map
注釈Low-pass filtered map to 8A that resolves the flexible HA-stem complexes inserted at the ferritin 3-fold symmetry axes.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H10ssF

全体名称: H10ssF
要素
  • 複合体: H10ssF
    • タンパク質・ペプチド: H10ssF

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超分子 #1: H10ssF

超分子名称: H10ssF / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fusion protein of H10 stabilized hemagglutinin stem construct and H. pylori ferritin.
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H10N8 (A/Jiangxi-Donghu/346/2013)
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: H10ssF

分子名称: H10ssF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: influenza HA, H10 subtype, stem construct (N-terminal) fusion protein with H. pylori Ferritin (C-terminal).
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DKICLGHHAV ANGTIVKTLT NEQEEVTNAT ELVFPGCGVL MLATGMRNVP EGLFGAIAGF LENGWEGMVD GWYGFRHQNA QGTGQAADYK STQAAIDQIT GMVNRVVELM EQGGPDCYLA ELLVAMLNQH VIDMADSEMR NLYERVRKQL RQNAEEDGKG CFEIYHACDD ...文字列:
DKICLGHHAV ANGTIVKTLT NEQEEVTNAT ELVFPGCGVL MLATGMRNVP EGLFGAIAGF LENGWEGMVD GWYGFRHQNA QGTGQAADYK STQAAIDQIT GMVNRVVELM EQGGPDCYLA ELLVAMLNQH VIDMADSEMR NLYERVRKQL RQNAEEDGKG CFEIYHACDD SCMESIRNNT YDHSQYREEA LLNRLNINSG GDIIKLLNEQ VNKEMNSSNL YMSMSSWCYT HSLDGAGLFL FDHAAEEYEH AKKLIIFLNE NNVPVQLTSI SAPEHKFEGL TQIFQKAYEH EQHISESINN IVDHAIKSKD HATFNFLQWY VAEQHEEEVL FKDILDKIEL IGNENHGLYL ADQYVKGIAK SRK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
1.8 mMKH2PO4Potassium phosphate
10.0 mMNa2HPO4Sodium phosphate
137.0 mMNaClSodium chloride
2.7 mMKClPotassium chloride

詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 実像数: 4027 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 693018
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: solid sphere
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 118473
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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