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- EMDB-26020: The tubulin-based conoid from detergent-extract Toxoplasma gondii... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26020
タイトルThe tubulin-based conoid from detergent-extract Toxoplasma gondii cells
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: a conoid complex of tubulin with other protein components
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å
データ登録者Sun SY / Pintilie GD / Chen M / Chiu W
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM121203 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH125285-01A1 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Cryo-ET of parasites gives subnanometer insight into tubulin-based structures.
著者: Stella Y Sun / Li-Av Segev-Zarko / Muyuan Chen / Grigore D Pintilie / Michael F Schmid / Steven J Ludtke / John C Boothroyd / Wah Chiu /
要旨: Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing ...Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing cytoskeletal components are subpellicular microtubules (SPMTs) and conoid fibrils (CFs). The SPMTs help maintain shape and gliding motility, while the CFs are implicated in invasion. Here, we use cryogenic electron tomography to determine the molecular structures of the SPMTs and CFs in vitrified intact and detergent-extracted parasites. Subvolume densities from detergent-extracted parasites yielded averaged density maps at subnanometer resolutions, and these were related back to their architecture in situ. An intralumenal spiral lines the interior of the 13-protofilament SPMTs, revealing a preferred orientation of these microtubules relative to the parasite's long axis. Each CF is composed of nine tubulin protofilaments that display a comma-shaped cross-section, plus additional associated components. Conoid protrusion, a crucial step in invasion, is associated with an altered pitch of each CF. The use of basic building blocks of protofilaments and different accessory proteins in one organism illustrates the versatility of tubulin to form two distinct types of assemblies, SPMTs and CFs.
履歴
登録2022年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2022年6月22日-
現状2022年6月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26020.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.53 Å/pix.
x 128 pix.
= 452.352 Å		3.53 Å/pix.
x 128 pix.
= 452.352 Å		3.53 Å/pix.
x 128 pix.
= 452.352 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.534 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.202892 - 3.4629476
平均 (標準偏差)0.052978974 (±0.2868459)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 452.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : a conoid complex of tubulin with other protein components

全体名称: a conoid complex of tubulin with other protein components
要素
  • 細胞器官・細胞要素: a conoid complex of tubulin with other protein components
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain

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超分子 #1: a conoid complex of tubulin with other protein components

超分子名称: a conoid complex of tubulin with other protein components
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ME49

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分子 #1: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ME49
分子量理論値: 48.421031 KDa
配列文字列: MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFLDL EPTVVDEVRT GTYRHLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLSL DRIRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLSV D YGKKSKLN ...文字列:
MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFLDL EPTVVDEVRT GTYRHLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLSL DRIRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLSV D YGKKSKLN FCSWPSPQVS TAVVEPYNSV LSTHSLLEHT DVAVMLDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDVTEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VAEITNSAFE PASMMAKCDP RHGKYMACCL MYR GDVVPK DVNAAVATIK TKRTIQFVDW CPTGFKCGIN YQPPTVVPGG DLAKVMRAVC MISNSTAIAE VFSRMDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDYEEV GI

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ATCC 50611 / Me49
分子量理論値: 47.70582 KDa
配列文字列: MREIVHVQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYCGDS DLQLERINVF YNEATGGRFV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS ...文字列:
MREIVHVQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYCGDS DLQLERINVF YNEATGGRFV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS VFPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE VQVIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSAAMSGVTC CL RFPGQLN SDLRKLAVNL IPFPRLHFFL IGFAPLTSRG SQQYRALSVP ELTQQMFDAK NMMCASDPRH GRYLTASAMF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNMKSSVCDI PPKGLKMSVT FVGNSTAIQE MFKRVSDQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY Q

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: Phosphate Buffered Saline
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 29524
抽出トモグラム数: 126 / 使用した粒子像数: 29524
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7miz

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7tnt:
The tubulin-based conoid from detergent-extract Toxoplasma gondii cells

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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